BLAST və FastA arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, BLAST Milli Biotexnologiya İnformasiya Mərkəzində mövcud olan əsas uyğunlaşdırma vasitəsidir, FastA isə Avropa Bioinformatika İnstitutunun saytında mövcud oxşarlıq axtarışı vasitəsidir.
BLAST və FastA müxtəlif növlərin DNT, amin turşuları, zülalları və nukleotidlərinin bioloji ardıcıllığını müqayisə etmək və onların oxşarlıqlarını axtarmaq üçün geniş istifadə olunan iki proqramdır. Bu alqoritmlər sürəti nəzərə alaraq yazılmışdır. Çünki 1980-ci illərin ortalarında elm adamları DNT-ni laboratoriyada təcrid edə bildikdə, yüksək sürətlə gələcək tədqiqatlar üçün eyni genlərin müqayisəsi və tapılması ehtiyacı yarandı. Beləliklə, bu iki proqram istifadəçinin öz sorğu ardıcıllığı ilə oxşar ardıcıllıqları sürətli axtarış edə biləcəyi şəkildə hazırlanmışdır.
BLAST Əsas Yerli Alignment Axtarış Alətinin abbreviaturasıdır və iki ardıcıllığın müqayisəsində lokallaşdırılmış yanaşmadan istifadə edir. FastA Fast A-ya istinad edən proqramdır, burada A Hamı deməkdir. Burada proqram DNT ardıcıllığı üçün Fast A və protein üçün Fast P kimi əlifbalarla işləyir. Həm BLAST, həm də FastA istənilən genom verilənlər bazasını müqayisə etməkdə çox sürətlidir və buna görə də həm pul baxımından, həm də vaxta qənaət baxımından çox əlverişlidir.
BLAST nədir?
BLAST 1990-cı ildə hazırlanmış ən çox istifadə edilən bioinformatika proqramlarından biridir. O vaxtdan bəri o, NCBI saytında hər kəs üçün əlçatandır. Bundan əlavə, istənilən şəxs bu proqrama daxil ola və ondan istifadə edə bilər. Üstəlik, BLAST, FastA formatında giriş məlumatlarına və ya ardıcıllığa ehtiyacı olan bir proqramdır. Lakin o, çıxış məlumatlarını düz mətn, HTML və ya XML formatında verir. BLAST iki ardıcıllıq arasında lokallaşdırılmış oxşarlıqların axtarışı prinsipi üzərində işləyir və oxşar ardıcıllıqların qısa siyahısını tərtib edir və bundan sonra qonşuluq oxşarlıqlarını axtarır.
Şəkil 01: PARLAK NƏTİCƏLƏR
Beləliklə, bu proqram çox sayda oxşar yerli bölgələri axtarır və eşik dəyərə çatmaq üçün nəticə verir. Bununla belə, bu proses əvvəlcə bütün ardıcıllığı axtaran, sonra isə müqayisəni həyata keçirən əvvəlki proqram təminatından fərqlənir və buna görə də çox vaxt aparır.
Yuxarıdakı oxşarlığın yoxlanılmasından başqa, BLAST-ın DNT xəritəsi, müxtəlif növlərdə iki eyni genin müqayisəsi, filogenetik ağac yaratmaq və s. kimi bir çox başqa məqsədləri var.
FastA nədir?
FastA zülal ardıcıllığını uyğunlaşdıran proqramdır. David J. Lipman və William R. Pearson bu proqramı 1985-ci ildə təsvir etmişdir. Bu proqram təminatının ilkin istifadəsi yalnız zülal ardıcıllığını müqayisə etmək üçün olsa da, onun dəyişdirilmiş versiyası DNT ardıcıllığını da müqayisə edə bildi. Burada bu proqram statistik olaraq iki ardıcıllıq arasındakı oxşarlığı tapmaq prinsipindən istifadə edir. O, yerli ardıcıllıqla düzülmə üsulu ilə DNT və ya zülalın bir ardıcıllığına digər ardıcıllıqla uyğun gəlir.
Şəkil 02: FastA
Lakin o, oxşarlıq üçün yerli bölgələri axtarır, lakin iki ardıcıllıq arasında ən yaxşı uyğunluğu yox. Bu proqram bəzən lokallaşdırılmış oxşarlıqları müqayisə etdiyi üçün uyğunsuzluqlarla da qarşılaşa bilər. Ardıcıllıqla, FastA k-tüplər kimi tanınan kiçik bir hissəni götürür, burada dəstlər 1-dən 6-ya qədər ola bilər və digər ardıcıllığın k-tüpləri ilə uyğun gəlir. Uyğunlaşma prosesinin sonunda, hədd dəyərə çatdıqda, nəticə verir.
BLAST və FastA arasında hansı oxşarlıqlar var?
- BLAST və FastA oxşarlıqlar üçün zülal və DNT ardıcıllığını müqayisə etmək üçün istifadə edilən bioinformatika alətləridir.
- Həmçinin, hər iki proqram ardıcıllıqlar arasında müqayisə aparmaq üçün qiymətləndirmə strategiyasından istifadə edir.
- Bundan əlavə, hər iki alət yüksək dəqiqlikli nəticələr verir.
BLAST və FastA arasındakı fərq nədir?
BLAST bioloji ardıcıllıqlar arasında oxşarlığı yoxlamaq üçün bir vasitədir. Digər tərəfdən, FastA zülal və DNT ardıcıllığının oxşarlığının yoxlanılmasını asanlaşdıran başqa bir proqramdır. Bununla belə, FastA ilə müqayisədə, BLAST proqramı daha dəqiq və sürətli nəticələr verdiyi üçün çox populyardır. Beləliklə, bu BLAST və FastA arasındakı fərqdir. Bundan əlavə, FastA-dan fərqli olaraq, BLAST proqramı istifadəçinin ehtiyacına uyğun olaraq dəyişdirilə bilər. Buna görə də bu, BLAST və FastA arasındakı başqa bir fərqdir.
BLAST və FastA arasındakı fərq haqqında aşağıdakı infoqrafika daha ətraflı məlumat verir.
Xülasə – BLAST vs FastA
BLAST və FastA istifadəçiyə öz sorğu ardıcıllığını mövcud verilənlər bazalarındakı ardıcıllıqla müqayisə etməyə və oxşarlıqları yoxlamağa imkan verən iki proqramdır. FastA-nın ilkin məqsədi yalnız protein ardıcıllığını müqayisə etmək idi. Lakin, bu proqramın dəyişdirilmiş versiyası həm protein, həm də DNT ardıcıllığının müqayisəsini asanlaşdırır. FastA yaxşı proqram olsa da, insanların çoxu BLAST alignment alətindən istifadə edir, çünki o, FastA-dan daha populyardır və daha dəqiq və sürətli nəticələr verir. Həmçinin, BLAST aləti istifadəçi tələblərinə uyğun olaraq dəyişdirilə bilər. Qısaca, bu, BLAST və FastA arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
