Əsas Fərq – Exome vs Transkriptom
Gen daxilində kodlaşdırma və kodlaşdırmayan bölgələr var. Kodlaşdırma ardıcıllığı ekzonlar, kodlaşdırmayan ardıcıllıqlar isə intronlar kimi tanınır. Bir genin ekzonlarının nukleotid ardıcıllığı xüsusi zülalı sintez etmək üçün genin genetik kodunu təmsil edir. Beləliklə, ekzonlar mRNT molekulunda qalır. Genomun ümumi ekzon bölgəsi ekzom kimi tanınır və genomun vacib bir hissəsidir. Genlərin genetik kodu zülal istehsalı üçün lazım olan mRNT molekulunun genetik koduna çevrilir. Hüceyrədə və ya bir hüceyrə populyasiyasında eyni anda transkripsiya edilmiş bütün mRNT molekulları transkriptom kimi tanınır. Ekzom və transkriptom arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, ekzom genomun ekzon bölgələrinin ardıcıllığını, transkriptom isə müəyyən bir zamanda hüceyrənin və ya toxumanın ümumi mRNT-sini təmsil edir.
Exome nədir?
Genlər ekzonlar, intronlar və tənzimləyici ardıcıllıqlardan ibarətdir. Ekzonlar transkripsiya zamanı mRNT ardıcıllığına transkripsiya edilən gen bölgələridir. Transkripsiya zamanı intronlar və digər kodlaşdırılmayan bölgələr çıxarılır. Eksonların nukleotid ardıcıllığı kodladığı xüsusi proteini sintez edən genin genetik kodunu müəyyən edir. Zülalın mRNT daxilində yalnız ekzonlar qalır. Genomdakı ekzonların toplanması orqanizmin ekzomu kimi tanınır. Bu genomun genlərdə ifadə olunan bir hissəsini təmsil edir. İnsanlarda ekzom genomun 1%-ni təşkil edir. Bu, insan genomunun zülal kodlayan hissəsidir.
Şəkil 01: Exome
Transkriptome nədir?
Transkriptom müəyyən bir toxumada bütün zülal kodlayan və kodlaşdırmayan transkriptlərin (RNT) toplusudur. Transkriptom hüceyrə və ya toxumadakı genlər tərəfindən ifadə edilən ümumi mRNT molekullarının kolleksiyasını təmsil edir. Hüceyrənin transkriptomu başqa hüceyrə növünün transkriptomu ilə dəyişə bilər. Transkriptom da dinamikdir - həm daxili, həm də xarici stimullara cavab olaraq zamanla dəyişir. Hətta eyni toxuma və ya eyni hüceyrə növü daxilində transkriptom bir neçə dəqiqədən sonra dəyişə bilər.
Transkriptom orqanizmin ekzomasından fərqlənir. Transkriptoma yalnız ifadə olunmuş ekzom ardıcıllıqları daxildir. Hüceyrənin ekzomu eyni qalsa da, transkriptom hüceyrələr arasında fərqlənir, çünki gen ifadəsi bütün hüceyrələr və ya toxumalar üçün eyni deyil. Fərqli hüceyrə və toxumalarda yalnız əsas genlər ifadə olunur. Gen ifadəsi toxuma və ya hüceyrə tipinə xüsusi bir prosesdir. Ətraf mühit faktorları da daxil olmaqla müxtəlif amillərlə tənzimlənir. Buna görə də, transkriptom xarici mühit şəraitindən asılı olaraq dəyişə bilər.
Transkriptom proteomika tədqiqatları üçün bir xəbərçi kimi istifadə olunur. Bütün zülallar mRNT ardıcıllığından əldə edilir. Translational modifikasiyalar zülallarda dəyişikliklərlə nəticələnə bilər. Bununla belə, transkriptom proteomik tədqiqatlar üçün vacib əsas məlumat verir.
Şəkil 02: Embrion kök hüceyrələrinin transkriptomu
Exome və Transscriptome arasındakı fərq nədir?
Exome vs Transkriptom |
|
| Exome genlərin zülal kodlayan bölgəsinin toplusudur. | Transkriptom mRNT daxil olmaqla bütün transkripsiya edilmiş RNT-nin toplusudur. |
| Nümunə | |
| Exome DNT nümunəsi ilə öyrənilir. | Transkriptom RNT nümunəsi ilə öyrənilir. |
| Tədqiqat Metodu | |
| Bütün ekzomanın ardıcıllığı ekzomanı öyrənmək üsuludur. | RNT ardıcıllığı transkriptomun öyrənilməsi üsuludur. |
Xülasə – Exome vs Transkriptom
Eksonlar genlərin kodlaşdırma ardıcıllığıdır və zülalların mRNT ardıcıllığını təyin edir. Bu kodlaşdırma ardıcıllığının (eksonların) toplusu orqanizmin ekzomu kimi tanınır. Genlər zülal əmələ gəlməzdən əvvəl mRNT molekullarına transkripsiya edilir. Hər hansı bir zamanda bir hüceyrənin və ya toxumanın ümumi mRNT molekulları transkriptom kimi tanınır. Transkriptom istənilən vaxt mRNT-də aktiv şəkildə ifadə olunan genləri təmsil edir. Transkriptom hüceyrə və toxumaya xasdır və ətraf mühit şəraitinə təsir göstərir. Bu, ekzoma və transkriptom arasındakı fərqdir.
