Əsas Fərq – Xromosom Gəzintisi və Atlama
Xromosom yerişi və xromosom atlaması molekulyar biologiyada genlərin xromosomlarda yerləşdirilməsi və genomların fiziki xəritələşdirilməsi üçün istifadə olunan iki texniki vasitədir. Xromosom gəzintisi, genomik kitabxananın bitişik klonlarının təkrar təcrid edilməsi və klonlanması yolu ilə genomik kitabxanada hədəf geni klonlaşdırmaq üçün istifadə edilən bir texnikadır. Xromosomal sıçrayış, xromosom yerişinin kəsilmə nöqtələrini aşan xromosom yerişinin xüsusi versiyasıdır. Xromosom gəzintisi yalnız xromosomların kiçik uzunluqlarını ardıcıllaşdıra və xəritələyə bilər, xromosom atlaması isə xromosomların böyük hissələrinin ardıcıllığına imkan verir. Bu, xromosom yerişi ilə xromosom atlaması arasındakı əsas fərqdir.
Xromosom gəzintisi nədir?
Xromosom gəzintisi üst-üstə düşən məhdudlaşdırma fraqmentlərindən istifadə etməklə xromosomların naməlum ardıcıllıq bölgələrini araşdıran bir vasitədir. Xromosom gəzintisində, məlum genin bir hissəsi zond kimi istifadə edilir və xəritələnəcək və ya ardıcıllaşdırılacaq xromosomun tam uzunluğunu xarakterizə etməklə davam etdirilir. Bu, markerdən hədəf uzunluğa qədər gedir. Xromosom gəzintisində hər üst-üstə düşən fraqmentlərin ucları növbəti ardıcıllığı müəyyən etmək üçün hibridləşmə üçün istifadə olunur.
Zodlar klonlanmış DNT-nin son hissələrindən hazırlanır və onlar subklonlaşdırılır. Sonra onlar növbəti üst-üstə düşən fraqmenti tapmaq üçün istifadə olunur. Bütün bu üst-üstə düşən ardıcıllıqlar xromosomun genetik xəritəsini qurmaq və hədəf genləri tapmaq üçün istifadə olunur. Bu, yenidən qurulmuş genomik kitabxanadan kiçik üst-üstə düşən fraqmentlərlə DNT-nin uzun hissələrini təhlil etmək üsuludur.
Xromosom Gəzinti Texnikası – Addımlar
-
Hədəf genin yaxınlığında məlum gen və ya marker ehtiva edən DNT fraqmentinin təcrid edilməsi
- Seçilmiş fraqmentin məhdudiyyət xəritəsinin hazırlanması və zond kimi istifadə etmək üçün fraqmentin son bölgəsinin subklonlaşdırılması
- Sondun növbəti üst-üstə düşən fraqmentlə hibridləşdirilməsi
- Fraqment 1-in məhdudlaşdırma xəritəsinin hazırlanması və növbəti üst-üstə düşən fraqmentin identifikasiyası üçün zond kimi istifadə etmək üçün fraqment 1-in son bölgəsinin subklonlaşdırılması.
- Sondun növbəti üst-üstə düşən fraqmentlə hibridləşməsi 2
- Fraqment 2-nin məhdudlaşdırma xəritəsinin hazırlanması və növbəti üst-üstə düşən fraqmentin identifikasiyası üçün zond kimi xidmət etmək üçün fraqment 2-nin son bölgəsinin subklonlaşdırılması
Yuxarıdakı addımlar hədəf genə və ya ardıcıllığın ümumi uzunluğunun 3' sonuna qədər davam etdirilməlidir.
Şəkil 01: Xromosom Gəzinti Texnikası
Xromosom gəzintisi bir çox orqanizmin SNP-lərinin tapılmasında və genetik yolla ötürülən xəstəliklərin təhlilində və müvafiq genlərin mutasiyalarının tapılmasında sitogenetikin mühüm aspektidir.
Xromosom atlaması nədir?
Xromosom sıçrayışı orqanizmlərin genomlarının fiziki xəritələşdirilməsi üçün molekulyar biologiyada istifadə olunan texnikadır. Bu texnika klonlaşdırma prosesi zamanı təkrarlanan DNT bölgələrini tapdıqdan sonra yaranan xromosom yerimə maneəsini aşmaq üçün tətbiq edilmişdir. Buna görə də, xromosom atlama texnikası xromosom yerişinin xüsusi bir versiyası hesab edilə bilər. Bu, xromosom yerişi ilə müqayisədə sürətli bir üsuldur və xromosom yerişi zamanı klonlanmağa meyilli olmayan təkrarlanan DNT sekanslarından yan keçməyə imkan verir. Xromosom sıçrayışı hədəf gen ilə genom xəritələşdirilməsi üçün mövcud məlum markerlər arasındakı boşluğu daraldır.
Xromosom atlama aləti xüsusi məhdudlaşdırıcı endonükleazlarla xüsusi DNT-nin kəsilməsi və fraqmentlərin dairəvi halqalara bağlanması ilə başlayır. Sonra dairəvi döngələri ardıcıllıqla sıralamaq üçün məlum ardıcıllıqla hazırlanmış bir primer istifadə olunur. Bu primer alternativ şəkildə tullanma və ardıcıllığı təmin edir. Beləliklə, o, təkrarlanan DNT ardıcıllığını keçə və hədəf genin axtarışı üçün xromosomu sürətlə gedə bilər.
Kistik fibroz xəstəliyini kodlayan genin kəşfi xromosom atlama alətindən istifadə etməklə həyata keçirilib. Birlikdə xromosom sıçrayışı və yerimə genomun xəritələşdirilməsi prosesini gücləndirə bilər.
Şəkil 02: Xromosom Atlaması
Xromosom Gəzintisi ilə Atlama arasındakı fərq nədir?
Xromosom Gəzintisi vs Atlama |
|
| Xromosom molekulyar biologiyada genom xəritələşdirilməsi və spesifik genlərin yerləşdirilməsi üçün istifadə edilən vasitədir. | Xromosom atlaması genomların fiziki xəritələşdirilməsi və xromosomlarda hədəf genlərin sürətli tapılması üçün istifadə edilən alətdir. |
| Ardıcıllığın Müqayisəli Uzunluqları | |
| Yalnız kiçik fraqmentlər xromosom yolu ilə klonlaşdırıla bilər. | Xromosomların daha böyük uzunluqları xromosom sıçrayışı ilə təyin edilə bilər. |
| Xromosomlarda Təkrarlanan DNT-nin Klonlanması | |
| Xromosom yeritmə texnikası xromosomlarda tapılan təkrarlanan DNT ardıcıllığı ilə yeriməkdə çətinlik çəkir. | Təkrarlanan DNT ardıcıllıqlarından yan keçməyə imkan verir. Buna görə də ardıcıllıq zamanı onları tapmaqda heç bir çətinlik yoxdur. |
| Proseslərə təsir edən amillər | |
| Prosesin müvəffəqiyyəti genomun ölçüsündən və məlum genomik mövqedən arzu olunan genə doğru "gəzilməli" məsafədən asılıdır. | Uğur markerdən hədəfə qədər olan məsafənin genomunun ölçüsündən asılı deyil. |
| Klonlaşdırılmamış DNT-nin Təsirləri | |
| Xromosom gəzintisi klonlaşdırılmamış DNT fraqmentləri ilə dayandırıla bilər. | Pikolosların çala biləcəyi ən aşağı not D4-dür. |
| Məlum ardıcıllığa ehtiyac | |
| Proses hədəfə yaxın olan məlum genlə başlayır. | Proses primer dizaynı üçün məlum fraqment tələb edir. |
Xülasə – Xromosom Gəzintisi və Atlama
Xromosom gəzintisi tez-tez müəyyən bir genin xromosomda əvvəllər klonlanmış genin yaxınlığında yerləşdiyi məlum olduqda və onu genomik kitabxanadan bitişik genomik klonların təkrar təcrid edilməsi ilə müəyyən etmək mümkün olduqda tətbiq edilir. Ancaq xromosom yerimə texnikası zamanı təkrarlanan DNT bölgələri aşkar edildikdə, proses davam etdirilə bilməz. Beləliklə, texnika bu nöqtədən pozulur. Xromosom sıçrayışı, genomların xəritələşdirilməsi üçün bu məhdudiyyəti aradan qaldıran molekulyar bioloji vasitədir. O, klonlanması çətin olan bu təkrarlanan DNT bölgələrini yan keçərək genomların fiziki xəritələşdirilməsinə kömək edir. Bu, xromosom yeriməsi ilə atlama arasındakı əsas fərqdir.
