dNTP və ddNTP arasındakı əsas fərq odur ki, dNTP və ya deoksiribonukleotidlər DNT-nin tikinti bloklarıdır və pentoza şəkər strukturunda 3′-OH qrupuna malikdirlər, ddNTP və ya dideoksinukleosid trifosfatlar isə 3′-OH qrupu olmayan nukleotidlərdir və onlar müxtəlif uzunluqlu DNT ardıcıllıqları istehsal etmək üçün Sanger dideoksi DNT sıralama texnikasında istifadə olunur.
dNTP və ddNTP nukleotidlərdir. dNTP dezoksiriboza nukleotidlərinə aiddir. Onlar DNT-nin tikinti bloklarıdır. dNTP-lər DNT sintezi üçün istifadə olunur. dNTP, digər tərəfdən, dideoksinukleozid trifosfatlara aiddir. Onlar müxtəlif uzunluqlarda DNT sintezini dayandırmaq üçün Sanger ardıcıllığında istifadə olunur.3' mövqedə OH qrupu yoxdur. OH qrupu əvəzinə 3ʹ mövqeyində hidrogen mövcuddur. Buna görə də, ddNTP-lər növbəti nukleotidlə fosfodiester bağı yarada bilmirlər. dNTP DNT sintezini həyata keçirə, ddNTP isə DNT-nin polimerləşməsini dayandırmağa qadirdir.
dNTP nədir?
dNTP deoksiriboza nukleotid və ya deoksiribonukleotid deməkdir. DNT-nin tikinti materialıdır. DNTP-lərin dörd növü var. Bunlar dATP, dTTP, dCTP və dGTP-dir. Purin və ya pirimidin azotlu əsaslara görə adlanırlar: Adenin (A), Quanin (G), Timin (T) və Sitozin (C).
Şəkil 01: dNTP
Adenin və guanin purin əsasları, timin və sitozin isə pirimidin əsaslarıdır. dNTP-nin pentoza şəkəri deoksiribozadır. Fosfat qrupu da var. Buna görə dNTP üç komponentdən ibarətdir: azotlu əsas, dezoksiriboza şəkər və bir fosfat qrupu. Bu dNTP-lər fosfodiester bağları vasitəsilə bir-biri ilə birləşirlər. DNTP-lərdə, növbəti nukleotidin şəkərinin 5′ karbonuna bağlı fosfat qrupu ilə əlaqə yaratmaq üçün tələb olunan pentoza şəkərinin 3′ mövqeyinə birləşdirilmiş bir OH qrupu var. Bütün dNTP-lər bu 3ʹ -OH qrupuna malik olduğundan, onlar DNT zəncirlərini sintez etmək və genişləndirmək qabiliyyətinə malikdirlər. Beləliklə, dNTP DNT-nin əsas təkrarlanan vahidi və genlərin kimyəvi maddəsi kimi çıxış edir. DNT-nin sintezi həmişə 5ʹ-dən 3ʹ-ə qədər davam edir.
DdNTP nədir?
Sanger ardıcıllığı 1977-ci ildə Frederick Sanger və onun kollecləri tərəfindən hazırlanmış birinci nəsil DNT ardıcıllığı üsuludur. Bu metodun əsas prinsipi dideoksinukleozid trifosflardan istifadə edərək zəncirin sonlandırılması olduğundan o, Zəncirin Sonu Sıralaması və ya Dideoksi ardıcıllığı kimi də tanınır. (ddNTPs). ddNTP-lər Sanger ardıcıllığında istifadə olunan nukleotidlərdir. Sanger ardıcıllığı ddNTP-lərin seçici daxil edilməsinə və in vitro DNT replikasiyası zamanı DNT sintezinin dayandırılmasına əsaslanır. DdNTP-lərin xüsusiyyəti, qonşu nukleotiddə 5′ fosfat qrupu arasında fosfodiester bağının formalaşmasını davam etdirmək üçün pentoza şəkərində 3′-OH qrupunun olmamasıdır. Beləliklə, bir ddNTP uzanan ipə bağlandıqdan sonra zəncirin uzanması dayandırılır və bu nöqtədən sona çatır. ddNTP-lər Sanger sıralama metodu zamanı DNT polimerazın zənciri uzanan inhibitorları kimi fəaliyyət göstərir.
Şəkil 02: ddNTP
Dörd ddNTP var: ddATP, ddCTP, ddGTP və ddTTP Sanger ardıcıllığında istifadə olunur. Bu nukleotidlər DNT-nin artan zəncirinə daxil olduqda DNT replikasiya prosesini dayandırırlar. Nəticədə, Sanger ardıcıllığı müxtəlif uzunluqlarda qısa DNT istehsal edir. Kapilyar gel elektroforezi bu qısa DNT zəncirlərini bir gel üzərində ölçülərinə görə təşkil etmək üçün istifadə olunur. ddNTP-lər DNT ardıcıllığını təhlil etmək asanlığı üçün müxtəlif rənglərlə radioaktiv və ya floresan olaraq etiketlənir. Gelin analizi ilə naməlum DNT zəncirinin nukleotid ardıcıllığını müəyyən etmək olar.
dNTP və DdNTP arasında hansı oxşarlıqlar var?
- Həm dNTP, həm də ddNTP Sanger ardıcıllığında istifadə olunur.
- Dörd növ dNTP və ddNTP var.
- Onlar üç komponentdən ibarətdir: azotlu əsas, dezoksiriboza şəkər və fosfat qrupları.
dNTP ilə DdNTP arasındakı fərq nədir?
dNTP DNT-nin tikinti blokları olan dörd növ deoksiribonukleotiddən biridir. ddNTP, Sanger sıralama texnikasında istifadə edilən dörd növ dideoksiribonukleozid trifosfatdan biridir. dNTP-nin pentoza şəkərində 3′-OH qrupu, ddNTP-nin isə pentoza şəkərində 3′-OH qrupu yoxdur. Beləliklə, bu dNTP və ddNTP arasındakı əsas fərqdir. Üstəlik, dNTP-lər DNT polimerləşməsini həyata keçirir, ddNTP-lər isə DNT polimerləşməsini dayandırır. Beləliklə, bu, dNTP və ddNTP arasındakı digər əsas fərqdir.
Aşağıdakı infoqrafikada dNTP və ddNTP arasındakı fərqlər cədvəl şəklində verilmişdir.
Xülasə – dNTP vs DdNTP
Normal dNTP-lər DNT-nin tikinti bloklarıdır, ddNTP-lər isə Sanger sıralama texnikasında istifadə olunan nukleotidlərdir. dNTP-də 3ʹ-OH, ddNTP-də 3ʹ-OH yoxdur. Beləliklə, bu dNTP və ddNTP arasındakı əsas fərqdir. Üstəlik, dNTP bir DNT zəncirini sintez edə bilər, ddNTP isə DNT polimerləşməsini dayandıra bilər. Buna görə də, ddNTP-lər müxtəlif uzunluqlu müxtəlif DNT zəncirlərini istehsal etmək üçün Sanger ardıcıllığında istifadə olunur. Sanger ardıcıllığı zamanı həm dNTP, həm də ddNTP daxil edilir.
