Bioinformatikada homologiya ilə oxşarlıq arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, homologiya iki ardıcıllığın ümumi təkamül əcdadı haqqında ifadəyə, oxşarlıq isə iki ardıcıllıq arasındakı oxşarlıq dərəcəsinə aiddir.
Bioinformatika bioloji məlumatları təhlil etmək və şərh etmək üçün biologiya, informasiya mühəndisliyi, kompüter elmləri, riyaziyyat və statistikanı birləşdirən elm sahəsidir. Homologiya və oxşarlıq bioinformatika sahəsində istifadə etdiyimiz iki termindir. Bənzərliyi uyğunlaşmanın verilmiş uzunluğunda oxşar qalıqların faizi kimi asanlıqla hesablaya bilərik. Bununla belə, homologiyanı hesablaya bilmərik, çünki o, doğru və ya yalan ola bilər və adətən istifadə olunan fərziyyədən asılıdır.
Bioinformatikada Homologiya nədir?
Bioinformatikada homologiya həyat təkamül ağacında ortaq əcdad xüsusiyyətləri baxımından müəyyən edilən DNT, RNT və zülal ardıcıllığı arasındakı bioloji homologiyaya aiddir. Başqa sözlə, iki ardıcıllığın ümumi təkamül əcdadıdır. Belə baş vermənin səbəbi ya spesifikasiya hadisələri (ortoloqlar), üfüqi gen transferi hadisələri (ksenoloqlar) və ya təkrarlanma hadisələri (paraloqlar) ola bilər.
Şəkil 01: Çox Ardıcıl Düzəliş
DNT, RNT və ya zülallar arasında homologiyanı onların amin turşusu və ya nukleotid ardıcıllığı oxşarlığına görə çıxarmaq mümkündür. Əhəmiyyətli bir oxşarlıq, iki ardıcıllığın təkamül dəyişiklikləri ilə ümumi əcdad ardıcıllığı ilə əlaqəli olduğunu başa düşmək üçün güclü sübut xüsusiyyəti kimi xidmət edir. Çoxsaylı ardıcıllığın düzülmələri hər bir ardıcıllığın homoloji xarakterli bölgələrini göstərir.
Bioinformatikada oxşarlıq nədir?
Bioinformatikada oxşarlıq iki zülal və ya nukleotid ardıcıllığı arasındakı oxşarlığı qiymətləndirir. Bu prosesin iki əsas addımı var. İlkin addım BLAST, FastA və LALIGN kimi alqoritmlərdən istifadə etməklə iki ardıcıllıq (boşluqlar daxil olmaqla) arasında optimal uyğunlaşmanı tapmağa kömək edən cüt-müdrik düzülmədir. Cüt-cüt uyğunlaşdırmadan sonra hər bir cütlük müqayisəsindən iki kəmiyyət parametri əldə etmək lazımdır. Onlar eynilik və oxşarlıqdır. BLAST-da axtarış oxşarlıqları müsbət kimi tanınır.
Şəkil 02: İkili Hizalama
Mühafizəkar mutasiya bir amin turşusu fiziokimyəvi xüsusiyyətlərini qoruyaraq oxşar qalığa mutasiyaya uğradıqda baş verir. Məsələn, arginin +1 müsbət yüklə lizinə mutasiya edərsə, iki amin turşusu xassəcə oxşar olduğundan və tərcümə edilmiş zülalı dəyişdirmədiyi üçün qəbul edilir. Beləliklə, oxşarlıq ölçüləri iki amin turşusu qalığının bir-birinə necə olması meyarlarından asılıdır.
Bioinformatikada homologiya və oxşarlıq arasında hansı oxşarlıqlar var?
- Homologiya və oxşarlıq bioinformatikada qarşılaşdığımız iki texniki termindir.
- Bundan başqa, hər iki termin ardıcıllığın molekulyar analizinə aiddir.
Bioinformatikada homologiya və oxşarlıq arasındakı fərq nədir?
Homologiya iki ardıcıllığın ümumi təkamül əcdadı haqqında ifadəyə, oxşarlıq isə iki ardıcıllığın oxşarlıq dərəcəsinə aiddir. Beləliklə, bioinformatikada homologiya və oxşarlıq arasındakı əsas fərq budur. Bundan əlavə, homologiya hesablana bilməz, çünki o, doğru və ya yanlış ola bilər və adətən fərziyyədən asılıdır, eyni zamanda oxşarlıq uyğunlaşmanın müəyyən uzunluğunda oxşar qalıqların faizi kimi asanlıqla hesablana bilər. Beləliklə, bu, bioinformatikada homologiya və oxşarlıq arasında əhəmiyyətli fərqdir.
Aşağıdakı infoqrafika bioinformatikada homologiya və oxşarlıq arasındakı fərqi sadalayır.
Xülasə – Bioinformatikada homologiya və oxşarlıq
Qısaca desək, bioinformatikada homologiya və oxşarlıq arasındakı əsas fərq onların təriflərindədir. Homologiya iki ardıcıllığın ümumi təkamül əcdadının ifadəsidir, oxşarlıq isə iki ardıcıllığın oxşarlığıdır. Homologiya orfoloqlar, paraloqlar və ksenoloqlar sayəsində baş verir. Oxşarlığı çıxararkən FastA, BLAST və LALIGN kimi alqoritmlərdən istifadə etmək mümkündür. Homologiya hesablama kimi ifadə edilə bilməz, lakin oxşarlıq uyğunlaşmanın müəyyən uzunluğunda oxşar qalıqların faizi kimi ifadə edilə bilər. Beləliklə, bu, bioinformatikada homologiya və oxşarlıq arasındakı fərqin xülasəsidir.
