Əsas Fərq - Bakterial Transpozalar və Retroviral İnteqrasiyalar
Daşınan genetik material bir bölgədən genomların daxilində və arasında növbəti bölgəyə keçmək üçün iki əsas strategiya ilə təkamül etmişdir. Bir üsul, bir DNT molekulunun meydana gəlməsindən əvvəl bir RNT molekulu ilə yerdəyişmədir, digər yol isə DNT aralıqlarını əhatə edir. Transposazlar və viral inteqrazalar belə transpozisiyalı genetik materiala misaldır. Bakterial transpozalar transpozonların ucuna bağlanır və müxtəlif mexanizmlər vasitəsilə genomun başqa hissəsinə transpozon hərəkətinin katalizinə şərait yaradır. Retrovirus inteqrazları HİV kimi retrovirusun genetik materialının onun yoluxduğu ana hüceyrənin genetik materialına (DNT) inteqrasiyasına kömək edən fermentlərdir. Bu, bakterial transpozalar və retroviral inteqrasiyalar arasındakı əsas fərqdir.
Bakterial Transpozalar nədir?
Transposaza müxtəlif mexanizmlər vasitəsilə genomun başqa bir hissəsinə transpozon hərəkətinin katalizini asanlaşdıran transpozonların sonuna bağlanan bir ferment kimi müəyyən edilə bilər. Belə mexanizmlərə “kəs və yapışdırma mexanizmi” və “replikativ köçürmə mexanizmi” daxildir. Transposaza ilk dəfə Tn3 transpozonunun transpozisiyası üçün lazım olan fermentin klonlaşdırılması yolu ilə təqdim edilmişdir. Transpozisiya edilə bilən genetik elementlər tərəfindən genomlar arasında və ya bir saytdan digərinə yerdəyişmə üçün iki mühüm strategiya istifadə edilmişdir. DNT nüsxəsinin sintezindən əvvəl RNT-nin ara məhsulu vasitəsilə daşınması bir strategiyadır, digəri isə yalnız DNT aralıq maddələrinə bağlanır. Hər iki elementin inteqrasiyasında iştirak edən rekombinasiya reaksiyaları elementə xas fermentlər hesabına baş verir. Beləliklə, DNT elementlərinin bir nümunəsində bu fermentlər transpozazalar, RNT elementlərinin bir nümunəsində isə inteqrazlar kimi tanınırlar.
Hər iki transpozisiya strategiyası arasındakı fərqləri müqayisə edərkən, daxiletmə prosesinin kimyəvi cəhətdən eyni olduğu görünür. Lakin son sübutlar təklif edir ki, inteqrasiya mexanizmindəki müəyyən oxşarlıqlar aktiv sahəni meydana gətirən amin turşusu ardıcıllığının bölgələrində görünür; DDE motivi. Hazırda transpozaların beş ailəsi təsnif edilir, lakin yeni transpoza simvolları ilə ailələrin sayı hələ artmır. Ailələrə DDE transpozaza, Tirozin (Y) transpozaza, Serin (S) transpozaza, Dönən dairə transpozaza, Əks transkriptaza/endonükleazalar (RT/En) və s. daxildir. Bu ailələr DNT-nin parçalanması və yenidən birləşməsi üçün unikal katalitik mexanizmlərdən istifadə edirlər. DDE transposazası orijinal transpozonun kəsmə və yapışdırma mexanizmində iştirak edir və üç dəst konservləşdirilmiş amin turşusu daşıyır; aspartat (D), aspartat (D) və glutamat (E). Tirozin transpozaları həmçinin tirozin qalıqlarının istifadəsi ilə kəsmə və yapışdırma mexanizmində iştirak edir ki, bu da sahəyə xasdır.
Şəkil 01: Bakterial Transpozalar
Serin transpozaları dairəvi DNT-nin ara məhsulunu ehtiva edir və yuxarıdakı ailələr kimi kəsmə və yapışdırma mexanizmini həyata keçirir. Yuvarlanan çevrə transposazası, DNT replikasiyası vasitəsilə bir zəncirinin birbaşa hədəf bölgəyə kopyalandığı kopyalama mexanizmində iştirak edir. Bu, şablon zəncirinin və kopyalanan ipin yeni sintez edilmiş bir ipə malik olmasını təmin edir. Əks transkriptazalar/endonükleazlar transposazası transpozisiya üçün müxtəlif mexanizmlərə malikdir.
Retroviral İnteqrasiyalar nədir?
Retroviral İnteqraza kontekstində HİV kimi retrovirusun genetik materialının yoluxmuş hüceyrənin genetik materialına (DNT) inteqrasiyasına kömək edən retrovirus fermenti hesab olunur. Bu retroviral inteqrasiyalar ən çox faj inteqrazaları ilə qarışdırılır. Faj inteqrazalarına misal olaraq λ faq inteqrazaları verilə bilər. Ancaq bunlar tamamilə fərqli fermentlərdir və onları qarışdırmaq olmaz. Retrovirus preinteqrasiya kompleksinin formalaşmasında retroviral inteqraza böyük rol oynayır. Retroviral inteqraza zülalları adətən üç (03) kanonik domendən ibarətdir. Bu domenlər çevik əlaqələndiricilərlə birləşdirilib.
Üç domenə N terminal sink bağlayan domen daxildir, burada üç spiral dəstəsi birləşir və Zn2+ kation, RNase H qatının iştirakı ilə koordinasiya yolu ilə sabitləşir. katalitik nüvə domeni və SH3 qatı olan C terminal DNT bağlayıcı domen. Tədqiqat və biokimyəvi və struktur məlumatlarla bu, retrovirus inteqrazasının dimmerlərin (tetramer) dimeri kimi fəaliyyət göstərmək qabiliyyətinə malik olduğunu göstərir. Multimerizasiya və viral DNT-nin bağlanması kontekstində retroviral inteqraza zülalının hər üç sahəsi. Retroviral inteqrazın əsas funksiyası onun genetik materialını DNT-yə daxil etməkdir. Bu addım HİV virusunun viral replikasiyasında ən vacib addımdır. Uğurla inteqrasiya edildikdən sonra o, ömrünün sonuna qədər hüceyrənin xromosom DNT-sində olacaq.
Şəkil 02: Retroviral İnteqrasiyalar
Ona görə də inteqrasiya edildikdən sonra hüceyrənin geri qaytarılması yoxdur. Bu retroviral inteqrasiyalar 3' son emal və kovalent ligasiya daxil olmaqla iki əsas reaksiyanın katalizatorunda iştirak edir.3' ucu emal zamanı viral DNT-nin hər iki 3' ucundan 2-3 nukleotid viral DNT-nin 3' ucunun CA dinukleotidlərini aşkar etmək məqsədi ilə çıxarılır və kovalent ligasiya zamanı işlənmiş 3' ucları çıxarılır. viral DNT kovalent şəkildə ev sahibinin xromosom DNT-sinə bağlanır.
Bakterial Transposazlar və Retroviral İnteqrasiyalar Arasındakı Oxşarlıq Nədir?
Həm Bakterial Transpozazalar, həm də Retroviral İnteqraza oxşar amin turşusu ardıcıllığına malikdir
Bakterial Transpozalar və Retroviral İnteqrasiyalar Arasındakı Fərq Nədir?
Bakterial Transpozalar vs Retroviral İnteqrasiyalar |
|
| Bakterial Transposaza müxtəlif mexanizmlər vasitəsilə genomun başqa bir hissəsinə transpozon hərəkətinin katalizini asanlaşdırarkən transpozonların sonuna bağlanan bir fermentdir. | Retroviral İnteqrazlar HİV kimi retrovirusun genetik materialının yoluxmuş hüceyrənin genetik materialına (DNT) inteqrasiyasına kömək edən retrovirus fermenti hesab olunur. |
| Bağlayıcı Regionlar | |
| Bakterial Transpozalar üçün yüksək spesifik bağlanma bölgələri lazımdır. | Birləşmə üçün daha az və ya heç bir nukleotid ardıcıllığı tələb olunmur. |
Xülasə – Bakterial Transpozalar və Retroviral İnteqrasiyalar
Bakteriya transpozaları HİV kimi retrovirusun genetik materialının yoluxmuş hüceyrənin genetik materialına (DNT) inteqrasiyasına kömək edən retrovirus fermenti hesab olunur. Transpozisiya edilə bilən genetik elementlər tərəfindən genomlar arasında və ya bir saytdan digərinə yerdəyişmə üçün iki mühüm strategiya istifadə edilmişdir. Hazırda transpozaların beş ailəsi təsnif edilir, lakin yeni transpoza simvolları ilə ailələrin sayı hələ artmır. Retroviral Integrase, HİV kimi retrovirusun genetik materialının yoluxmuş hüceyrənin genetik materialına (DNT) inteqrasiyasına kömək edən retrovirus fermenti hesab olunur. Retroviral inteqraza zülalları adətən üç (03) kanonik domendən ibarətdir. Retroviral inteqrazın əsas funksiyası onun genetik materialını DNT-yə daxil etməkdir. Bu addım HİV virusunun viral replikasiyasında ən vacib addımdır. Buna görə də, inteqrasiya edildikdən sonra hüceyrə üçün geri dönüş yoxdur. Bu, Bakterial transpozalarla Retroviral İnteqraza arasındakı fərqdir.
Bakterial Transposazlara qarşı Retroviral İnteqrasiyaların PDF faylını endirin
Bu məqalənin PDF versiyasını yükləyə və sitat qeydinə əsasən onu oflayn məqsədlər üçün istifadə edə bilərsiniz. Zəhmət olmasa PDF versiyasını buradan endirin: Bakterial Transposazlar və Retroviral İnteqrasiyalar Arasındakı Fərq
