MLVA və MLST arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, MLVA mikrob növlərini xarakterizə etmək üçün tandemlə təkrarlanan DNT ardıcıllığının polimorfizmindən istifadə edir, MLST isə mikrob növlərini xarakterizə etmək üçün çoxlu təmizlik genlərinin daxili fraqmentlərinin DNT ardıcıllığının polimorfizmindən istifadə edir.
Mikrob tipləmə adətən infeksiyaların mənbəyini və yollarını müəyyən etmək üçün istifadə olunur. O, epidemiyaları təsdiq edir və ya istisna edir. Mikrob tipləməsi həmçinin səhiyyə ilə əlaqəli patogenlərin çarpaz ötürülməsini izləyir və virulent ştammları tanıyır. Bundan əlavə, mikrob tipləşdirilməsi patogen mikrob növlərinə qarşı mübarizə tədbirlərinin effektivliyini qiymətləndirir. MLVA və MLST mikrob tipləşdirmədə istifadə edilən iki molekulyar bioloji üsuldur.
MLVA nədir?
Multiple loci VNTR analizi (MLVA) mikrob növlərini xarakterizə etmək üçün tandemlə təkrarlanan DNT ardıcıllığının polimorfizmindən istifadə edən molekulyar bioloji üsuldur. Bu, müəyyən mikrob növlərinin genetik analizi üçün istifadə edilən üsuldur.
MLVA-nın ilk addımı zamanı hər bir hədəflənmiş VNTR lokusu yan bölgəyə məxsus primerlərlə PCR ilə gücləndirilir. Sonra alınan fraqmentlər kapilyar sequencerdə elektroforez yolu ilə ölçülərə bölünür. Hər bir lokusun genotiplənməsi və hər bir nümunədən alınan nəticələr növü məlum olan mikroorqanizmi xarakterizə etməyə imkan verir. O, həmçinin allel yazmaq və MLVA verilənlər bazası ilə müqayisə etməklə alt növləri müəyyən etməyə imkan verir.
Şəkil 01: MLVA
Bu MLVA metodu MLST metodundan daha seçicidir. Bundan əlavə, MLVA metodu DNT ardıcıllığı addımını tələb etmir. Beləliklə, bu, yaxın alt növləri və ya klonal növləri fərqləndirməyə imkan verir.
MLST nədir?
Multilocus sequence typing (MLST) mikrob növlərini xarakterizə etmək üçün çoxsaylı təsərrüfat genlərinin daxili fraqmentlərinin DNT ardıcıllığının polimorfizmindən istifadə edən bir texnikadır. MLST çoxlu lokusların yazılması üçün genetik analiz texnikasıdır.
Şəkil 02: MLST
Mikrob növlərinin müxtəlif suşlarını ayırd etmək üçün istinad texnikası kimi istifadə edilən bir sıralama tipləmə növüdür. Bu üsul ev təsərrüfatı genlərinin ardıcıllığına əsaslanır. Təmizlik genləri normal olaraq bakteriya kimi mikrob agentlərinin əsas zülallarını kodlayır. Təmizlik genlərinin bu ardıcıllığı zamanla sabit bir polimorfizm təqdim etmək xüsusiyyətinə malikdir. Buna görə də, təsərrüfat genlərinin ardıcıllığında fərqlər ştammları bir-birindən ayırmaq üçün kifayət qədərdir. Bundan əlavə, hazırlanmış ilk MLST sxemi meningokokk meningit və sepsisemiyanın törədicisi olan Neisseria meningitidis olmuşdur. Tətbiq edildiyi gündən MLST yalnız insan patogenləri üçün deyil, həm də bitki patogenləri üçün istifadə edilmişdir.
MLVA və MLST arasında hansı oxşarlıqlar var?
- MLVA və MLST mikrob tipləşdirmədə istifadə olunan iki molekulyar bioloji texnikadır.
- Hər iki üsul mikrobların filogenetik analizi üçün istifadə edilə bilər.
- Hər iki texnika genetik polimorfizmə əsaslanır.
- Onlar mikrob patogenlərinə səbəb olan insan xəstəliklərinin aşkarlanması üçün istifadə edilə bilər.
- Hər iki texnika təcrübəli molekulyar bioloqlar tərəfindən yerinə yetirilməlidir.
MLVA ilə MLST arasındakı fərq nədir?
MLVA mikrob növlərini xarakterizə etmək üçün tandemlə təkrarlanan DNT ardıcıllığının polimorfizmindən istifadə edən texnikadır. Bu arada, MLST mikrob növlərini xarakterizə etmək üçün çoxlu ev təsərrüfatı genlərinin daxili fraqmentlərinin DNT ardıcıllığının polimorfizmindən istifadə edən bir texnikadır. Beləliklə, bu MLVA və MLST arasındakı əsas fərqdir. Bundan əlavə, MLVA metodu MLST metodundan daha seçicidir.
Aşağıdakı infoqrafika MLVA və MLST arasındakı fərqləri yan-yana müqayisə üçün cədvəl şəklində təqdim edir.
Xülasə – MLVA vs MLST
MLVA və MLST mikrob tipləşdirmədə istifadə olunan iki molekulyar bioloji üsuldur. MLVA mikrob növlərini xarakterizə etmək üçün tandemlə təkrarlanan DNT ardıcıllığının polimorfizmindən istifadə edir, MLST isə mikrob növlərini xarakterizə etmək üçün çoxlu məişət genlərinin daxili fraqmentlərinin DNT ardıcıllığının polimorfizmindən istifadə edir. Beləliklə, bu, MLVA və MLST arasındakı əsas fərqdir.
