Əsas Fərq – Exome vs RNT Sequencing
Nuklein turşusunun ardıcıllığı orqanizmin müəyyən bir DNT və ya RNT fraqmentində nukleotidlərin sırasını təyin edən texnikadır. Sekvensiya hüceyrənin DNT və RNT tərkibini müəyyən etmək və funksional zülalları kodlayan müəyyən genləri ayırd etmək üçün vacibdir; beləliklə, ardıcıllıq bu genlərin mutasiyalarını və gen ifadələrini anlamaq üçün istifadə edilə bilər. Sanger Sequencing metodu və ya daha təkmil Növbəti nəsil ardıcıllıq üsulları çox istifadə edilən ardıcıllıq metodlarıdır. Ekzom ardıcıllığı bir orqanizmdə mövcud olan ekzonların tam dəstinin və ya kodlayan DNT bölgələrinin ardıcıllığıdır, RNT ardıcıllığı isə Ribonuklein turşularının (RNT) ardıcıllıq prosedurudur. Bu, ekzoma və RNT ardıcıllığı arasındakı əsas fərqdir.
Exome Sequencing nədir?
Exome, müəyyən bir orqanizmin kodlaşdıran genlərindən ibarət genomun alt çoxluğudur. Kodlaşdıran genlər ekzonlar olaraq adlandırılır və mRNT-yə transkripsiya edilir və sonra amin turşusu ardıcıllığına çevrilir. Transkripsiyadan sonrakı modifikasiyalar zamanı eukariotlarda RNT birləşmə mexanizmi intronlar (kodlaşdırılmayan bölgələr) çıxarılır və ekzonlar qalır. Ekzom ardıcıllığının həyata keçirildiyi iki əsas texnika var: həll əsaslı və massiv əsaslı.
Məhsul əsaslı ekzom ardıcıllığında DNT nümunələri ya məhdudlaşdırıcı fermentlər, ya da mexaniki üsulla parçalanır və istiliklə denatürasiya edilir. Bu texnikada biotinləşdirilmiş oliqonukleotid zondları (yemlər) genomdakı hədəf bölgələrlə selektiv şəkildə hibridləşmək üçün istifadə olunur. Bağlama addımı üçün maqnit streptavidin muncuqları istifadə olunur. Bağlama, bağlanmamış və hədəflənməmiş ardıcıllığın yuyulduğu bir yuma mərhələsi ilə izlənilir. Bağlanan hədəflər daha sonra Polimeraza Zənciri reaksiyası (PZR) istifadə edərək gücləndirilir və sonra Sanger ardıcıllığı və ya Növbəti Nəsil Sıralama üsullarından istifadə edilərək ardıcıllaşdırılır.
Şəkil 01: Exome Sequencing
Masiv əsaslı üsul da məhlul əsaslı metoda bənzəyir, istisna olmaqla, DNT fraqmentləri mikro massivdə tutulur, sonra ardıcıllıqla bağlanmadan əvvəl bağlanma və yuyulma addımları izlənilir.
Ekzom ardıcıllığı xəstəliklərin genetik diaqnostikası, gen terapiyası, yeni genetik markerlərin müəyyən edilməsi, kənd təsərrüfatında müxtəlif faydalı aqronomik əlamətlərin müəyyən edilməsi və bitki yetişdirmə prosedurları kimi bir çox tətbiqlərdə istifadə olunur.
RNT Sequencing nədir?
RNT ardıcıllığı hüceyrənin tam transkriptləri olan transkriptoma əsaslanır. RNT ardıcıllığının əsas məqsədləri mRNT, kodlaşdırmayan RNT və kiçik RNT daxil olmaqla, transkriptin bütün növlərini kataloqlaşdırmaq, genlərin transkripsiya strukturunu müəyyən etmək və inkişaf zamanı hər bir transkriptin ifadə səviyyələrini ölçməkdir. RNT ardıcıllığı zamanı hibridləşmə texnologiyaları (bunlar yetkin mRNT ardıcıllığından əldə edilən tamamlayıcı DNT idi) ardıcıllıq üçün əvvəlcə istifadə edilmişdir. Hazırda RNT ardıcıllığı üçün daha dəqiq və təkmil keçid texnikası istifadə olunur.
Şəkil 02: RNT Sıralaması
RNT ardıcıllığında ümumi RNT və ya fraksiyalaşdırılmış RNT ola bilən RNT nümunəsi əks transkripsiyadan istifadə edərək onun tamamlayıcı DNT-nə (cDNA) çevrilir və cDNA kitabxanası hazırlanır. Hər bir cDNA fraqmenti hər iki tərəfdən (cüt uc ardıcıllığı) və ya bir tərəfdən (tək uc ardıcıllığı) adapterlərə əlavə olunur. Bu işarələnmiş ardıcıllıqlar Sanger ardıcıllığı və ya ekzom ardıcıllığı kimi növbəti nəsil istifadə edərək ardıcıllıqla sıralanır.
Exome və RNT Sequencing Arasındakı oxşarlıqlar nələrdir?
- Qısa seçilmiş fraqmentlər və ya bütün DNT / RNT dəsti Exome və ya RNT ardıcıllığı üçün istifadə edilə bilər.
- Ardıcıl fraqmentlər kitabxanalarda saxlanılır.
- Sanger ardıcıllığı və ya Next Generation ardıcıllığı istifadə edilə bilər.
- Hər ikisi in vitro sıralama metodlarıdır.
- Ardıcıl fraqmentlər flüoresan teqlərlə müəyyən edilə bilər.
Exome və RNT Sequencing Arasındakı Fərq Nədir?
Exome vs RNT Sequencing |
|
| Ekzom ardıcıllığı orqanizmdə mövcud olan ekzonların və ya kodlayan DNT bölgələrinin tam dəstinin ardıcıllığıdır. | RNT ardıcıllığı Ribonuklein turşularının (RNT) ardıcıllıq proseduruna aiddir; transkriptom. |
| Başlanğıc Nümunə | |
| Genomik DNT ekzoma ardıcıllığının başlanğıc nümunəsidir. | RNT RNT ardıcıllığının başlanğıc nümunəsidir. |
| Tərkibi | |
| Bu, yalnız Exons kimi tanınan ümumi DNT-nin kodlaşdırma bölgələrini ehtiva edir | Buna RNT-mRNT / transkriptom daxildir. |
| Ardıcıllıq | |
| Eksomların ardıcıllığının iki əsas üsulu var; həll əsaslı və massiv əsaslı texnologiyalar. | RNT ardıcıllığı ümumi RNT və ya parçalanmış RNT-nin çıxarılması ilə cDNT kitabxanasının hazırlanması yolu ilə həyata keçirilir. |
Xülasə – Exome vs RNT Sequencing
Ekzoma orqanizmin kodlaşdırma bölgələrinin tam dəstidir və Ekzomun dəqiq nukleotid sırasının müəyyən edilməsində iştirak edən üsullar ekzom ardıcıllığı kimi tanınır. RNT ardıcıllığı bir orqanizmin RNT-nin nukleotid sırasının müəyyən edilməsində iştirak edən texnikadır. Bu, ekzoma və RNT ardıcıllığı arasındakı fərqdir.
Exome vs RNT Sequencing-in PDF Versiyasını endirin
Bu məqalənin PDF versiyasını yükləyə və sitat qeydinə əsasən onu oflayn məqsədlər üçün istifadə edə bilərsiniz. Zəhmət olmasa PDF versiyasını buradan yükləyin Exome və RNT Sequencing Arasındakı Fərq
