Ov tüfənginin ardıcıllığı ilə gələcək nəsil ardıcıllığı arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, ov tüfəngi ardıcıllığı DNT ardıcıllığını təsadüfi olaraq bir çox kiçik fraqmentlərə parçalayan və növbəti Nəsil Sıralama (NGS) zamanı üst-üstə düşən bölgələri müşahidə edərək ardıcıllığı yenidən yığan ardıcıllıq üsuludur. kapilyar elektroforezdən asılı olan genetik ardıcıllığın qabaqcıl üsuludur.
Sekanslaşdırma bir gen, genlər çoxluğu, xromosom və tam genomdakı nukleotidlərin dəqiq sırasını təyin edən prosesdir. Genlərin quruluşunu və funksiyasını təhlil etmək və orqanizmlərin identifikasiyası genomik tədqiqatlar, məhkəmə ekspertizası, virusologiya, bioloji sistematik, tibbi diaqnostika, biotexnologiya və bir çox başqa sahələrdə çox vacibdir. Bundan əlavə, müxtəlif növ ardıcıllıq üsulları mövcuddur. Ov tüfənginin ardıcıllığı və növbəti nəsil ardıcıllığı onların arasında iki qabaqcıl üsuldur.
Ov tüfənginin ardıcıllığı nədir?
Ov tüfəngi ardıcıllığı təsadüfi olaraq bütün xromosomun və ya bütün genomun DNT ardıcıllığını çoxlu kiçik fraqmentlərə parçalayan və üst-üstə düşən ardıcıllıqları və ya bölgələri müşahidə etməklə ardıcıllığı kompüterlər tərəfindən yenidən birləşdirən ardıcıllıq üsuludur. Ümumiyyətlə, məməlilərin genomları struktur cəhətdən mürəkkəbdir və ölçüləri daha böyükdür. Beləliklə, onları klonlaşdırmaqla ardıcıllaşdırmaq çətindir, çünki bu, vaxt aparır. Ov tüfənginin ardıcıllığı daha sürətli üsuldur. Onu həyata keçirmək də daha ucuzdur. Buna görə də, müasir elm adamları mürəkkəb genomlarla mübarizə aparmaq üçün ov tüfənginin ardıcıllığı metoduna etibar edirlər.
Şəkil 01: Ov tüfənginin ardıcıllığı
Ov tüfənginin sıralanması proseduru nisbətən sadədir. Bu, bütün genomun 20 kiloqramlıq bazadan 300 kiloqramlıq bazaya qədər müxtəlif ölçülərə parçalanması ilə başlayır. Sonra hər bir fraqment zənciri dayandırma üsulu ilə ardıcıllıqla aparılmalıdır. Ardıcıllıqdan sonra mürəkkəb kompüter proqramlarından istifadə edərək üst-üstə düşən bölgələrə baxaraq fraqmentləri yığmaq lazımdır. Bu üsul üçün adi xəritəçəkmə və ardıcıllığın klonlaşdırılması lazım deyil. Bundan əlavə, bu üsulda genetik xəritədən istifadə edilmir. Bununla belə, mövcud genom xəritələrindən istifadə edilmədiyi üçün yığılma zamanı səhvlərin baş vermə ehtimalı daha yüksəkdir. Bu metodun əsas çatışmazlıqlarından biridir. Bundan əlavə, daha qısa fraqmentlər bu üsulda hər oxunma üçün daha az unikal məlumat verir. Bundan əlavə, ov tüfənginin ardıcıllığı tələb olunan dəqiqlik standartında konsensus ardıcıllığını müəyyən etmək üçün kifayət qədər məlumat verə bilmir.
Yuxarıda qeyd olunan çatışmazlıqlara baxmayaraq, ov tüfənginin ardıcıllığı metodu hazırda bakteriya, virus və maya daxil olmaqla mikrob genomlarının ardıcıllaşdırılması üçün ən səmərəli və sərfəli strategiyadır. Çünki onların genomlarında ardıcıllıqla çətin olan təkrarlanan bölgələr yoxdur və bu genomları xətasız asanlıqla xromosomlara yığmaq mümkündür.
Növbəti Nəsil Sıralaması nədir?
Next Generation Sequencing (NGS) müasir yüksək məhsuldarlıq ardıcıllığı proseslərinə istinad etmək üçün istifadə edilən termindir. Bu, genomik tədqiqatlar və Molekulyar Biologiyada inqilab edən bir sıra müxtəlif müasir ardıcıllıq texnologiyalarını təsvir edir. Bu üsullara Illumina sequencing, Roche 454 sequencing, Ion Proton sequencing və SOLiD (Sequencing by Oligo Ligation Detection) ardıcıllığı daxildir. NGS sistemləri daha sürətli və daha ucuzdur. NGS sistemlərində dörd əsas DNT ardıcıllığı üsulundan istifadə olunur: pirosequencing, sintez yolu ilə ardıcıllıq, ligasiya ilə ardıcıllıq və ion yarımkeçirici ardıcıllığı. Çoxlu sayda DNT və ya RNT zəncirləri (milyonlarla) NGS ilə paralel olaraq sıralana bilər. Qısa müddət ərzində orqanizmlərin bütün genomunun ardıcıllığına imkan verir.
Şəkil 02: Növbəti Nəsil Sıralaması
NGS müxtəlif üstünlüklərə malikdir. Bu, kiçik bir nümunə ölçüsü ilə həyata keçirilə bilən yüksək sürətli, daha dəqiq və sərfəli bir prosesdir. Beləliklə, o, bir sıralama təcrübəsində bütün insan genomunu təhlil etməyə imkan verir. Bundan əlavə, NGS metagenomik tədqiqatlarda, əlavələr və silinmələr səbəbindən fərdi genom daxilində variasiyaların aşkarlanmasında və s. və gen ifadələrinin təhlilində istifadə edilə bilər. Üstəlik, NGS eyni vaxtda çox sayda toxumadan bütün transkriptomları təhlil edə bilər. Beləliklə, NGS transkriptomların analizində inqilab etdi.
Ov tüfənginin ardıcıllığı ilə növbəti nəsil ardıcıllığı arasında hansı oxşarlıqlar var?
- Ov tüfəngi ardıcıllığı və növbəti nəsil ardıcıllığı iki genom ardıcıllığı üsuludur.
- Hər iki üsul sürətli üsullardır.
- Üstəlik, onlar qənaətcil üsullardır.
- Onlar bir çox DNT fraqmentini paralel olaraq sıralaya bilirlər.
Ov tüfənginin ardıcıllığı ilə növbəti nəsil ardıcıllığı arasındakı fərq nədir?
Ov tüfənginin ardıcıllığı və növbəti nəsil ardıcıllığı iki qabaqcıl ardıcıllıq texnikasıdır. Ov tüfənginin ardıcıllığı üsulu təsadüfi olaraq bütün xromosomun və ya bütün genomun DNT ardıcıllığını bir çox kiçik fraqmentlərə parçalayır və üst-üstə düşən ardıcıllıqları və ya bölgələri müşahidə etməklə ardıcıllığı kompüterlər tərəfindən yenidən birləşdirir. Bunun əksinə olaraq, Next Generation Sequencing (NGS) müasir yüksək məhsuldarlıq ardıcıllığı proseslərinə aid bir termindir. Beləliklə, bu, ov tüfənginin ardıcıllığı ilə növbəti nəsil ardıcıllığı arasındakı əsas fərqdir. Bundan əlavə, növbəti nəsil ardıcıllığı kapilyar elektroforezdən asılı olan bir texnikadır, ov tüfənginin ardıcıllığı isə asılı deyil. Buna görə də bu, ov tüfənginin ardıcıllığı ilə növbəti nəsil ardıcıllığı arasındakı fərqdir. Üstəlik, ov tüfənginin ardıcıllığı ilə müqayisədə, növbəti nəsil ardıcıllığı yüksək həssas və yüksək dəqiqliyə malikdir.
Xülasə – Ov tüfənginin ardıcıllığı və növbəti nəsil ardıcıllığı
Ov tüfənginin ardıcıllığı və növbəti nəsil ardıcıllığı genom sıralamasında istifadə olunan iki ardıcıllaşdırma üsuludur. Hər iki üsul sürətli və sərfəli üsullardır. NGS bir sıralama sistemi vasitəsilə sürətli bir şəkildə eyni vaxtda milyonlarla ardıcıllığın ardıcıllığı prinsipi üzərində işləyir. Bunun əksinə olaraq, ov tüfənginin ardıcıllığı genomların kiçik fraqmentlərə bölünməsini və üst-üstə düşən ardıcıllıqlardan istifadə edərək ardıcıllığın və yenidən yığılmasını tələb edir. Beləliklə, bu, ov tüfənginin ardıcıllığı ilə növbəti nəsil ardıcıllığı arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
