Əsas Fərq – Microarray vs Next Generation Sequencing
DNT ardıcıllığı prosesləri biotexnologiya, virusologiya, tibbi diaqnostika və məhkəmə elmləri sahələrində geniş istifadə olunur. Bu, DNT molekulunda mövcud olan nukleotidlərin, adenin, guanin, timin və sitozinin dəqiq sırasını təyin edən bir prosesdir. DNT ardıcıllığı prosedurları tibbi və bioloji tədqiqatlarda möcüzəvi kəşflər üçün sürətləndirici oldu. Bu ardıcıllıq üsulları, insanlar və digər canlı növləri də daxil olmaqla, ayrı-ayrı orqanizmlərin tam genomunun ardıcıllığına qədər inkişaf etmişdir. Microarrays və Next Generation Sequencing müasir DNT sıralama prosedurlarıdır. Mikroarray texnikası xüsusi olaraq bir sıra məlum hədəfləri ehtiva edən hibridləşdirməyə əsaslanır. Növbəti nəsil ardıcıllığı sintezə (nükleotidləri daxil etmək üçün DNT polimerazından istifadə edən) əsaslanır və əvvəllər seçilmiş hədəflərdən asılı olmayaraq bütün genomu ardıcıllıqla sıralamaq qabiliyyətinə malikdir. Bu, Microarray və Next Generation Sequencing arasındakı əsas fərqdir.
Mikroarray nədir?
DNT mikroarray eyni anda minlərlə müxtəlif gen ifadəsini müəyyən etmək üçün laboratoriya aləti kimi istifadə olunur. Bu, üzərində çap edilmiş mikroskopik DNT ləkələri toplusunu ehtiva edən bərk səthdir, yəni mikroskop slaydı. Hər çap edilmiş ləkə məlum gen ardıcıllığını və ya bir gen ehtiva edir. Slaydda çap edilmiş bu məlum zondlar gen ifadəsini aşkar etmək üçün zond kimi xidmət edir. Bu transkriptom kimi tanınır. İki DNT zəncirinin hibridləşməsi mikroarrayların əsaslandığı əsas prinsipdir. Hidrogen bağlarının meydana gəlməsi ilə nuklein turşusu ardıcıllığının tamamlayıcı əsas cütləşməsidir.
Şəkil 01: Mikroarray
İlkin olaraq mRNT molekulları eksperimental nümunədən və sağlam fərddən alınmış istinad nümunəsindən toplanır. Eksperimental nümunələr xəstə şəxslərdən alınır; məsələn, xərçəngdən əziyyət çəkən bir şəxs. Əldə edildikdən sonra hər iki mRNT nümunəsi cDNA-ya (tamamlayıcı DNT) çevrilir. Sonra, hər bir nümunə bir flüoresan zonddan istifadə edərək etiketlənir. Nümunə cDNA-nı istinad cDNA-dan ayırmaq üçün flüoresan zondlar müxtəlif rəngdədir. cDNT molekullarının mikroarray slaydına bağlanmasına başlamaq üçün iki nümunə bir-birinə qarışdırılır. Hibridləşmə cDNT molekullarının mikroarray slaydındakı DNT zondlarına bağlanması prosesidir. Hibridləşmə tamamlandıqdan sonra, ifadə olunan genin miqdarına uyğun olaraq müxtəlif rənglərin görünüşü ilə hər bir genin ifadəsini müəyyən etmək və ölçmək üçün bir sıra reaksiyalar baş verir. Mikroarrayın nəticələri müxtəlif xəstəlik şərtlərini müəyyən etmək üçün istifadə edilə bilən gen ifadə profilinin yaradılmasında istifadə olunur.
Növbəti Nəsil Sıralaması nədir?
Next Generation Sequencing (NGS) genetik ardıcıllığın qabaqcıl üsuludur. Onun prinsipi kapilyar elektroforezdən asılı olan Sanger Sequencing prinsipinə bənzəyir. NGS-də genomik zəncir parçalanır və şablon zəncirinə bağlanır. Hər bir ipin əsasları onun bağlanması zamanı yayılan siqnallarla müəyyən edilir. Sanger ardıcıllıq metodunda üç ayrı addım, ardıcıllıq, ayırma və aşkarlama iştirak edir. Bu ayrı-ayrı addımlar sayəsində nümunənin hazırlanmasının avtomatlaşdırılması ötürmə qabiliyyəti ilə məhdudlaşır. NGS-də texnika, milyonlarla reaksiya seriyasının eyni vaxtda paralel həyata keçirilməsinə səbəb ola bilən Sanger ardıcıllığı prosedurunun addımlarının kombinasiyası ilə massiv əsaslı ardıcıllıqdan istifadə etməklə hazırlanmışdır; bu, aşağı qiymətə yüksək sürət və ötürmə qabiliyyəti ilə nəticələnir.
Şəkil 02: NGS-də inkişaflar
NGS üç addımdan ibarətdir; kitabxananın hazırlanması (DNT-nin təsadüfi parçalanmasından istifadə etməklə kitabxanaların yaradılması), gücləndirmə (klonal gücləndirmə və PCR istifadə edərək kitabxananın gücləndirilməsi) və ardıcıllıq. Sanger sıralama prosedurundan istifadə etməklə çox uzun müddət ərzində həyata keçirilən genom sıralama prosesləri NGS istifadə edərək bir neçə saat ərzində tamamlana bilər.
Mikroarray və Növbəti Nəsil Sıralama Arasındakı oxşarlıq nədir?
Həm Microarray, həm də Next Generation Sequencing massiv əsaslı ardıcıllıqla işlənib hazırlanmışdır
Mikroarray və Növbəti Nəsil Sıralama Arasındakı Fərq Nədir?
Mikroarray vs Növbəti Nəsil Sıralaması |
|
| Mikroarray bərk səthə yapışdırılmış mikroskopik DNT ləkələrinin toplusudur və eyni zamanda çoxlu sayda genin ifadə səviyyələrini ölçmək üçün istifadə olunur. | NGS (Next-generation sequencing) milyonlarla və ya milyardlarla DNT zəncirinin paralel olaraq sıralanmasını asanlaşdıran, Sanger əsaslı olmayan yüksək məhsuldarlıqlı DNT sıralama texnologiyasıdır. |
| Antigenlə qarşılıqlı əlaqə | |
| Mikroarray məlum hədəflər dəstindən ibarət hibridləşdirməyə əsaslanır. | NGS nukleotidləri daxil etmək üçün DNT polimerazından istifadə edən və əvvəllər seçilmiş hədəflərdən asılı olmayan sintezə əsaslanır. |
Xülasə – Microarray vs Next Generation Sequencing
Tədqiqat kontekstində DNT ardıcıllığı mühüm sürətləndirici halına gəldi. Biotexnologiyada, tibbi diaqnostikada və məhkəmə ekspertizasında geniş istifadə olunur. O, daha səmərəli və sürətli ardıcıllıq prosedurlarına çevrilmiş və inkişaf etmişdir. Mikroarraylar və NGS iki inkişaf etmiş DNT sıralama texnikasıdır. Hər ikisi massiv əsaslı ardıcıllıqla işlənib hazırlanmışdır. Mikroarray texnikası hibridləşməyə əsaslanır, NGS isə nukleotidləri daxil etmək üçün DNT polimerazından istifadə edən sintezə əsaslanır. Mikroarray və Növbəti Nəsil Sıralama arasındakı əsas fərq budur.
Mikroarrayın PDF Versiyasını və Növbəti Nəsil Sıralamasını endirin
Bu məqalənin PDF versiyasını yükləyə və sitat qeydinə əsasən onu oflayn məqsədlər üçün istifadə edə bilərsiniz. Zəhmət olmasa PDF versiyasını buradan endirin Mikroarray və Növbəti Nəsil Sıralama Arasındakı Fərq
