Əsas Fərq – RAPD vs RFLP
Genetik markerlər Molekulyar Biologiyada fərdlər və növlər arasında genetik dəyişiklikləri müəyyən etmək üçün istifadə olunur. Təsadüfi Gücləndirilmiş Polimorf DNT (RAPD) və Məhdudiyyət Fraqment Uzunluğu Polimorfizmi (RFLP) laboratoriyalarda müntəzəm olaraq istifadə edilən iki mühüm molekulyar markerdir. RAPD qısa və ixtiyari oliqonukleotid primerləri ilə həyata keçirilir və orqanizmin şablon DNT-si boyunca çoxsaylı yerlərin təsadüfi gücləndirilməsinə əsaslanır. RFLP xüsusi məhdudlaşdırıcı endonükleaza ilə həyata keçirilir və o, nəticədə məhdudlaşdırıcı fraqmentlərin və hibridləşmənin polimorfizminə əsaslanır. RAPL və RFLP arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, RAPD əvvəlcədən ardıcıllıq məlumatı olmadan həyata keçirilən bir PCR texnikası növüdür, halbuki RFLP PCR-də iştirak etmir və texnikanı həyata keçirmək üçün əvvəlcədən ardıcıllıq bilikləri tələb edir.
RAPD nədir?
RAPD molekulyar biologiyada faydalı molekulyar markerdir. Tez və asan bir texnikadır. RAPD, hədəf DNT şablonunun çoxsaylı yerlərinin təsadüfi gücləndirilməsi nəticəsində polimorfik DNT ardıcıllığı ilə nəticələnən bir üsul kimi müəyyən edilə bilər. RAPD PCR gücləndirilməsi üçün ixtiyari ardıcıllıqla qısa oliqonukleotid primerlərindən istifadə edir. Primerlər əvvəldən ardıcıllıq məlumatı olmadan süni şəkildə sintez edilir. Beləliklə, o, asan və faydalı bir texnika hesab olunur.
Aşağıdakı əsas addımlar RAPD-də iştirak edir.
- Hədəf DNT-nin çıxarılması
- Təsadüfi seçilmiş primerlərdən istifadə edərək hədəf DNT-nin çoxsaylı yerlərinin gücləndirilməsi
- Gücləndirilmiş PCR məhsullarının gel elektroforezi
- Etidium bromidlə boyanma və polimorfizmin identifikasiyası
Astarın tavlanmasının dəyişməsi nəticəsində gücləndirmə zamanı müxtəlif uzunluqlu müxtəlif fraqmentlər əmələ gəlir. Beləliklə, gellər üzərində bantlama nümunələri fərdlər və növlər arasında fərqlidir. Beləliklə, RAPD identifikasiya və diferensiasiyada orqanizmlər arasında genetik variasiyanın aşkarlanmasına imkan verir.
RAPD yaxından əlaqəli növlər arasında genetik fərqin müəyyən edilməsi, gen xəritəsi, DNT barmaq izi, irsi xəstəliklərin müəyyən edilməsi və s. kimi molekulyar biologiyanın müxtəlif tədqiqatlarında tətbiq edilir.
Şəkil 01: RAPD
RFLP nədir?
Restriction Fragment Length Polimorphisms (RFLPs) homoloji DNT ardıcıllığında genetik dəyişkənliyin müəyyən edilməsi üçün molekulyar biologiyada istifadə olunan molekulyar markerdir. Bu, DNT barmaq izi üçün hazırlanmış ilk genetik markerdir. Bütün orqanizmlər xüsusi məhdudlaşdırıcı fermentlərlə məhdudlaşdıqda unikal DNT profilləri yaradır. RFLP fərdlərin unikal DNT profillərinin istehsalında və onlar arasında genetik variasiyanın aşkar edilməsində mühüm vasitə kimi xidmət edir. DNT nümunələri xüsusi məhdudlaşdırıcı endonükleazlarla həzm edildikdə, hər bir fərd üçün unikal olan müxtəlif DNT profilləri verir. Buna görə də, bu metodun prinsipi homoloji DNT-ni spesifik məhdudlaşdırıcı fermentlərlə məhdudlaşdırmaqla orqanizmlər arasında genetik dəyişkənliyin aşkarlanması və gel elektroforezi və blotting vasitəsilə fraqment uzunluğunun polimorfizminin təhlilindən ibarətdir. Blotting nümunələri hər bir orqanizm üçün unikaldır və spesifik genotipləri xarakterizə edir.
Aşağıdakı addımlar RFLP ilə bağlıdır.
- Nümunələrdən kifayət qədər miqdarda DNT-nin təcrid edilməsi
- DNT nümunələrinin spesifik məhdudlaşdırıcı endonükleazlarla qısa ardıcıllıqla fraqmentasiyası
- Agaroz gel elektroforezi ilə müxtəlif uzunluqlarda əldə edilən fraqmentlərin ayrılması.
- Gel profilinin Southern blotting ilə membrana köçürülməsi
- Etiketli zondlarla membranın hibridləşdirilməsi və hər profildə fraqment uzunluğu polimorfizminin təhlili
RFLP-nin irsi xəstəliklərin diaqnostikası, genom xəritələşdirilməsi, məhkəmə ekspertizasında cinayət identifikasiyası, atalıq testi və s. kimi müxtəlif tətbiqləri var.
Şəkil 02: RFLP genotipləmə
RAPD və RFLP arasındakı fərq nədir?
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD təsadüfi primerlərə və PCR-ə əsaslanan molekulyar markerdir. | RFLP müxtəlif uzunluq məhdudlaşdırıcı fraqmentlərin istehsalına əsaslanan molekulyar markerdir. |
| Tələb olunan Nümunə | |
| Kiçik DNT nümunələri RAPD analizi üçün kifayətdir. | RFLP analizi üçün böyük miqdarda ekstraksiya edilmiş DNT nümunəsi tələb olunur. |
| Vaxt | |
| RAPD sürətli prosesdir. | RFLP vaxt aparan prosesdir. |
| Əsas İstifadə | |
| Təsadüfi primerlər istifadə olunur və eyni primerlər müxtəlif növlər üçün istifadə edilə bilər. | Növlərə xas zondlar hibridləşdirmə üçün RFLP-də istifadə olunur. |
| Etibarlılıq | |
| Texnikanın etibarlılığı RFLP ilə müqayisədə daha azdır. | RFLP etibarlı texnikadır. |
| Blotting | |
| RAPD cənub ləkəsini ehtiva edir. | Cənub ləkəsi RFLP-nin bir addımıdır. |
| Allelik Variasiyanın Aşkarlanması | |
| Allelik variasiyaları RAPD ilə aşkar etmək mümkün deyil. | Allelik variasiyalar RFLP ilə aşkar edilə bilər. |
| Ardıcıllıq Biliyinə ehtiyac | |
| RAPD öncədən ardıcıllıq biliklərini tələb etmir. | Sond dizaynı üçün ilkin ardıcıllıq bilikləri tələb olunur. |
| PCR | |
| PCR RAPD ilə iştirak edir | PCR RFLP ilə əlaqəli deyil. |
| Təkrar istehsal | |
| RAPD aşağı təkrar istehsal qabiliyyətinə malikdir | RFLP RAPD ilə müqayisədə yüksək təkrarlanma qabiliyyətinə malikdir. |
Xülasə – RAPD vs RFLP
RAPD və RFLP molekulyar biologiyada istifadə olunan mühüm markerlərdir. Hər iki üsul orqanizmlər arasında genetik dəyişkənliyi aşkar etməyə qadirdir. RAPD təsadüfi primerlərdən istifadə etməklə həyata keçirilir. RFLP xüsusi məhdudlaşdırıcı fermentlərdən istifadə etməklə həyata keçirilir. Hər iki üsul ayrı-ayrı orqanizmlərə xas DNT profilləri yaradır. RAPD RFLP ilə müqayisədə bir neçə addımdan ibarətdir. Lakin RFLP-dən daha az etibarlı və təkrarlana bilən nəticələr verir. RAPD və RFLP arasındakı əsas fərq budur.
