Əsas Fərq – Tip I və II Tip Məhdudiyyət Fermenti
Daha çox məhdudlaşdırıcı endonükleaza kimi istinad edilən məhdudlaşdırma fermenti DNT molekullarını kiçik fraqmentlərə ayırmaq qabiliyyətinə malikdir. Bu parçalanma prosesi məhdudlaşdırma yeri adlanan DNT molekulunun xüsusi tanınma yerində və ya yaxınlığında baş verir. Bir tanınma sahəsi adətən 4-8 baza cütündən ibarətdir. Parçalanma yerindən asılı olaraq məhdudlaşdırıcı fermentlər dörd müxtəlif növ ola bilər; Tip I, Tip II, Tip III və Tip IV. Restriksiya fermentlərini dörd qrupa ayırarkən parçalanma yerindən əlavə tərkib, ko-amillərin tələbi və hədəf ardıcıllığının vəziyyəti kimi amillər də nəzərə alınır. DNT molekulunun parçalanması zamanı parçalanma yeri ya məhdudlaşdırma yerinin özündə, ya da məhdudlaşdırma yerindən uzaqda ola bilər. DNT-nin parçalanması prosesi zamanı məhdudlaşdırıcı fermentlər DNT-nin qoşa spiralında şəkər fosfat onurğalarının hər birində iki kəsik yaradır. Məhdudlaşdırıcı fermentlər əsasən Achaea və bakteriyalarda olur. Onlar bu fermentləri işğalçı viruslara qarşı müdafiə mexanizmi kimi istifadə edirlər. Restriksiya fermentləri yad (patogen) DNT-ni parçalayır, lakin öz DNT-ni deyil. Öz DNT-si ev sahibi DNT-də dəyişikliklər edən və parçalanmanın qarşısını alan metiltransferaza kimi tanınan bir ferment tərəfindən qorunur. Tip I məhdudlaşdırıcı ferment tanınma yerindən uzaqda olan bir parçalanma sahəsinə malikdir. II tip məhdudlaşdırıcı fermentlər tanınma yerinin özündə və ya ondan daha yaxın məsafədə parçalanır. Bu, Tip I və Tip II məhdudlaşdırma fermenti arasındakı əsas fərqdir.
Tip I məhdudlaşdırıcı ferment nədir?
Tip I məhdudlaşdırıcı fermentlər üç çox alt bölmədən ibarət pentamerik zülallardır: məhdudlaşdırma alt bölməsi, metilləşmə alt bölməsi və DNT ardıcıllığının tanınması alt bölməsi. Bu alt bölmələr eyni deyil. Onlar əvvəlcə Escherichia coli-nin iki fərqli formasında müəyyən ediliblər. Bu məhdudlaşdırıcı fermentlərin parçalanma yeri müxtəlif təsadüfi nöqtələrdə, adətən tanınma yerindən 1000 əsas cüt uzaqda mövcuddur. Bu məhdudlaşdırıcı fermentlər aktivləşməsi üçün ATP, Mg2+ və S-adenosil-L-metionin tələb edir. Tip I məhdudlaşdırıcı fermentlər həm metilaz, həm də məhdudlaşdırıcı fəaliyyətlərə malikdir. Bakteriyalar viruslara qarşı hüceyrə müdafiə mexanizmi kimi məhdudlaşdırıcı fermentlərdən istifadə edirlər. Məhdudiyyət fermentləri viral DNT-ni parçalayır və onları məhv edir. Lakin öz ev sahibi DNT-nin parçalanmasının qarşısını almaq üçün I tip məhdudlaşdırıcı ferment metilasiyadan qorunma təmin edir. Bu, ev sahibi DNT-ni dəyişdirir və parçalanmanın qarşısını alır. Bu məhdudlaşdırıcı fermentlər biokimyəvi cəhətdən əhəmiyyətli olsalar da, onlar diskret məhdudlaşdırıcı fraqmentlər və ya gel bağlama nümunələri təmin etmədikləri üçün geniş istifadə edilmir.
Tip II məhdudlaşdırıcı fermentlər nədir?
Tip II məhdudlaşdırıcı fermentlər öz strukturlarında iki eyni alt vahiddən ibarətdir. Homodimerlər tanınma yerləri olan II tip məhdudlaşdırıcı fermentlər tərəfindən əmələ gəlir. Tanınma yerləri adətən palindromikdir və bölünməmişdir. 4-8 əsas cüt uzunluğuna malikdir. I tipdən fərqli olaraq, Tip II məhdudlaşdırıcı fermentin parçalanma yeri tanınma yerində və ya tanınma yerinə yaxın məsafədə mövcuddur.
Şəkil 02: Tip II Məhdudiyyət Fermentləri
Bu məhdudlaşdırıcı fermentlər biokimyəvi cəhətdən əhəmiyyətlidir və kommersiya baxımından geniş şəkildə mövcuddur. Aktivləşməsi üçün yalnız Mg2+ tələb olunur. O, metilasiya aktivliyinə malik deyil və yalnız məhdudlaşdırıcı fəaliyyət funksiyasını təmin edir. Bu məhdudlaşdırıcı fermentlər DNT molekullarına homodimerlər kimi bağlanır və simmetrik DNT ardıcıllıqlarını, eləcə də asimmetrik ardıcıllıqları tanımaq qabiliyyətinə malikdir.
Tip I və Tip II məhdudlaşdırıcı fermentlər arasında hansı oxşarlıqlar var?
- Tip I və Tip II məhdudlaşdırıcı fermentlər DNT molekullarının daha kiçik fraqmentlərə parçalanmasında iştirak edən məhdudlaşdırıcı endonükleazlardır.
- Hər ikisi Molekulyar bioloji texnikada faydalıdır.
Tip I və Tip II Məhdudiyyət Fermenti Arasındakı Fərq Nədir?
Tip I vs Tip II məhdudlaşdırıcı ferment |
|
| Tip I məhdudlaşdırma fermenti DNT-ni tanınma yerindən uzaqda təsadüfi yerlərdə parçalayan DNT məhdudlaşdırıcı fermentdir. | Tip II məhdudlaşdırma fermenti DNT-ni tanınma sahəsinə yaxın və ya daxilində müəyyən edilmiş mövqelərdə parçalayan DNT məhdudlaşdırıcı fermentdir. |
| Tərkibi | |
| Tip I məhdudlaşdırıcı ferment üç (03) eyni olmayan alt bölmədən ibarət kompleks fermentdir. | Tip II məhdudlaşdırma fermenti iki eyni alt bölmədən ibarət sadə fermentdir. |
| Molekulyar Çəki | |
| Tip I məhdudlaşdırıcı fermentin çəkisi 400.000 d altondur. | Tip II məhdudlaşdırıcı fermentin çəki diapazonu 20,000 – 100,000 d altondur. |
| Bölünmə ardıcıllığı | |
| Bölünmə ardıcıllığı I tip məhdudlaşdırıcı fermentdə spesifik deyil. | Tip II məhdudlaşdırıcı fermentin spesifik parçalanma ardıcıllığı var. |
| Bölünmə yeri | |
| Bölünmə yeri I tip məhdudlaşdırıcı fermentlərdə tanınma yerindən 1000 nukleotid uzaqdadır. | Bölünmə yeri tanınma yerində və ya II tip məhdudlaşdırıcı fermentdə tanınma yerindən qısa məsafədə mövcuddur. |
| Aktivləşdirmə üçün kofaktorlar | |
| Tip I məhdudlaşdırıcı ferment aktivləşməsi üçün ATP, Mg2+ və S-adenosil-L-metionin tələb edir. | Tip II məhdudlaşdırıcı fermenti aktivləşdirmək üçün yalnız Mg2+ tələb olunur. |
| Metilləşmə Fəaliyyəti | |
| Tip I fermenti metilasiya yolu ilə DNT-ni qoruyur. | Tip II məhdudlaşdırıcı fermentlərdə metilasiya aktivliyi yoxdur. |
| Fermentin Fəaliyyəti | |
| Tip I məhdudlaşdırıcı ferment həm endonükleaza (məhdudiyyət) həm də metilasiya fəaliyyətini təmin edir. | Tip II məhdudlaşdırma fermenti yalnız məhdudlaşdırma fəaliyyətini təmin edir. |
| Nümunələr | |
| EcoK, EcoB | Hind II, EcoRI |
Xülasə – Tip I və II Tip məhdudlaşdırıcı ferment
Məhdudiyyət fermentləri DNT molekullarını daha kiçik maddələrə parçalayan bioloji qayçı adlanır. Məhdudiyyət fermentləri tanınma sahəsinə, mövcud ko-faktorlara, hədəf ardıcıllığın tərkibinə və vəziyyətinə görə parçalanma yerinin yerinə görə 04 müxtəlif kateqoriyaya bölünür. Onun aktivləşməsi üçün Tip I məhdudlaşdırıcı fermentlər ATP, Mg2+, və S-adenosil-L-metionin tələb edir. Tip I məhdudlaşdırıcı fermentin parçalanma sahəsi adətən tanınma yerindən 1000 baza cütü uzaqda yerləşir və DNT üçün metilazanın qorunmasını təmin edir. Tip II məhdudlaşdırıcı fermentlər onun aktivləşməsi üçün yalnız Mg2+tələb edir. Bölünmə yeri tanınma yerində və ya onun yaxınlığında yerləşir. Onun metilasiya aktivliyi yoxdur və ticari olaraq geniş şəkildə mövcuddur. Bu, I tip məhdudlaşdırma fermenti ilə II tip məhdudlaşdırma fermenti arasındakı fərqdir.
Tip I və II Tip məhdudlaşdırıcı fermentin PDF versiyasını endirin
Bu məqalənin PDF versiyasını yükləyə və sitat qeydinə əsasən onu oflayn məqsədlər üçün istifadə edə bilərsiniz. Lütfən, PDF versiyasını buradan yükləyin Tip I və Tip II Məhdudiyyət Fermenti Arasındakı Fərq.
