FASTA və FASTQ arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, FASTA yalnız nukleotid və ya zülal ardıcıllığını saxlayan mətn əsaslı formatdır, FASTQ isə həm ardıcıllığı, həm də əlaqəli ardıcıllığın keyfiyyət dəyərlərini saxlayan mətn əsaslı formatdır.
Bioinformatika bioloji məlumatları təhlil etmək və başa düşmək üçün müxtəlif proqram təminatından istifadə edən sahədir, xüsusən də verilənlər toplusu mürəkkəb və böyük olduqda. Bu sahə bioloji məlumatları təhlil etmək və şərh etmək üçün biologiya, kimya, fizika, kompüter elmləri, informasiya mühəndisliyi, riyaziyyat və statistikanı birləşdirir. FASTA və FASTQ ardıcıllıqları uyğunlaşdırmaq və təhlil etmək üçün bioinformatika sahəsində iki ardıcıl təmsil formatıdır. Əslində, FASTQ ardıcıllıq keyfiyyətini saxlamaq imkanı ilə FASTA formatını genişləndirən ardıcıl fayl formatıdır.
FASTA nədir?
FASTA DNT və zülal ardıcıllığı üçün uyğunlaşdırma proqramıdır. FASTA proqramı FASTA formatından istifadə edir. Bu, ya nukleotid ardıcıllığını, ya da amin turşusu (zülal) ardıcıllığını təmsil edən mətn əsaslı formatdır. Burada tək hərfli kodlar hər iki ardıcıllığı təmsil edir. FASTA bioinformatika və biokimya sahələrində mühüm vasitədir. Bu format ardıcıllıq adlarının və şərhlərin ardıcıllıqdan əvvəl olmasına imkan verir.
Şəkil 01: FASTA Ardıcıllığı
Bu format FASTA proqram təminatından yaranıb və 1985-ci ildə David J. Lipmann və William R. Pearson tərəfindən təqdim edilib. FASTA aləti zamanla bir çox modifikasiyalara malik olub və son versiya zülal: zülal, DNT üçün proqramlardan ibarətdir.:DNT, protein:tərcümə edilmiş DNT (çərçivə sürüşmələri ilə) və sifarişli və ya nizamsız peptid axtarışları. FASTA verilmiş nukleotid və ya amin turşusu ardıcıllığını oxuyur və oxşar verilənlər bazası ardıcıllığının uyğunluqlarını tapmaq üçün yerli ardıcıllığın düzülüşündən istifadə edərək müvafiq ardıcıllıq verilənlər bazasını axtarır.
FASTQ nədir?
FASTQ həm bioloji ardıcıllığı (adətən nukleotid ardıcıllığı) və onun müvafiq keyfiyyət ballarını saxlayan bioinformatika sahəsində istifadə olunan uyğunlaşdırma proqramıdır. FASTQ əvvəlcə Wellcome Trust Sanger İnstitutu tərəfindən FASTA formatlı ardıcıllığı və müvafiq keyfiyyət məlumatlarını birləşdirmək üçün hazırlanmışdır. Bioinformatika sahəsindəki inkişafla FASTQ bir çox yüksək məhsuldarlıqlı sıralama alətlərinin çıxışını saxlamaq üçün faktiki standart oldu.
FASTQ formatı hər ardıcıllıqla dörd müxtəlif sətirdən istifadə edir. 1-ci sətir @ simvolu ilə başlayır və ardınca ardıcıllıq identifikatoru (FASTA başlıq xəttinə bənzər) gəlir. 2-ci sətir xam ardıcıl hərflərdən ibarətdir. 3-cü sətirdə ardıcıllıq “+” simvolu ilə başlayır və isteğe bağlı olaraq eyni ardıcıllıq identifikatoru ilə müşayiət olunur.4-cü sətir 2-ci sətirdəki ardıcıllığın keyfiyyət dəyərlərini kodlayır və ardıcıllıqdakı hərflərlə eyni sayda simvoldan ibarət olmalıdır.
FASTA və FASTQ arasında hansı oxşarlıqlar var?
- FASTA və FASTQ uyğunlaşdırma alətləridir.
- Onlar iki ardıcıl təmsil formatıdır.
- Hər ikisi bioinformatika sahəsinə aiddir.
- Həm FAST, həm də FASTQ saxlama və ardıcıllıq məqsədləri üçün vacib alətlərdir.
- FASTQ ardıcıl keyfiyyəti saxlamaq imkanı ilə FASTA formatının genişləndirilməsidir.
FASTA və FASTQ arasındakı fərq nədir?
FASTA yalnız nukleotid və ya zülal ardıcıllığını saxlayan mətn əsaslı formatdır, FASTQ isə həm ardıcıllıq, həm də əlaqəli ardıcıllıq keyfiyyəti dəyərlərini saxlayan mətn əsaslı formatdır. Beləliklə, bu FASTA və FASTQ arasındakı əsas fərqdir. Bundan əlavə, FASTA ardıcıllıq fraqmentlərini xəritələşdirildikdən sonra, FASTQ isə xəritələşdirmədən əvvəl ardıcıllıq fraqmentlərini saxlayır. Bundan əlavə, FASTA və FASTQ arasındakı digər fərq ondan ibarətdir ki, FASTA bir təsvir sətirindən, FASTAQ isə dörd sətirdən ibarətdir.
Aşağıdakı infoqrafika FASTA və FASTQ arasındakı fərqləri yan-yana müqayisə üçün cədvəl şəklində təqdim edir.
Xülasə – FASTA vs FASTQ
Bioinformatika FASTA və FASTQ və s. kimi ardıcıllığın müxtəlif formatlarından istifadə edir. FASTA ardıcıllıq fraqmentlərini xəritələşdirildikdən sonra, FASTQ isə xəritələşdirmədən əvvəl ardıcıllıq fraqmentlərini saxlayır. FASTA DNT və zülal ardıcıllığı üçün uyğunlaşdırma proqramıdır. O, zülal:zülal, DNT:DNT, zülal:tərcümə edilmiş DNT (çərçivə dəyişikliyi ilə) və sifarişli və ya nizamsız peptid axtarışları üçün proqramlardan ibarətdir. FASTQ bioinformatika sahəsində istifadə olunan uyğunlaşdırma proqramıdır və həm bioloji ardıcıllığı (adətən nukleotid ardıcıllığı) və onun müvafiq keyfiyyət ballarını saxlayır. FASTA bir təsvir sətirindən, FASTQ isə dörd sətirdən ibarətdir. Beləliklə, bu FASTA və FASTQ arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
