CDS və ORF arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, CDS zülala çevrilən genin faktiki nukleotid ardıcıllığıdır, ORF isə tərcümənin başlanğıc yerindən (başlanğıc kodonu) başlayan və bir DNT ardıcıllığı ilə bitən bir uzantıdır. tərcümənin dayandırılması saytı (stop kodonu).
Gen kodlaşdırma ardıcıllığına (CDS) malikdir. O, genin ümumi ekzonlarından və başlanğıc kodonundan və dayanma kodonundan ibarətdir. Proteini tərcümə edən və istehsal edən genin faktiki hissəsidir. Açıq oxu çərçivəsi və ya ORF başlanğıc kodonu və dayanma kodonu arasında yerləşən nukleotid ardıcıllığıdır. ORF-də zülala çevrilən genetik kodu kəsən heç bir stop kodonu yoxdur. Prokaryotlarda bir genin CDS və ORF eynidir.
CDS nədir?
CDS və ya kodlaşdırma ardıcıllığı genin əslində proteinə çevrilən hissəsidir. Eksonlardan və AUG kodonu və dayandırıcı kodon kimi tanınan iki kodondan ibarətdir. CDS-də iki Tərcümə edilməmiş bölgə yoxdur: 5' UTR və 3 UTR. Üstəlik, intronlar CDS-ə daxil edilmir.
Şəkil 01: Kodlaşdırma ardıcıllığı
Fərdin bütün genomu ilə müqayisə edildikdə, kodlaşdırma ardıcıllığı kiçik bir hissədir. Kodlaşdırma ardıcıllığı zülalın amin turşusu ardıcıllığını yaratmaq üçün lazımi nukleotid ardıcıllığından ibarətdir. Buna görə də, CDS nukleotid üçlüyü və ya kodonlara bölünə bilən konsentratlı ekzonlardır. Kodonlar amin turşularını əmələ gətirir.
ORF nədir?
Açıq oxu çərçivəsi və ya ORF başlanğıc kodonu ilə başlayan və dayanma kodonu ilə bitən nukleotid ardıcıllığının davamlı uzanmasıdır. Sadə sözlə, ORF başlanğıc və dayanma kodonları arasında yerləşən nukleotid ardıcıllığının bölgəsinə aiddir. Arada ORF-ni kəsən heç bir dayanma kodonu yoxdur. Başlanğıc və dayanma kodonu arasındakı nukleotid ardıcıllığı amin turşularını kodlayır. Ümumiyyətlə, başlanğıc kodonu ATG, dayanma kodonları isə TAG, TAA və TGA-dır. ORF transkripsiya və tərcümə zamanı funksional zülal verir. Beləliklə, ORF bir başlanğıc kodonu, orta bölgədəki bir neçə kodon və dayanma kodonu ehtiva edir. Maraqlıdır ki, ORF üçə bölünə bilən uzunluğa malikdir.
Şəkil 02: Oxu çərçivəsini açın
Prokaryotlarda intronlar olmadığı üçün ORF birbaşa mRNT-yə transkripsiya edən genin kodlaşdırma ardıcıllığıdır. Buna görə də, CDS və PRF prokaryotlarda eynidir. Prokaryotlarda genləri axtararkən, ORF-ni aşkar etmək və prokaryotlarda bir gen tapmaq asandır. Eukariotlarda intronlar olduğu üçün ORF emaldan və ya RNT-nin birləşdirilməsindən sonra əmələ gələn kodon ardıcıllığıdır. ORF uzun müddətdir ki, uzun ORF genin bir hissəsi ola biləcəyi üçün gen proqnozlaşdırılmasına kömək edən bir sübutdur.
CDS və ORF arasında hansı oxşarlıqlar var?
- Prokaryotlarda CDS və ORF eynidir.
- Hər ikisinin başlanğıc və dayanma kodonu var.
- Onların üçə bölünə bilən bir sıra nukleotidləri var.
- Tərcümə etdikdən sonra amin turşusu ardıcıllığı yaradırlar.
CDS və ORF arasındakı fərq nədir?
CDS genin zülala çevrilən faktiki hissəsidir, ORF isə DNT-nin başlanğıc kodonu ilə dayanma kodonu arasında uzanmasıdır. Beləliklə, bu CDS və ORF arasındakı əsas fərqdir. Bundan əlavə, CDS-də intronlar yoxdur, lakin ORF-də intronlar ola bilər. CDS tam mRNA ardıcıllığına transkripsiya edir, ORF isə mRNT ardıcıllığının bir hissəsi ola bilər. Beləliklə, bu, CDS və ORF arasındakı başqa bir fərqdir.
Aşağıda infoqrafik cədvəllər CDS və ORF arasındakı fərqləri yan-yana göstərir.
Xülasə – CDS vs ORF
CDS və ORF genin iki mühüm hissəsidir. CDS bir proteinə çevrilən DNT-nin faktiki bölgəsinə aiddir. ORF başlanğıc kodonu "ATG" ilə başlayan və üç son kodondan (TAA, TAG və ya TGA) hər hansı biri ilə bitən DNT ardıcıllığıdır. ORF bir genin tam mRNT-nin bir hissəsi ola bilər. Bununla belə, bir genin kodlaşdırma ardıcıllığı mRNT ardıcıllığını tamamlamaq üçün transkripsiya edir. Bütün CDS-lər ORF-lərdir. Lakin bütün ORF-lər CDS deyil. Beləliklə, bu, CDS və ORF arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
