crRNA tracrRNA ilə gRNA arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, crRNA hədəf DNT ardıcıllığını tamamlayan CRISPR-ın iki növ RNT-dən biridir, tracrRNA isə CRISPR-ın ikinci növ RNT-dir. Cas nukleazı və gRNA üçün bağlayıcı skafold hədəf DNT-ni tanıyan və Cas zülallarını hədəf DNT-də cüt zəncirli qırılmalara istiqamətləndirən CRISPR-Cas9 bakteriya və arxe sisteminin iki əsas komponentindən biridir.
CRISPR qruplaşdırılmış müntəzəm kəsişmiş qısa palindromik təkrarları ifadə edir. Bakteriyaların və arxeyaların immun sistemlərindən biridir. Bakteriyalar və arxelər bu sistemdən özlərini viral patogenlərdən qorumaq üçün istifadə edirlər. Uğurlu genetik modifikasiyanı ehtiva edən ən heyrətamiz mexanizmlərdən biridir. Bu mexanizm (CRISPR-Cas9) Biotexnologiyada yeni bir gen redaktə vasitəsi kimi istifadə olunur. Xüsusilə gen mühəndisliyi sahəsində biotexnologiyaya yeni irəliləyişlər gətirdi.
CRISPR-Cas9 sisteminin iki əsas komponenti var. Bunlar bələdçi RNT (gRNA) və CRISPR ilə əlaqəli (Cas) nukleazlardır. Bələdçi RNT, Cas zülallarını hədəf DNT-ni parçalamaq üçün istiqamətləndirən xüsusi bir RNT ardıcıllığıdır. Bələdçi RNT iki növ RNT-dən ibarətdir. Bunlar crispr RNT (crRNA) və tracrRNA-dır. CRISPR ilə əlaqəli (Cas) nukleazlar, hədəf DNT-də cüt zəncirli qırılmalar yaradan qeyri-spesifik endonükleazlardır. Hədəf DNT-də qoşa zəncirli qırılmalar yaradaraq, bakteriya və arxeya onların endogen təmir mexanizmlərini viral DNT-ni təsirsiz hala gətirməyə istiqamətləndirir.
CrRNA nədir?
crRNA və ya Crispr RNT bələdçi RNT-nin iki növündən biridir. Struktur olaraq, 17-20 nukleotid ardıcıllığıdır. crRNA-nın ən dəyərli xüsusiyyəti onun hədəf DNT-yə tamamlayıcı olmasıdır. Buna görə də, crRNA viral DNT ardıcıllığı ilə uyğun gəlir. CRISPR-Cas 9 sisteminin spesifikliyi crRNT-dən asılıdır. Bakteriyalarda crRNA ikinci növ CRISPR RNT olan tracrRNA ardıcıllığı ilə birləşdirilir. crRNA istehsalı bakteriyaların bir virusa təkrar məruz qalması ilə tetiklenir. Məruz qaldıqda, crRNA-nı kodlayan genin transkripsiyası baş verir. Daha sonra virusa qarşı müdafiə mexanizmi başlayır.
Şəkil 01: CRISPR-Cas9 Sistemi
TracrRNA nədir?
Trans-aktivləşdirici crRNA və ya tracrRNA bələdçiRNA və ya CRISPR RNT-nin ikinci hissəsidir. İzləyici RNT kimi tələffüz olunur. tracrRNA endonükleaza Cas 9 zülalının bağlayıcı skeleti kimi xidmət edir. Başqa sözlə, tracrRNA Cas9-u hədəf DNT-yə istiqamətləndirmək üçün bir tutacaq kimi işləyir. Struktur olaraq tracrRNA-da 42 nukleotid var. O, crRNA ilə birlikdə mövcuddur.
gRNA nədir?
Bələdçi RNT və ya gRNA CRISPR-Cas9 immun sisteminin iki əsas komponentindən biridir. Bu, iki elementdən ibarət olan xüsusi bir RNT ardıcıllığıdır: crRNA və tracrRNA. gRNA hədəf DNT-ni tanıyır və Cas zülallarını hədəf DNT-də qoşa zəncirli qırılmalara yönəldir. Bunu etmək üçün crRNA hədəf DNT-nin tamamlayıcı ardıcıllığından ibarətdir, tracrRNA isə tutacaq kimi işləyən Cas zülallarına rəhbərlik edir.
Şəkil 02: gRNA
Düzgün gRNT-nin layihələndirilməsi CRISPR-Cas9 gen redaktə alətində mühüm addımdır. Buna görə də, CRISPR sisteminin müvəffəqiyyəti və redaktə effektivliyi gRNA-nın düzgün ardıcıllığından asılıdır. gRNT transfeksiya edilmiş plazmidin hüceyrələrində ifadə oluna bilər. Klonlanmış plazmidlər hüceyrələrə daxil edildikdə, ana hüceyrələr gRNA yaradır. Ən çox yaradılan gRNT 100 baza cütündən ibarətdir.
crRNA tracrRNA və gRNA arasında hansı oxşarlıqlar var?
- crRNA, tracrRNA və gRNA bakteriya və arxeyalarda tapılan RNT ardıcıllığıdır.
- Onların hamısı CRISPR sisteminə aiddir.
- gRNA crRNA və tracrRNA-dan hazırlanır.
- Onlar bakteriofaq DNT-nin tanınmasında və endonükleazların hədəf DNT-yə istiqamətləndirilməsində iştirak edirlər.
- Beləliklə, RNT-nin hər üç növü Cas9 nüvəsini idarə etməkdə iştirak edir və yad genetik materialları zəbt edərək ikiqat zəncirlə qırılır.
- CRISPR təcrübəsinin uğuru RNT-nin hər üç növündən asılıdır.
crRNA tracrRNA və gRNA arasındakı fərq nədir?
crRNA, hədəf DNT-ni tamamlayan CRISPR-nin gRNA-nın bir hissəsidir, tracrRNA isə Cas nukleazı üçün bağlayıcı quruluş kimi xidmət edən gRNA-nın ikinci hissəsidir.gRNA crRNA və tracrRNA-nın birləşməsidir və o, hədəf DNT-ni tanıyan və hədəf DNT-də cüt zəncirli qırılmalar yaratmaq üçün nükleazları istiqamətləndirən CRISPR-Cas9 sisteminin iki komponentindən biridir. Beləliklə, bu crRNA tracrRNA və gRNA arasındakı əsas fərqdir.
Aşağıdakı cədvəl crRNA tracrRNA və gRNA arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
Xülasə – crRNA vs tracrRNA vs gRNA
CRISPR-Cas9 sistemi bakteriya və arxeyaların immun sistemidir. Bu sistem Biotexnologiyada gen redaktə vasitəsi kimi istifadə olunur. CRISPR iki növ RNT-dən, yəni CRISPR RNT (crRNA) və transaktiv CRISPR RNT (tracrRNA) ibarətdir. Onlar birlikdə bələdçiRNA və ya gRNA kimi tanınırlar. Bu RNT invaziv patogenlərin hədəf ardıcıllığını tanıyır və hədəf DNT-də cüt zəncirli qırılmalar yaratmaq üçün endonükleazları istiqamətləndirir. Xarici genetik materialda ikiqat zəncirli qırılmalar edildikdən sonra endogen təmir mexanizmi (homoloji olmayan son birləşmə; NHEJ) mutasiyaları daxil etməklə xarici DNT-ni təsirsiz hala gətirir. Beləliklə, bu, crRNA tracrRNA və gRNA arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
