Əsas Fərq – SYBR Green vs Taqman
SYBR Green və Taqman real vaxtda PCR-in gücləndirmə prosesini aşkar etmək və ya izləmək üçün istifadə edilən iki üsuldur. SYBR Green, nuklein turşusu boyama boyasının interkalasiyasına əsaslanan bir üsuldur, Taqman isə hidroliz zonduna əsaslanan bir üsuldur. Hər iki texnologiya PCR zamanı flüoresan yaratmaq üçün nəzərdə tutulmuşdur ki, bu da real vaxt rejimində PCR maşınına reaksiyanı “real vaxtda” izləməyə imkan verir. SYBR Green metodu SYBR yaşıl adlı flüoresan boyadan istifadə etməklə həyata keçirilir və boyanı istehsal olunan ikiqat zəncirli DNT-yə bağlayaraq gücləndirməni aşkar edir. Taqman ikili etiketli zondlardan istifadə etməklə həyata keçirilir və zondun Taq polimeraza tərəfindən deqradasiyası və flüoroforun buraxılması ilə gücləndirməni aşkar edir. Bu, SYBR Green və Taqman arasındakı əsas fərqdir.
SYBR Green nədir?
SYBR Green nuklein turşularını, xüsusilə Molekulyar Biologiyada ikiqat zəncirli DNT-ni ləkələmək üçün istifadə edilən flüoresan boyadır. SYBR Green metodu real vaxt PCR zamanı PCR məhsullarının kəmiyyətini müəyyən etmək üçün istifadə olunur. DNT ilə bağlandıqdan sonra yaranan DNT-boya kompleksi mavi işığı udur və sıx yaşıl işıq saçır. Bu, ikiqat zəncirli DNT ilə bağlandıqda boya molekulunda baş verən struktur dəyişikliyi səbəbindən baş verir. PCR getdikcə daha çox DNT yaratdıqda, daha çox boya molekulu DNT ilə bağlanır və daha çox flüoresan yaradır. Buna görə də, floresans PCR məhsulunun yığılması ilə artır. Beləliklə, PCR məhsulunun miqdarı SYBR Green floresan aşkarlanması ilə kəmiyyətcə ölçülə bilər.
SYBR yaşıl boya həmçinin sitometriyada və flüoresan mikroskopiyada DNT etiketlənməsi üçün istifadə edilə bilər. Etidium bromid gel elektroforezində DNT vizuallaşdırılması zamanı utilizasiya problemi olan kanserogen boya olduğundan, etidium bromid uğurla SYBR Green ilə əvəz edilmişdir.
SYBR yaşıl metodunun üstünlükləri və mənfi cəhətləri var. Bu üsul çox həssas, ucuz və istifadəsi asandır. Bununla belə, hər hansı ikiqat zəncirli DNT-yə bağlanma qabiliyyətinə görə, qeyri-spesifik bağlanma PCR məhsulunun kəmiyyətinin çox olmasına səbəb ola bilər.
Şəkil 01: SYBR Yaşıl Texnika
Təqman nədir?
Taqman real vaxtda PCR prosesini izləmək üçün SYBR Green-ə alternativ üsuldur. Bu üsul yeni ipin uzadılması və flüoroforun sərbəst buraxılması zamanı zondları deqradasiya etmək üçün Taq polimeraza fermentinin 5’ – 3’ eksonükleaz aktivliyindən asılıdır. Bu üsulda ikiqat etiketli zondlardan istifadə edilir və o, zondların hidrolizinə əsaslanır. Zondlar 5' ucunda flüoresan reportyor molekuluna (fluorofor) və 3' ucunda söndürücü molekula malik olan floresan etiketli DNT oliqonukleotidləridir. Onlar primer tavlamaların əks tərəfindəki tək telli şablona bağlanmaq üçün nəzərdə tutulmuşdur. Taq polimeraza primerə nukleotidlər əlavə edir və yeni ipi ikili etiketli zondlara doğru uzadır. Taq polimerazası zondla qarşılaşdıqdan sonra Taq polimerazanın ekzonükleaza təsiri probu aktivləşdirir və deqradasiya edir. Yeni ipin sintezini tamamladıqdan sonra zond tam deqradasiyaya məruz qalır və flüoroforu buraxır. Flüoroforun sərbəst buraxılması flüoresan yaradır. Floresan Quencher molekulu yayılan işığı effektiv şəkildə söndürür və PCR məhsulunun kəmiyyətinin müəyyən edilməsi üçün çıxış yaradır. Flüoroforların buraxılması və PCR məhsullarının miqdarı mütənasibdir. Beləliklə, kəmiyyət təqman üsulu ilə asanlıqla həyata keçirilə bilər.
Şəkil 02: Təqman Metodu
Taqman üsulu real vaxtda PCR, gen ifadəsinin kəmiyyətinin müəyyən edilməsi, genetik polimorfizmlərin aşkarlanması, xromosomal DNT delesiyalarının miqdarının təyini, bakteriya identifikasiyası, mikroarray analizinin yoxlanılması, SNP genotiplənməsi və s. istifadə olunur.
SYBR green və Taqman arasındakı fərq nədir?
SYBR Green vs Taqman |
|
| SYBR Green DNT-ni birləşdirən boyaya əsaslanır. | Taqman hibridləşmə zondlarından və Taq polimerazanın 5'-3' eksonükleaz aktivliyindən asılıdır. |
| Flüoresan Etiketli Problar | |
| Flüoresan etiketli zondlar tələb olunmur. | İkili etiketli zondlar tələb olunur. |
| Multipleks Gen Analizi | |
| Multileks gen hədəfləri üçün istifadə edilə bilməz. | Multileks gen hədəfləri üçün istifadə edilə bilər. |
| Xərc | |
| Bu daha ucuzdur. | Bu daha bahadır. |
| Spesifiklik | |
| Bu daha az spesifikdir və hər hansı ikiqat zəncirli DNT ilə birləşir | Bunlar yüksək spesifikdir, çünki zondlar xüsusi gücləndirmə məhsullarını aşkar edir. |
| Effektivlik | |
| Bu daha az effektivdir. | Bu çox təsirlidir. |
| Tətbiq | |
| Bu, real vaxtda PCR, agaroz gel vizualizasiyası, DNT etiketlənməsi və s.-də istifadə olunur. | Bu, real vaxtda PCR, gen ifadəsinin kəmiyyət təyini, genetik polimorfizmlərin aşkarlanması və s.-də istifadə olunur. |
Xülasə – SYBR Green və Taqman
Taqman və SYBR yaşıl real vaxt PCR-də (kəmiyyət PCR) istifadə edilən iki üsuldur. Hər iki üsul PCR məhsulunun kəmiyyətini səmərəli şəkildə müəyyən etməyə imkan verir və flüoresans emissiyasına əsaslanır. Taqman metodu yığılmış DNT-nin aşkarlanması üçün ikiqat etiketli zondlardan istifadə edir, SYBR Green metodu isə flüoresan boyadan istifadə edir. Bu metodların hər ikisi də molekulyar biologiyada fərqli tətbiqlərə malikdir.
