Genomik DNT ilə plazmid DNT izolyasiyası arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, genomik DNT izolyasiyası genomik DNT-nin çıxarılmasını, plazmid DNT təcridinin isə bakteriyaların plazmid DNT-sinin çıxarılmasını hədəfləyir.
DNT izolyasiyası müxtəlif növlərdən və ya müxtəlif nümunələrdən DNT-ni təcrid etmək üçün istifadə edilən kimyəvi prosesdir. DNT izolyasiyası gel elektroforezi, polimeraza zəncirvari reaksiya və DNT ardıcıllığı üsulları kimi aşağı axın molekulyar biologiya texnikalarında vacibdir. Buna görə DNT-nin təcrid edilməsi molekulyar bioloji tədqiqatlarda vacib kimyəvi prosesdir. Tədqiqatın məqsədinə əsasən, bəzən genomik DNT-ni təcrid etmək lazımdır. Bundan əlavə, bəzi tədqiqatlar plazmid DNT-ni bakteriyalardan təcrid etməyə yönəlmişdir. Genomik DNT izolyasiyası, prokaryotik və ya eukaryotik bir nümunədən genomik DNT-nin təcrid edilməsi prosesidir. İzolyasiya mərhələləri DNT-nin təcrid olunduğu hüceyrənin növünə görə fərqlənir. Plazmid DNT-nin təcrid edilməsi bakteriya hüceyrəsindən plazmid DNT-nin təcrid edilməsi prosesidir. Genomik DNT izolyasiyası ilə müqayisədə plazmid DNT təcridində ümumi proses mürəkkəbdir.
Genomik DNT İzolyasiyası nədir?
Genomik DNT izolyasiyası orqanizmin bütün genomik DNT-sinin çıxarılması prosesidir. Bu xüsusi proses üç əsas hadisəni əhatə edir. Bunlar hüceyrə lizisi və ya nüvə lizisi, zülalın parçalanması və ya proteolizi və genomik DNT-nin çökməsidir. Lizis pilləsi hüceyrə növünə görə fərqlənə bilər. Prokaryotlarda peptidoqlikan hüceyrə divarı olduğu üçün ilk addım hüceyrə divarının parçalanması olmalıdır. Digər tərəfdən, eukaryotlarda liziz mərhələsi DNT-ni xaricə çıxarmaq üçün plazma membranının və nüvə membranının parçalanmasını əhatə edir. Bunun əksinə olaraq, bitki və göbələk hüceyrə divarlarını parçalamaq üçün xüsusi addımlar vacibdir.
Şəkil 01: Genomik DNT İzolyasiyası
Nəticədə, lizis mərhələsi başa çatdıqdan sonra, nəhayət, DNT supernatantın üzərinə gələcək. Eyni zamanda, məhlulda proteinaz K-nin əlavə edilməsi səbəbindən zülalın deqradasiyası da baş verir. Növbəti addım genomik DNT və deqradasiya olunmuş zülalları bir-birindən ayırmaqdır. Beləliklə, parçalanmış zülallar genomik DNT-nin supernatantda qalmasına imkan verən çökmə yolu ilə ayrılır. Zülalların çökdürülməsindən sonra genomik DNT çökdürülə və sınaq üçün tələb olunana qədər uyğun buferdə yenidən dayandırıla bilər.
Xətti DNT olan Genomik DNT orqanizmin bütün genetik məlumatlarını ehtiva edir. Başqa sözlə, genom hüceyrənin bütün struktur və funksional fəaliyyətlərindən məsul olan canlı orqanizmin irsiyyət materialıdır. O, həm kodlayan, həm də kodlaşdırmayan DNT ardıcıllığından ibarətdir. Genomik DNT-ni təcrid edərkən o, orqanizmin bütün genomunu ehtiva edir.
Plazmid DNT İzolyasiyası nədir?
Plazmid DNT izolyasiyası DNT təcridinin xüsusi və daha mürəkkəb prosesidir. Plazmidlər əksər bakterial hüceyrələrdə mövcud olan ekstraxromosomal DNT-dir. Onlar bakteriyaların sərt ətraf mühit şəraitində sağ qalmasını dəstəkləyən hərəkətsiz dairəvi DNT-dir. Plazmid DNT bakteriyalara antibiotik müqaviməti, virulentlik xüsusiyyətləri və zəhərli xüsusiyyətlər kimi əlavə üstünlüklər təmin edən xüsusi davamlı genlərdən ibarətdir.
Şəkil 02: Plazmid DNT İzolyasiyası
Plazmid DNT izolyasiyası da üç əsas prosesi əhatə edir; hüceyrə lizisi, proteinoliz və DNT-nin çökməsi. İzolyasiyanın biokimyəvi mexanizmi genomik DNT təcridinə bənzəsə də, proses ondan daha mürəkkəbdir. Hüceyrə lizisi prosesi bu prosedurda ən vacib prosesdir. Ən əsası, genomik DNT və plazmid DNT bir-biri ilə qarışdırılmamalıdır. Buna görə də, plazmid DNT təcrid proseduruna daha yumşaq bir liziz prosesi daxildir. Beləliklə, əksər plazmid DNT təcrid prosedurlarında yuyucu vasitə istifadə olunur; hüceyrə lizisi üçün natrium dodesil sulfat.
Genomik DNT və Plazmid DNT İzolyasiyası Arasındakı oxşarlıqlar nələrdir?
- Genomik DNT və Plazmid DNT izolyasiyası orqanizmin DNT-sinin çıxarılmasına diqqət yetirir.
- Həmçinin, hər ikisi hüceyrə lizisi, zülalın deqradasiyası və DNT-nin çökməsi daxil olmaqla eyni ümumi prosesi izləyir.
- Bundan əlavə, hər iki prosesin DNT-si aşağı axın prosesləri üçün vacibdir.
- Bundan başqa, hər iki təcrid prosesi müəyyən saxlama şərtləri altında DNT-ni təmizləmək və saxlamaq üçün addımları əhatə edir.
- Bundan başqa, proteinaz K zülalları parçalamaq üçün hər iki üsulda istifadə olunur.
Genomik DNT ilə Plazmid DNT İzolyasiyası Arasındakı Fərq Nədir?
Genomik DNT-nin təcrid edilməsi hədəf orqanizmin bütün genomik DNT-sinin çıxarılmasına, plazmid DNT-nin təcrid edilməsi isə xüsusi bakteriya növlərindən yalnız plazmid DNT-nin təcrid olunmasına diqqət yetirir. Buna görə də, bu, genomik DNT ilə plazmid DNT izolyasiyası arasındakı əsas fərqdir. Üstəlik, genomik DNT ilə plazmid DNT izolyasiyası arasındakı başqa bir fərq prosedurdadır. Genomik DNT izolyasiyası plazmid DNT izolyasiyası ilə müqayisədə daha az mürəkkəb prosedurdur. Beləliklə, plazmid DNT-ni təcrid edərkən, genomik və plazmid DNT-nin bir-birinə qarışmasının qarşısını almaq üçün tədbirlər görmək lazımdır.
Aşağıdakı infograohic genomik DNT və plazmid DNT izolyasiyası arasındakı fərq haqqında ətraflı məlumat verir.
Xülasə – Genomik DNT vs Plazmid DNT İzolyasiyası
DNT izolyasiyası molekulyar biologiya texnikalarında mühüm prosesdir. İki növ DNT var, yəni genomik DNT və plazmid DNT (ekstraxromosom DNT). Tələblərə əsasən, genomik DNT-ni təcrid etmək üçün həyata keçirilən bəzi prosedurlar, bəzi prosedurlar isə bakteriyalardan yalnız plazmid DNT-ni təcrid etməyə yönəlmişdir. Beləliklə, hər iki prosesdə iştirak edən addımlar bir-birindən bir qədər fərqlənir. Lakin hər iki təcriddə ümumi proses eynidir. Hər iki prosesin təcrid olunmuş DNT-si klonlaşdırma, gel elektroforezi və polimeraza zəncirvari reaksiyalar kimi aşağı axın proseslərində geniş istifadə olunur. Genomik DNT təcrid protokolunun sonunda orqanizmin bütün genomik DNT-si son məhsul kimi, plazmid DNT təcrid protokolunun sonunda isə müvafiq bakteriyanın plazmid DNT-si son məhsul kimi təcrid oluna bilər. Buna görə də genomik DNT ilə plazmid DNT izolyasiyası arasındakı fərq budur.
