Əsas Fərq – AFLP vs RFLP
DNT tədqiqatları filogenetik əlaqələrin başa düşülməsində və müəyyən edilməsində, genetik xəstəliklərin diaqnostikasında və orqanizmin genomlarının xəritələşdirilməsində böyük əhəmiyyətə malikdir. DNT analizi ilə əlaqəli bir neçə üsul, naməlum DNT hovuzunda müəyyən bir genin və ya DNT ardıcıllığının müəyyən edilməsi üçün də istifadə olunur. Onlar molekulyar markerlər kimi tanınırlar. Gücləndirilmiş Fraqment Uzunluğu Polimorfizmi (AFLP) və Məhdudiyyət Fraqment Uzunluğu Polimorfizmi (RFLP) orqanizmlər arasında genetik dəyişkənliyi aşkar etmək üçün molekulyar biologiyada işlənmiş iki belə molekulyar markerdir (metoddur). Hər iki üsul eyni dərəcədə vacibdir və üstünlükləri və mənfi cəhətləri var. AFLP və RFLP arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, AFLP həzm olunan DNT-nin selektiv PCR gücləndirilməsini əhatə edir, RFLP isə DNT fraqmentlərinin selektiv PCR gücləndirilməsini əhatə etmir.
AFLP nədir?
AFLP (Amplifified Fragment Length Polimorphism) molekulyar biologiyada mühüm vasitədir və genetik variasiya analizində geniş istifadə olunur. AFLP, parçalanmış genomik DNT-nin spesifik PCR gücləndirilməsinə və gel elektroforezi vasitəsilə avtoradioqraflar tərəfindən polimorfizmin aşkarlanmasına əsaslanır. AFLP, bitkilər, heyvanlar, bakteriya və göbələklər də daxil olmaqla müxtəlif krallıqların suşlarında və ya yaxından əlaqəli növlərində genetik fərqlərin müəyyən edilməsinə geniş töhfə verir. AFLP az miqdarda naməlum DNT nümunələri ilə həyata keçirilə bilər. Bu, əvvəlcədən ardıcıllıq biliklərini və zondların dizaynını tələb etmir.
AFLP Addımları
- DNT-nin təcrid edilməsi
- DNT-nin məhdudlaşdırıcı endonükleazlarla həzmi
- Məhdud DNT fraqmentlərinin adaptorlarla bağlanması
- Fraqmentlərin xüsusi məhdudlaşdırma yerləri ilə seçmə gücləndirilməsi
- PZR məhsullarının gel elektroforezi ilə ayrılması
- Gel matrisinin avtoradioqrafla vizuallaşdırılması
AFLP daha həssas və təkrarlana bilən üsuldur və DNT ardıcıllığı haqqında əvvəlcədən məlumatı olmayan göbələklər, bakteriyalar, bitkilər və heyvanlar da daxil olmaqla bir neçə taksanın DNT profilinin yaradılmasında istifadə edilə bilər. Bu, yüksək həssas təbiətinə görə populyasiyalardakı fərdlər arasında kiçik fərqləri müəyyən etməyə kömək edir. AFLP həmçinin genom xəritələşdirilməsi, məhkəmə-tibbi tədqiqatlar, valideyn testi, genotipləşdirmə və s. üçün vacibdir.
Şəkil 01: AFLP
RFLP nədir?
Restriction Fragment Length Polimorphisms (RFLPs) homoloji DNT ardıcıllığında genetik variasiyaları aşkar etmək üçün istifadə edilən bir texnikadır. Bu, DNT profilinin yaradılması üçün hazırlanmış ilk üsuldur. Orqanizmlərin unikal DNT barmaq izləri və ya DNT profilləri var. RFLP növ daxili və ya yaxından əlaqəli orqanizmlərin DNT profilləri arasındakı dəyişkənliyi təhlil etmək üçün vacib bir vasitə kimi xidmət edir, çünki homoloji ardıcıllıqlar müəyyən bir orqanizmə xas olan müxtəlif məhdudlaşdırma sahələrinə (yerlərinə) malikdir. Homoloji DNT xüsusi məhdudlaşdırıcı endonükleazlarla həzm edildikdə, hər bir fərd üçün unikal olan müxtəlif DNT profilləri ilə nəticələnəcəkdir. Buna görə də, bu metodun prinsipi homoloji DNT-ni spesifik məhdudlaşdırıcı fermentlərlə məhdudlaşdırmaqla orqanizmlər arasında genetik dəyişkənliyin aşkarlanması və gel elektroforezi və blotting vasitəsilə fraqment uzunluğunun polimorfizminin təhlilindən ibarətdir. Blotting nümunələri hər bir orqanizm üçün unikaldır və spesifik genotipləri xarakterizə edir.
RFLP Addımları
- Nümunələrdən kifayət qədər miqdarda DNT-nin təcrid edilməsi
- DNT nümunələrinin spesifik məhdudlaşdırıcı endonükleazlarla qısa ardıcıllıqla fraqmentasiyası
- Agaroz gel elektroforezi ilə müxtəlif uzunluqlarda əldə edilən fraqmentlərin ayrılması.
- Gel profilinin Southern blotting ilə membrana köçürülməsi
- Etiketli zondlarla membranın hibridləşdirilməsi və hər profildə fraqment uzunluğu polimorfizminin təhlili
RFLP xəstəliyin irsiyyətini aşkar etmək və ailə üzvləri arasında xəstəliyin baş vermə riskini tapmaqda çox vacib bir texnikadır. RFLP həmçinin genom xəritəsində, cinayətkarların məhkəmə-tibbi ekspertizada, atalıq testində və s. müəyyən edilməsində istifadə olunur. RFLP-nin də bir sıra məhdudiyyətləri var. RFLP hibridləşdirmə üçün zondların layihələndirilməsi üçün ardıcıllıq məlumatlarına dair əvvəlcədən bilik tələb edir. O, həmçinin analiz etmək üçün nümunədən kifayət qədər miqdarda DNT-nin təcrid olunmasını tələb edir, bu, məhkəmə-tibbi araşdırmalarda çətindir.
Şəkil 01: RRFLP xəritəsi
AFLP və RFLP arasındakı fərq nədir?
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP həzm olunan DNT-nin selektiv PCR gücləndirilməsini əhatə edir. | RFLP, PCR-RFLP olmadığı halda, PCR-ni əhatə etmir. |
| Ardıcıllıq Biliyi | |
| Əvvəlki ardıcıllıq bilikləri tələb olunmur. | Dizayn RFLP zondları üçün ilkin ardıcıllıq bilikləri tələb olunur. |
| Etibarlılıq | |
| Bu daha etibarlıdır. | Bu, AFLP ilə müqayisədə daha az etibarlıdır. |
| Polimorfizmin aşkarlanmasında effektivlik | |
| Bu, RFLP ilə müqayisədə polimorfizmin aşkarlanmasında daha yüksək effektivliyə malikdir. | Bu, AFLP ilə müqayisədə daha az səmərəlidir. |
| Xərc | |
| Bu, RFLP ilə müqayisədə bir qədər bahadır. | Bu, AFLP ilə müqayisədə daha ucuzdur. |
| Tətbiqlər | |
| AFLP-lər genom xəritəsi, DNT barmaq izi, genetik müxtəliflik tədqiqatları, atalıq testi və məhkəmə ekspertizasına tətbiq edilib | RFLP analizi genom xəritəsində, genetik pozğunluqlar üçün genlərin lokallaşdırılmasında, xəstəlik riskinin müəyyən edilməsində və atalıq testində mühüm vasitədir. |
Xülasə – AFLP vs RFLP
AFLP və RFLP müxtəlifliyin qiymətləndirilməsi və molekulyar biologiyada genetik əlaqələrin qiymətləndirilməsi üçün genetik markerlər kimi istifadə olunan iki üsuldur. AFLP, RFLP-dən fərqli olaraq orqanizmlər arasında genetik polimorfizmin aşkarlanması üçün effektiv və həssas bir üsul kimi xidmət edir. Bununla belə, hər iki üsulun genetik variasiyaları aşkar etməkdə fərqli effektivlikləri olsa da, onlar hələ də DNT barmaq izi və xəstəliklərin diaqnozu üçün istifadə olunur.
