Əsas Fərq – PCR Primerləri ilə Sıralama Astarları
Molekulyar biologiya sahəsindəki son inkişaflarla mövzunun müxtəlif istiqamətlərinin tədqiqi proseslərini asan və dəqiq edən müxtəlif genetik üsullar inkişaf etdirildi. PCR və digər ardıcıllıq prosedurları iki mühüm belə texnikadır. Onlar müxtəlif alt komponentlərdən istifadə edirlər. Primerlər həm PCR, həm də Sequencing üsulları üçün ümumi olan əsas alt komponent hesab olunur. PCR primerləri müəyyən bir DNT ardıcıllığının gücləndirilməsi üçün istifadə olunur, ardıcıllıq primerləri isə nukleotid ardıcıllığının xüsusi sırasını aşkar etmək məqsədi ilə bir DNT fraqmentinin ardıcıllaşdırılması kontekstində istifadə olunur. Bu, PCR primerləri ilə sıralama primerləri arasında əsas fərqdir.
PZR Primerləri nədir?
Polimeraza Zəncirvari Reaksiya (PZR) müəyyən bir DNT seqmentinin tək və ya bir neçə nüsxəsini gücləndirmək və milyonlarla eyni nüsxə əldə etmək üçün molekulyar biologiya sahəsində istifadə edilən genetik bir texnikadır. PCR reaksiyasında primerlər də daxil olmaqla müxtəlif komponentlər istifadə olunur. Primerlər nükleotid uzunluğu 18-25 olan qısa DNT zəncirləridir ki, bu da onları gücləndiriləcək DNT fraqmentlərinin başlanğıc və son bölgəsi ilə uyğunlaşdırır. Astarlar irəli və tərs astar ola bilər. Bu primerlər DNT fraqmentinə spesifik nöqtələrdə bağlanır, burada DNT polimerazı həmin yerdəki spesifik primerə bağlanır və yeni DNT zəncirinin sintezini başlatır.
Primerlərin seçilməsi PCR prosesinin mühüm aspektidir. Astarın uzunluğunu seçmək vacibdir. İdeal uzunluq 18-25 nukleotid olacaqdır. Uzunluq çox qısa və ya çox uzun olarsa, primerlər dəqiq gücləndirilmək üçün DNT ardıcıllığına bağlanmayacaqlar. Uzunluğu çox qısa olan primerlər, DNT ardıcıllığının müxtəlif yerlərində qeyri-spesifik primerlərin bağlanmasına səbəb olur.
Şəkil 01: PCR Primerləri
Yaxşı primerdə Guanin və Sitozin (GC) tərkibi 40-60 aralığında olmalıdır. Primer yumşalma temperaturu və ərimə temperaturu PCR zamanı mühüm amillərdir. Ərimə temperaturu dəqiq hesablanmalı və primerin yumşalma temperaturu ərimə temperaturundan 5 0C az olmalıdır. Ərimə temperaturu 60 °C və 75 °C olmalıdır. Çox yüksək və ya çox aşağı temperatur daha az aktiv DNT polimeraz fəaliyyəti ilə nəticələnəcək.
Sequencing Primers nədir?
Sequencing primerləri DNT fraqmentinin spesifik şəxsiyyətini aşkara çıxarmaq məqsədi ilə ardıcıllıq kontekstində istifadə olunur. Yaxşı ardıcıllıq nəticələri əldə etmək üçün yüksək keyfiyyətli primerlər və şablonlar vacibdir. Beləliklə, primerlər seçildikdə, onlar ardıcıllıq etmək istədiyimiz xüsusi bölgə üçün unikal olmalıdır. O, həmçinin ardıcıllığın adətən primerlərin 3'-dən 5' uclarına qədər yaradıldığı düzgün oriyentasiya ilə olmalıdır. Ardıcıllıqda saç tıxaclarının meydana gəlməsi kimi arzuolunmaz öz-özünə hibridləşmə olmamalıdır. Quanin əsaslarının ardıcıl əmələ gəlməsini ehtiva etməməlidir.
Astarın ərimə temperaturu (Tm) ardıcıllığın şərtlərinə uyğun olmalıdır. Buna görə də, 52oC və 74oC arasında olmalıdır. Primer kimi istifadə ediləcək oliqonukleotidlərin hazırlanması, ardıcıllığın tam uzunluğunu əldə etmək üçün təmizlənməlidir. Oliqonukleotidlər çirkləri ehtiva edərsə, primer ardıcıllığı siqnalı müxtəlif astarlama yerlərindən üst-üstə düşəcək və bu da əsas hüceyrələrin sayını azaldacaqdır.
Şəkil 02: Astarların Sıralanması
Oliqonukleotidin primer ərimə temperaturu (Tm) tamamlayıcı DNT zəncirlərinin bir-biri ilə nə qədər güclü hibridləşdiyini müəyyən edir. Tm həm DNT ardıcıllığından, həm də duz konsentrasiyası kimi bir neçə şərtdən asılı olduğu termodinamik hesablama kimi qəbul edilə bilər. Tm, bir qrup dideoksinukleotidlə bitən fraqmentlər yaratmaq üçün dövr ardıcıllığı adlanan variantdan istifadə edildiyi PCR zamanı vacibdir. Burada ardıcıllıqla alınan primer əvvəlcə alternativ olaraq tavlanacaq, sonra genişləndiriləcək və nəhayət gücləndirmə üçün denatürasiya ediləcək. Buna görə də, Tm dəyəri 52oC ilə 74o C arasında olmalıdır. Sintez edilmiş oliqonukleotidlər DNT/RNT sintezi laboratoriyalarından əldə edilə bilər. seçim. DNT ardıcıllığı üçün istifadə edilən kiçik sintez miqyası adətən 50 nmol-dur. Həmçinin ən əsası, ardıcıllıq üçün istifadə olunan primerlər keyfiyyətin azalmasına mane olacaq çirklərdən təmizlənməlidir.
PZR Primerləri ilə Sequencing Primerləri arasında hansı oxşarlıqlar var?
- Həm PCR Primerləri, həm də Sequencing Primerləri hədəflənmiş DNT ardıcıllığının gücləndirilməsi prosesində istifadə olunan primerlərdir.
- Həm PCR Primerləri, həm də Sıralama Primerləri nukleotidlərdən ibarətdir.
- Həm PCR Primerləri, həm də Sequencing Primerləri qısa oliqomerlərdir.
PZR Primerləri ilə Sequencing Primerləri Arasındakı Fərq Nədir?
PCR Primerləri vs Sequencing Primer |
|
| PCR primerləri nükleotid ardıcıllığının uzunluğu 18-25 olan qısa DNT zəncirləridir ki, onları gücləndiriləcək DNT fraqmentlərinin başlanğıc və son bölgəsi ilə uyğunlaşdırır. | Sequencing primerləri qısa oliqomerlərdir ki, onlar DNT fraqmentinin spesifik şəxsiyyətini aşkara çıxarmaq məqsədi ilə ardıcıllıq kontekstində istifadə olunur. |
| Funksiya | |
| PCR primerləri müəyyən bir DNT ardıcıllığının gücləndirilməsi üçün istifadə olunur. | Sequencing primerləri DNT fraqmentinin spesifik identikliyini aşkara çıxarmaq məqsədi ilə ardıcıllıq kontekstində istifadə olunur. |
| Tələb olunan primerlərin sayı | |
| İki primer; bir irəli primer və bir tərs primer PCR primerləri kimi istifadə olunur. | Sonralanma primeri kimi yalnız bir primer lazımdır. |
Xülasə – PCR Primerləri və Sıralama Astarları
Sequencing primerləri DNT fraqmentinin spesifik şəxsiyyətini aşkara çıxarmaq məqsədi ilə ardıcıllıq kontekstində istifadə olunur. Prosesi yerinə yetirmək üçün bir sıralama primeri kifayət edəcəkdir. Yaxşı ardıcıllıq nəticələri əldə etmək üçün yüksək keyfiyyətli primerlər və şablonlar vacibdir. Beləliklə, primerlər seçildikdə, onlar ardıcıllıq etmək istədiyimiz xüsusi bölgə üçün unikal olmalıdır. PCR Primerləri gücləndiriləcək DNT fraqmentlərinin başlanğıc və son bölgəsinə uyğun gələn nukleotid uzunluğu 18-25 olan qısa DNT zəncirləridir. PCR primerləri irəli və tərs primer ola bilər. Yaxşı bir primerdə Guanin və Sitozin (GC) tərkibi 40-60 aralığında olmalıdır. Primer yumşalma temperaturu və ərimə temperaturu PCR zamanı mühüm aspektlərdir. Bu, PCR primerləri ilə Sequencing primerləri arasındakı fərqdir.
