Əsas Fərq – Küt və Yapışqan Uç Bağlaması
Məhdudiyyətli endonükleazlar cüt zəncirli DNT-ni (dsDNA) kəsən spesifik fermentlərdir. Onlar həmçinin Molekulyar biologiyada molekulyar qayçı kimi tanınırlar. Məhdudlaşdırıcı fermentlər tanınma yerləri kimi tanınan dsDNT-nin xüsusi qısa ardıcıllığını tanıya və qoşa zəncirləri açmaq üçün fosfodiester və hidrogen bağlarını parçalaya bilir. Bu fermentlər tərəfindən parçalanma nəticəsində DNT parçaları yapışqan və küt uclar kimi müxtəlif uc tipləri ilə istehsal olunur. DNT liqazası molekulyar biologiyada yeni bağlar yaratmaqla DNT-nin iki bitişik zəncirini birləşdirmək üçün istifadə olunan bir fermentdir. Addım ligasiya kimi tanınır və bağlanmış DNT ucunun növünə görə, onları küt uc ligasiyası və yapışqan uc ligasiyası adlandırmaq olar. Küt və yapışqan uc ligasiyası arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, küt uc ligasiyası iki küt ucu olan DNT parçaları arasında baş verir, yapışqan uc ligasyonu isə 5' və 3' çıxıntılar arasında baş verir. Küt uc ligasiyası ilə müqayisədə yapışqan uc ligasiyası daha səmərəli və sabitdir.
Blunt End Ligation nədir?
Bəzi məhdudlaşdırıcı endonükleazlar DNT-ni əks əsaslarda kəsə və küt son DNT fraqmentləri yarada bilər. Bu fermentlər küt uc kəsicilər kimi tanınır; onlar tək qapaqlı asma əsaslar qoymadan birbaşa məhdudlaşdırma sahəsinin ortasına qədər yapışırlar. Küt uclar, uclarında 3' və 5' asma əsaslara malik olmadığı üçün həddindən artıq olmayan uclar kimi də tanınır. Hər iki ip əsas cütlərdən küt uclarda bitir. Ümumi kəsici fermentlər EcoRV HaeIII, AluI və SmaI-dir.
Küt ucların bağlanması iki küt uc arasında iştirak edir. Bu, çıxıntılı əsasların bağlanması deyil. Bu ligasiya yapışqan son bağlamadan daha az effektivdir. Bununla belə, bəzi hallarda, xüsusən də PCR məhsullarını bağlayarkən, küt uc ligasiyası yapışqan uc ligasiyasına nisbətən daha sərfəli olur. PCR məhsulları həmişə küt uclarla istehsal olunur. Küt ucların bağlanması üçün DNT-də tamamlayıcı uclar tələb olunmur.
Şəkil 01: Eco RV fermenti tərəfindən küt son istehsal
Yapışqan son liqasiya nədir?
Bəzi məhdudlaşdırıcı endonükleazlar dsDNT-ni kəsə bilir və sonunda tək zəncirli DNT-nin həddindən artıq bir parçasını buraxır. Bu uclar yapışqan və ya həddindən artıq uclar kimi tanınır. Yapışqan ucların bağlanması uyğun çıxıntıları ehtiva edən iki DNT fraqmenti arasında baş verir, çünki yapışqan uclar qoşalaşmamış əsaslara malikdir və bağlar yaratmaq üçün tamamlayıcı əsasları tələb edir. Buna görə də, uyğun bağlanan fraqmentləri yaratmaq üçün hər iki DNT mənbəyi üçün eyni məhdudlaşdırıcı fermentdən istifadə etmək lazımdır.
Yapışqan son bağlama daha effektivdir və klonlaşdırma proseslərində çox vaxt arzuolunandır. Yapışqan ucları yaradan bir neçə məhdudlaşdırıcı ferment var. Bunlar EcoRI, BamHI, HindIII və s.
Şəkil 02: Eco RI fermenti tərəfindən yapışqan son istehsal
Blunt və Sticky End Ligation arasındakı fərq nədir?
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Küt uc ligasyonu iki küt uc DNT fraqmenti arasında baş verir. | Yapışqan ucların bağlanması yapışqan ucları olan iki uyğun DNT fraqmenti arasında baş verir. |
| Fermentlər | |
| Küt kəsicilər küt uclar yaradır. | Yapışqan uç kəsicilər yapışqan və ya yapışqan uçlar yaradır. |
| Uyğun Sonlara Tələb | |
| Uyğun fraqmentlər və ya tamamlayıcı əsaslar tələb etmir. | Baza cütləri yaratmaq üçün uclarda tamamlayıcı əsaslar tələb olunur. |
| Effektivlik | |
| Yapışqan ucların bağlanmasından daha az effektivdir | Bu, küt uc bağlamadan daha effektivdir. |
Xülasə – Küt və Yapışqan Ucu Bağlama
Məhdudiyyətli endonükleazlar dsDNT-ni parçalaya və müxtəlif ucları olan DNT fraqmentləri istehsal edə bilir. Onlar xüsusi ardıcıllığı tanıyır və yapışqan və küt uclar yaradan DNT-ni məhdudlaşdırır. Yapışqan ucların fraqmentlərin sonunda qoşalaşmamış əsasları var. Küt uclar düz dekolte səbəbindən yaranır və onların uclarında əsas cütlər var. Yapışqan ucların bağlanması iki tamamlayıcı tək zəncirli DNT parçası tələb edir. Küt ucların bağlanması hər hansı iki küt uc parçası arasında baş verir. Bu, küt və yapışqan bağlama arasındakı fərqdir.
