NGS və WGS arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, yeni nəsil ardıcıllıq (NGS) yüksək məhsuldarlıq, aşağı qiymət və sürətli olan kütləvi şəkildə paralel ikinci nəsil ardıcıllıq texnologiyasıdır, halbuki bütün genom ardıcıllığı (WGS) Sanger ardıcıllığı, ov tüfəngi yanaşması və ya yüksək məhsuldarlıqlı NGS ardıcıllığı kimi ardıcıllıq üsullarından istifadə etməklə bir anda hüceyrənin bütün genomik DNT-sini təhlil etmək üçün hərtərəfli üsul.
Son bir neçə onillikdə sürətli ardıcıllıq texnikalarının və bioinformatika vasitələrinin kəşfi sayəsində insanların və digər heyvanların genomu haqqında anlayış kütləvi şəkildə artmışdır. Sanger ardıcıllığı kimi adi ardıcıllaşdırma üsullarının öz məhdudiyyətləri var idi ki, bu da yeni nəsil ardıcıllıq (NGS) və nanopore sequencing kimi yeni sürətli ardıcıllaşdırma üsullarının işlənib hazırlanmasını tələb edirdi. Bütün genom ardıcıllığı (WGS) texnikası, Böyük Britaniyanın Genomic England tərəfindən 100.000 genomik layihəsi kimi bir çox genomik tədqiqat layihələrində artıq istifadə olunan yeni bir yanaşmadır. Beləliklə, NGS və WGS hazırda bir çox genomik layihəyə daxil edilən iki ardıcıllaşdırma üsuludur.
NGS nədir?
NGS (növbəti nəsil ardıcıllığı) yüksək ötürmə qabiliyyəti, aşağı qiymət və sürətli olan kütləvi şəkildə paralel ikinci nəsil sekvensiya texnologiyasıdır. Növbəti nəsil ardıcıllığı üçün dəqiq tərif yoxdur. Lakin biz onu adi kapilyar əsaslı ardıcıllaşdırma üsullarından aydın şəkildə fərqləndirə bilərik. Növbəti nəsil ardıcıllığı bir sınaqda ümumi ölçüsü 1 milyon baza cütündən çox olan DNT molekulunun ardıcıllığına imkan verir. O, eyni vaxtda bir neçə şəxsin DNT-sinin ardıcıllığına imkan vermək kimi görünməmiş sürət və yüksək ötürmə imkanları təklif edir. Bu, fərdi ardıcıllıq reaksiyalarının həcmini miniatürləşdirməklə əldə edilir. Bundan əlavə, bu, alətlərin ölçüsünü məhdudlaşdırır və hər reaksiya üçün reagentlərin qiymətini minimuma endirir.
Şəkil 01: NGS Platformaları
NGS artıq bioloji tədqiqat sahəsində inqilab etmiş qısa oxunan ardıcıllıq üsuludur. Bundan əlavə, NGS de novo genom ardıcıllığı, tam genom ardıcıllığı, transkriptom analizi, kiçik RNT və mikro RNT ardıcıllığı, hədəflənmiş təkrar sıralama və tam ekzom ardıcıllığı kimi müxtəlif sahələrdə tətbiq edilir.
WGS nədir?
WGS (bütün genom ardıcıllığı) Sanger ardıcıllığı, ov tüfəngi yanaşması və ya yüksək məhsuldarlıqlı NGS ardıcıllığı kimi ardıcıllaşdırma üsullarından istifadə etməklə bir anda hüceyrənin bütün genomik DNT-sini təhlil etməyin hərtərəfli üsuludur. Tam genom ardıcıllığı və ya tam genom ardıcıllığı kimi də tanınır. Bütöv genom ardıcıllığı orqanizmin bütün xromosom DNT-sinin, eləcə də mitoxondriyadakı DNT-nin, bitkilər üçün isə xloroplastdakı DNT-nin eyni vaxtda ardıcıllığını nəzərdə tutur. WGS elm adamlarına DNT-nin tam dəstini təşkil edən bütün hərflərin dəqiq ardıcıllığını oxumağa imkan verir. NGS platformasından istifadə edən WGS-nin klinik quraşdırmada inqilab edəcəyi gözlənilir.
Şəkil 02: WGS vs İyerarxik Ov tüfəngi Sıralaması
Bütün genom ardıcıllığı 2014-cü ildə klinik qayğıya təqdim edilib. Bundan əlavə, WGS-nin tətbiqi assosiasiya tədqiqatlarında funksional variantları dəqiqləşdirmək üçün SNP səviyyəsində gen ardıcıllığını, fərdiləşdirilmiş tibbdə terapevtik müdaxiləni, təkamül biologiyasını, müqayisəli genom analizini əhatə edir., mutasiyalar və yenidən qurulma tədqiqatları, nadir variant assosiasiya tədqiqatları və xəstəliyə həssaslıq və dərman reaksiyasının proqnozlaşdırılması.
NGS və WGS arasında hansı oxşarlıqlar var?
- NGS və WGS iki ardıcıllıq texnikasıdır.
- Hər iki üsul DNT və ya RNT-ni sıralayır.
- Bu texnikalar yeni və etibarlıdır.
- Hər ikisi xəstəliklərin diaqnostikasında və dərmanların kəşfində istifadə olunur.
NGS və WGS arasındakı fərq nədir?
NGS yüksək məhsuldarlıq, aşağı qiymət və sürətli olan kütləvi paralel ikinci nəsil sekvensiya texnologiyasıdır, WGS isə sekvensləmə üsullarından istifadə etməklə bir anda hüceyrənin bütün genomik DNT-sini təhlil etmək üçün hərtərəfli metoddur. Sanger sıralaması, ov tüfəngi yanaşması və ya yüksək ötürmə qabiliyyəti NGS ardıcıllığı kimi. Beləliklə, bu NGS və WGS arasındakı əsas fərqdir. Bundan əlavə, NGS yalnız ikinci nəsil ardıcıllıq metodlarından, WGS isə birinci, ikinci və üçüncü nəsil ardıcıllıq metodlarından ibarətdir.
Aşağıdakı cədvəl yan-yana müqayisə üçün NGS və WGS arasındakı fərqləri cədvəl şəklində təqdim edir.
Xülasə – NGS vs WGS
Son onilliklərdə müasir molekulyar tədqiqatlarda müxtəlif ardıcıllıq üsulları müntəzəm olaraq tətbiq edilmişdir. Və hətta onlar bir çox klinik tətbiqlər üçün çox güclü vasitələrdir. NGS və WGS hazırda bir çox genomik layihəyə daxil edilən iki ardıcıllaşdırma üsuludur. NGS yüksək ötürmə qabiliyyəti, aşağı qiymət və sürətli olan ikinci nəsil sekvensiya texnologiyasıdır. Digər tərəfdən, WGS, Sanger ardıcıllığı, ov tüfəngi yanaşması və ya yüksək məhsuldarlıqlı NGS ardıcıllığı kimi ardıcıllaşdırma üsullarından istifadə edərək bir anda bir hüceyrənin bütün genomik DNT və ya tam genomik DNT-ni təhlil etmək üsuludur. Beləliklə, bu, NGS və WGS arasındakı fərqin xülasəsidir.
