Coomassie ilə gümüşlə boyanma arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, kumassi ilə boyanma zülal boyama üsuludur və bu, coomassie parlaq mavi ləkədən istifadə edir, şerit boyama isə gümüş ləkəsindən istifadə edən zülal boyama üsuludur.
Proteinin ayrılması və identifikasiyası proteom analizində kritik addımlardır. Onlar gel elektroforezindən sonra yüksək rezolyusiyada zülal xarakteristikasına ehtiyac duyurlar. Anion boyalar (coomassie brilliant blue), metal kationlar (imidazol-sink), gümüş ləkə və flüoresan boyalar və s. kimi müxtəlif ləkələri ehtiva edən çoxsaylı rəngləmə üsulları var. Bəzən radioaktiv zondlardan da istifadə edilə bilər. Boyanma texnikasının seçimi sadəlikdən, laboratoriyada görüntüləmə avadanlığının mövcudluğundan və s.-dən asılıdır.
Coomassie Boyama nədir?
Coomassie boyanması coomassie parlaq mavi ləkədən istifadə edən zülal boyama texnikasıdır. Buna ümumiyyətlə coomassie blue texnikası deyilir. Coomassie brilliant blue ən məşhur anion protein boyasıdır. Bu ləkə normal olaraq demək olar ki, bütün zülalları orta həssaslıqda yaxşı kəmiyyət xətti ilə boyayır. Coomassie parlaq mavi ləkə demək olar ki, bütün zülallara qeyri-spesifik olaraq bağlanır. Coomassie parlaq mavi ləkənin iki fərqli variantı var: R-250 və G-250. R-250 daha qısa boyama müddətləri təklif edir, G-250 isə daha həssas və ekoloji cəhətdən təmiz formulalarda mövcuddur.
Şəkil 01: Coomassie Boyanması
Coomassie boyaları kütləvi spektrometriya tədqiqatlarında və protein identifikasiyası tədqiqatlarında çox populyardır. Bundan əlavə, bio-təhlükəsiz coomassie ləkəsi hazırda bazarda mövcud olan coomassie mavi G-250-nin təhlükəli olmayan formulasıdır. Bu formulun üstünlüyü ondan ibarətdir ki, durulama və ləkələmə üçün yalnız su tələb olunur. Bio-təhlükəsiz coomassie ləkəsi adi coomassie mavi G-250-yə ekvivalent həssaslıq təklif edir, lakin coomassie ləkəsi R-250-dən daha yaxşıdır. Bundan əlavə, adi Coomassie mavi G-250 ilə müqayisədə daha sadə və daha sürətli boyanma protokoluna malikdir. Coomassie mavi rəngləmənin dezavantajı gümüş rəngləmə ilə müqayisədə daha az həssas olmasıdır. Coomassie mavi rəngləmə gümüş rəngləmə ilə müqayisədə təxminən 50 dəfə az həssasdır. Bununla belə, bağlamada sadəliyinə görə, bir çox tədqiqatda ona üstünlük verilir.
Gümüş Boyama nədir?
Gümüşlə boyanma gümüş ləkəsindən istifadə edən zülal boyama üsuludur. Gümüş boyama həm agaroza, həm də poliakrilamid gelləri ləkələmək üçün istifadə olunur. Agaroz gellərində zülalın gümüşlə rənglənməsi ilk dəfə 1973-cü ildə Kerenyi və Gallyas tərəfindən işlənib hazırlanmışdır. Daha sonra SDS-PAGE-də istifadə olunan poliakrilamid gellərindəki zülallar üçün uyğunlaşdırılmışdır. Hal-hazırda gümüşlə boyanma DNT və ya RNT-nin rənglənməsi üçün də istifadə olunur. Gelləri ləkələmək üçün bu üsulla gellər gümüş nitrat məhlulu ilə inkubasiya edilir. Gümüş rəngləmə zülalların olduğu yerləri qəhvəyi rəngdən qara rəngə boyayır.
Şəkil 02: Gümüş Boyanma
Gümüşlə boyanmanın intensivliyi zülalın ilkin strukturundan asılıdır. Bundan əlavə, istifadə olunan qabların təmizliyi və reagentlərin təmizliyi də gümüşün rənglənməsinin keyfiyyətinə təsir göstərə bilər. Bununla belə, gümüşlə boyanmanın dezavantajı odur ki, bütün zülalları, xüsusən də qlikoproteinləri və yan zəncirlərində böyük dəyişdirilmiş qrupları olan zülalları aşkar edə bilmir.
Coomassie və Gümüş Boyanma arasında hansı oxşarlıqlar var?
- Coomassie və gümüşlə boyanma zülal boyanmasında istifadə edilən iki üsuldur.
- Onlar həm zülalları, həm də DNT-ni ləkələyə bilər.
- Hər iki rəngləmə texnikasının çatışmazlıqları var.
- Bu texnikaların fiksasiya, ləkələmə və ləkələmə kimi oxşar addımları var.
Coomassie və Gümüş Boyanma Arasındakı Fərq Nədir?
Coomassie boyanması coomassie parlaq mavi ləkədən istifadə edən zülal boyama texnikasıdır, şeritlə boyanma isə gümüş ləkəsindən istifadə edən zülal boyama üsuludur. Beləliklə, bu Coomassie və gümüş rəngləmə arasındakı əsas fərqdir. Bundan əlavə, Coomassie boyanması gümüş boyanmasından daha az həssasdır.
Aşağıdakı infoqrafika yan-yana müqayisə üçün Coomassie və gümüş rəngləmə arasındakı fərqləri cədvəl şəklində sadalayır.
Xülasə – Coomassie vs Gümüş Boyama
Zülalları vizuallaşdırmaq üçün zülala xas boya bağlayan və ya rəng yaradan kimyəvi reaksiya həyata keçirilə bilər. Buna protein boyanması deyilir. Coomassie və gümüş boyanması zülalların rənglənməsi üçün istifadə olunan iki üsuldur. Coomassie boyama texnikası coomassie parlaq mavi ləkədən istifadə edir, şerit boyanma isə gümüş ləkəsindən istifadə edir. Beləliklə, Coomassie və gümüş rəngləmə arasındakı əsas fərq budur.
