Əsas Fərq – Proteomika ilə Transkriptomika
Omik texnologiya orqanizmin müxtəlif biomolekullarının xassələri və funksiyaları baxımından bütöv bir kolleksiya kimi nəzərdən keçirildiyi müasir tendensiyadır. Omic texnologiyası geniş tətbiqlərə malikdir. Bioloji nümunənin müxtəlif omiklərinə genomika, proteomika, transkriptomika və metabolomika daxildir. Proteomika canlı orqanizmdəki bütün zülalların tam öyrənilməsini əhatə edir. Orqanizmdə ifadə olunan bütün zülalların məcmusu, onun struktur və funksional xassələri kimi müəyyən edilir. Beləliklə, zülalların tam dəsti proteomu əmələ gətirir. Transkriptomika canlı orqanizmdə mövcud olan bütün xəbərçi RNT (mRNT) molekullarının tam tədqiqidir. Beləliklə, transkriptomika canlı orqanizmdə aktiv şəkildə ifadə olunan genlərlə məşğul olur. Canlı orqanizmdə mRNT-nin ümumi dəsti transkriptom adlanır. Proteomika və Transkriptomika arasındakı əsas fərq biomolekulun növünə əsaslanır. Proteomikada canlı orqanizmdə ifadə olunan zülalların ümumi dəsti, transkriptomikada isə canlı orqanizmin ümumi mRNT-si öyrənilir.
Proteomika nədir?
Proteomika termini 1995-ci ildə yaradılmışdır və əvvəlcə hüceyrə, toxuma və ya orqanizmdə ümumi zülal tamamlayıcısı kimi müəyyən edilmişdir. Proteomik tədqiqatlardakı irəliləyişlə, daha sonra bir çox tədqiqat sahələrinin daxil edildiyi bir çətir termini kimi qəbul edilmək üçün dəyişdirildi. Hal-hazırda proteomika mövzusu altında zülalların quruluşu, istiqaməti, funksiyaları, qarşılıqlı əlaqəsi, modifikasiyası, tətbiqi və əhəmiyyəti öyrənilir. Buna görə də, hazırda proteomika sahəsində çoxlu tədqiqatlar aparılır.
İlk proteomik tədqiqatlar Escherichia coli-də protein tərkibini müəyyən etmək üçün edildi. Ümumi zülal tərkibinin xəritəsi iki ölçülü (2D) gellərdən istifadə etməklə aparılmışdır. Bunun müvəffəqiyyətindən sonra elm adamları qvineya donuzları və siçanlar kimi heyvanlarda ümumi protein məzmununu xarakterizə etməyə keçdilər. Hazırda insan zülalının xəritəsi 2D gel elektroforezindən istifadə etməklə həyata keçirilir.
Proteomikanın Tətbiqləri
Proteomikanı öyrənməyin bir çox üstünlükləri var, çünki zülalların katalizator xüsusiyyətinə görə zülallar fəaliyyətin çox hissəsini idarə edən molekullardır. Beləliklə, bütün zülalların öyrənilməsi orqanizmin sağlamlıq vəziyyəti ilə bağlı məlumat verə bilər. Bəzi proqramlar;
- Genom annotasiyası: Orqanizmin zülal tərkibini öyrənməklə, aktiv protein birləşməsinə cavabdeh olan dəqiq genomlar müəyyən edilə bilər. Bu ssenaridə bütün genomikaların nəticələri, Transkriptomika və proteomika vacibdir.
- Xəstəliyin identifikasiyası / Diaqnostika: Proteomika xəstəliyin vəziyyətinin müəyyən edilməsində, sağlam və xəstə olanları müqayisə etməklə istifadə olunur
- Təcrübə zamanı öyrənilmiş protein ifadəsini həyata keçirmək üçün.
- Protein modifikasiyaları və qarşılıqlı təsir tədqiqatları: Zülalları in vitro və ya in vivo şəraitdə istifadə etmək üçün bu ekstraksiya edilmiş zülalların saxlanma şəraitinə qərar vermək və zülalın in vitro, in vivo və in vivo davranışını öyrənmək üçün – silisium üsulları.
Şəkil 01: Proteomika
Proteomikada müxtəlif texnikalar var
- Ümumi zülalın çıxarılması və 2D gel elektroforezindən istifadə edərək zülalların ayrılması. Zülallar həmçinin Yüksək Performanslı Maye Xromatoqrafiyası (HPLC) ilə ayrıla bilər.
- Edmund ardıcıllığı metodu və ya Kütləvi spektrometriya kimi üsullardan istifadə edərək ekstraksiya edilmiş zülalların ardıcıllığı.
- Ardıcıllıqlar müəyyən edildikdən sonra zülal tərkibinin struktur və funksional xassələri kompüter əsaslı proqram təminatı və bioinformatika alətlərindən istifadə etməklə təhlil edilir.
Transkriptomika nədir?
Transkriptom termini bu yaxınlarda istifadə edilmişdir. Transkriptomika orqanizmin ümumi mRNT tərkibinin öyrənilməsidir. Ümumi mRNT canlı orqanizmdə və ya hüceyrədə ifadə olunan DNT-dir. mRNT-nin tam kolleksiyasına transkriptom deyilir.
Transkriptomun təhlili istiqamətində addımlar daxildir,
- RNT-nin çıxarılması, poli DT muncuqları ilə sütun gel xromatoqrafiyasından istifadə edərək mRNT-nin ayrılması.
- mRNT-nin ardıcıllığı tamamlandı.
Mikroarray texnologiyası orqanizmin transkriptomunu müəyyən etməyin ümumi üsullarından biridir. Mikroarray texnikası transkriptomun tamamlayıcı telləri olan bir zond lövhəsini əhatə edir. Hibridləşmə zamanı orqanizmdə və ya hüceyrələrdə mövcud olan mRNT xarakterizə edilə bilər.
Şəkil 02: Transkriptomik Texnikalar
Transkriptomika indi tibb sahəsində geniş istifadə olunur. Xəstəliklərin diaqnostikası və xəstəliyin profili Transkriptomikanın istifadə olunduğu əsas sahələrdir. Orqanizmin transkriptomunu təhlil edərək, yad mRNT-ni müəyyən etmək olar və hər hansı infeksiyalar varsa, onu müəyyən etmək olar. Kodlanmayan RNT transkriptomik texnologiyalardan istifadə etməklə ayrıla bilər. Həmçinin müxtəlif ekoloji stresslər altında genlərin ifadəsi izlənilə bilər.
Proteomika və Transkriptomika arasında hansı oxşarlıqlar var?
- Hər ikisi omik texnologiya konsepsiyasının bir hissəsini təşkil edir.
- Hər ikisi orqanizmin xəstəliklərin diaqnostikasında və xəstəliyin xarakteristikasında istifadə olunur.
- Hər iki tədqiqat sahəsi biomolekulun çıxarılması, biomolekulun ayrılması və ardıcıllıq mərhələlərini əhatə edirdi.
Proteomika və Transkriptomika Arasındakı Fərq Nədir?
Protemics vs Transkriptomika |
|
| Proteomika canlı orqanizmdəki bütün zülalların tam öyrənilməsini nəzərdə tutur. | Transkriptomika canlı orqanizmdə mövcud olan bütün xəbərçi RNT (mRNT) molekullarının tam tədqiqidir. |
| Öyrənilmiş Biomolekul Tipi | |
| Zülallar proteomikada öyrənilir. | mRNT transkriptomikada öyrənilir. |
| Öyrənilən faktorlar | |
| Proteomikada zülalların strukturu, funksiyası, qarşılıqlı təsirləri, modifikasiyaları və tətbiqləri öyrənilir. | Ardıcıllıq strukturu, ətraf mühitlə qarşılıqlı əlaqə və mRNT-nin tətbiqləri transkriptomikada öyrənilir. |
Xülasə – Proteomika və Transkriptomika
Omiklər həyat elmləri sahəsində mühüm rol oynayır. Proteomika bir hüceyrədə və ya orqanizmdə zülalların tam kolleksiyalarını meydana gətirən proteomun öyrənilməsinə aiddir. Transkriptomika, mRNT şəklində olan ifadə edilmiş DNT-nin tam dəsti olan transkriptomun öyrənilməsinə aiddir. İki tədqiqat sahəsi, proteomika və transkriptomika, genomikanın tətbiqindən sonra əldə edilmiş və hazırda tibbi diaqnostikada və orqanizmlərin xarakteristikasında və skrininqində geniş istifadə olunur. Bu, proteomika və transkriptomika arasındakı fərqdir.
Proteomika vs Transkriptomikanın PDF faylını endirin
Bu məqalənin PDF versiyasını yükləyə və sitat qeydinə əsasən onu oflayn məqsədlər üçün istifadə edə bilərsiniz. Zəhmət olmasa PDF versiyasını buradan endirin: Proteomika və Transkriptomika Arasındakı Fərq
