Təsadüfi primerlər və oliqo dT arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, təsadüfi primer bütün mümkün heksamer oliqonukleotid ardıcıllığının qarışığıdır, oliqo dT primeri isə 12-18 deoksitimidindən ibarət tək zəncirli uzanmadan ibarətdir.
Tərs transkripsiya cDNT-nin mRNT və ya hər hansı bir RNT növündən istifadə edərək sintez oluna biləcəyi bir mexanizmdir. cDNA istehsal etmək üçün tərs transkriptaza fermenti və digər zəruri komponentlər, xüsusilə şablon və primerlər təmin edilməlidir. Primerlər hədəf ardıcıllıqların gücləndirilməsi üçün xüsusi olaraq hazırlanmış qısa DNT ardıcıllıqlarıdır. Təsadüfi primerlər və oliqo dT primerləri tərs transkripsiyada istifadə olunan iki ümumi primer növüdür. Buna görə də, təsadüfi primer və ya oliqo dT primeri əks transkripsiyaya başlamaq üçün əks transkriptaza üçün tələb olunan qısa DNT oliqonukleotid ardıcıllığıdır. RNT şablonundan asılı olaraq, uyğun primer bu iki primer növündən seçilə bilər.
Təsadüfi Astarlar nədir?
Təsadüfi primer bütün mümkün heksamer ardıcıllıqlarını təmsil edən oliqonukleotidlərin qarışığıdır. Təsadüfi primerin primer ardıcıllığı 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T və ya C-dir. Buna görə də, təsadüfi primerlər tək zəncirli DNT və ya RNT-nin DNT polimeraza və ya əks transkriptaza ilə gücləndirilməsi üçün istifadə edilə bilər, müvafiq olaraq. Bundan əlavə, təsadüfi primer qarışığı cDNA yaratmaq üçün RNT-nin bütün bölgələrini gücləndirməyə qadirdir. Beləliklə, müxtəlif uzunluqlarda cDNT istehsal edir.
Şəkil 01: Təsadüfi Astarlar
Ən əsası, təsadüfi primer qarışığı şablon spesifikliyini göstərmir. mRNT və digər RNT növlərini ayırd etmək iqtidarında deyil. Və nümunədəki hər hansı bir RNT növü ilə bağlanır. Bununla belə, təsadüfi primer qarışığı rRNT, tRNT, kodlaşdırmayan RNT-lər, kiçik RNT-lər, prokaryotik mRNA və s., deqradasiya olunmuş RNT və məlum ikinci dərəcəli strukturlara malik RNT kimi poli(A) quyruğu olmayan RNT-lərin tərs transkripsiyası üçün uyğundur.
Oligo dT nədir?
Oligo dT primeri 12 – 18 deoksitimin (dT) uzanır. Primer ardıcıllığı 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3 kimi təqdim edilə bilər. Poli(A) quyruğu olan mRNA-dan cDNT istehsalı üçün istifadə olunur. Əsasən, əks transkriptaza ilə kataliz olunan reaksiya üçün primer rolunu oynayır. Əks transkripsiya zamanı oliqo dT primeri əksər eukaryotik mRNT-lərin 3´ ucunda tapılan poliadenilatlanmış quyruğu ilə bağlanır və prosesə başlayır.
Şəkil 02: Oligo dT Primer istifadə edərək tərs transkripsiya
Təsadüfi primerdən fərqli olaraq, oliqo dT primeri prokaryotik RNT və mikroRNT daxil olmaqla poli(A) quyruğu olmayan deqradasiya edilmiş RNT və ya RNT üçün uyğun deyil.
Təsadüfi Primerlər və Oligo dT arasındakı oxşarlıqlar nələrdir?
- Təsadüfi primer və oliqo dT primeri tərs transkripsiyada və cDNA-nın hazırlanmasında istifadə olunan iki növ primerdir.
- Təsadüfi primer və oliqo dT primerinin birlikdə istifadəsi cDNT sintezinin həssaslığını artırır.
- Onlar tək zəncirli qısa nukleotid ardıcıllıqlarıdır.
Təsadüfi Primerlər və Oliqo dT arasındakı fərq nədir?
Təsadüfi primer təsadüfi ardıcıllıqdan ibarət qısa oliqonukleotid ardıcıllığıdır. Bu arada, oliqo dT primeri 12-18 deoksitimidindən ibarət qısa bir zəncirdir. Beləliklə, bu təsadüfi primerlər və oliqo dT arasındakı əsas fərqdir. Təsadüfi primerin ardıcıllığı 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T və ya C. Halbuki, oliqo dT primerinin ardıcıllığı 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3´-dir.. Buna görə də biz bunu təsadüfi primerlər və oliqo dT arasındakı digər fərq kimi nəzərdən keçirə bilərik.
Bundan başqa, təsadüfi primerlər şablon spesifikliyi göstərmir və onlar RNT-nin istənilən növü ilə bağlanır, oliqo dT primerləri isə eukaryotik mRNT-nin poli(A) quyruğu üçün spesifiklik nümayiş etdirir.
Aşağıdakı infoqrafika təsadüfi primerlər və oliqo dT arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
Xülasə – Təsadüfi Astarlar və Oligo dT
Təsadüfi primer və oliqo dT primer cDNT sintezində istifadə olunan iki növ primerdir. Təsadüfi primer, bütün mümkün heksamer ardıcıllıqlarını təmsil edən oliqonukleotidlərin qarışığından ibarətdir, oliqo dT primeri isə 12-18 deoksitimidindən ibarət tək zəncirli ardıcıllıqdır. Beləliklə, bu təsadüfi primerlər və oliqo dT arasındakı əsas fərqdir. Bundan əlavə, oliqo dT primerləri poli(A) quyruğu olan RNT-nin tam uzunluqlu tərs transkripsiyası üçün faydalıdır, təsadüfi primerlər isə pozulmuş RNT, poli(A) quyruğu olmayan RNT və tərkibində RNT daxil olmaqla əksər RNT növlərinin tərs transkripsiyası üçün faydalıdır. ikinci dərəcəli strukturlar. Buna görə də, təsadüfi primer şablon spesifikliyini göstərmir, oliqo dT primeri isə poli(A) quyruğu olan eukaryotik mRNT-yə qarşı spesifiklik göstərir.
