Ardıcıllığın düzülməsində oxşarlıq və eynilik arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, oxşarlıq müqayisə zamanı iki ardıcıllıq arasındakı oxşarlıqdır (oxşarlıq), eynilik isə iki fərqli ardıcıllıq arasında tam uyğun gələn simvolların sayıdır.
Bioinformatika, əsasən molekulyar biologiya və genetika, informatika, riyaziyyat və statistikanı əhatə edən fənlərarası elm sahəsidir. Ardıcıllıqla düzülmə bioinformatikada əsas termindir. Bu, ardıcıllıqlar arasında funksional, struktur və ya təkamül əlaqəsinin nəticəsi olan oxşarlıq bölgələrini müəyyən etmək üçün DNT, RNT və ya zülal ardıcıllığının təşkil edildiyi prosedurdur. Düzəlişin sonunda onlar matris daxilində sətirlər kimi təqdim olunacaqlar. Ardıcıl sütunlarda eyni simvolları uyğunlaşdırmaq üçün qalıqlar arasında daxil edilmiş boşluqlar mövcuddur.
Oxşarlıq nədir?
Ardıcıllığın düzülməsində oxşarlıq müqayisə edildikdə iki ardıcıllığın oxşarlığıdır. Bu fakt ardıcıllığın kimliyindən asılıdır. Oxşarlıq qalıqların düzülmə dərəcəsini təsvir edir. Beləliklə, oxşar ardıcıllıqlar oxşar xüsusiyyətlərə malikdir. Bioinformatikada oxşarlıq iki zülal arasındakı oxşarlığı qiymətləndirmək üçün bir vasitədir.
Şəkil 01: Ardıcıllıqda Oxşarlıq
Hazırlama prosesini ardıcıllaşdırmaq üçün iki əsas addım var. İlkin addım BLAST, FastA və LALIGN kimi alqoritmlərdən istifadə etməklə iki ardıcıllıq (boşluqlar daxil olmaqla) arasında optimal uyğunlaşmanı tapmağa kömək edən cüt-müdrik düzülmədir. Uyğun olan alqoritm redaktə əməliyyatlarının minimum sayını tapır; bir ardıcıllığı digər ardıcıllığa uyğunlaşdırmaq üçün in-dels və əvəzləmələr. Cüt-cüt uyğunlaşdırmadan sonra hər bir cütlük müqayisəsindən iki kəmiyyət parametri əldə etmək lazımdır. Onlar eynilik və oxşarlıqdır.
Şəxsiyyət nədir?
Ardıcıllıq düzülüşündə identiklik iki fərqli ardıcıllıq arasında tam uyğun gələn simvolların sayıdır. Beləliklə, şəxsiyyəti qiymətləndirərkən boşluqlar nəzərə alınmır. Ölçmə iki ardıcıllıq arasında daha qısa ardıcıllıqla əlaqəli hesab olunur. Bu, ardıcıllıq şəxsiyyətinin keçidli olmadığı yerdə təsirə malik olduğunu əhəmiyyətli dərəcədə göstərir. X=Y və Y=Z olarsa, X mütləq Z-yə bərabər deyildir. Bu, eynilik məsafəsi ölçüsü baxımından çıxarılır.
Şəkil 02: Ardıcıllıqda İdentifikasiya
Məsələn, X-də AAGGCTT, Y-də AAGGC, Z-də AAGGCAT ardıcıllığı var. X və Y arasındakı eynilik 100% {5 eyni nukleotid/dəq[uzunluq(X), uzunluq(Y)]}-dir. Y və Z arasında eynilik də 100% təşkil edir. Lakin X və Z arasındakı eynilik yalnız 85% {(6 eyni nukleotid / 7)} təşkil edir.
Ardıcıllıqda Oxşarlıq və Eynilik Arasındakı oxşarlıqlar nələrdir?
- Həm oxşarlıq, həm də eynilik ardıcıl düzülmədə istifadə etdiyimiz iki termindir.
- Həmçinin, onlar iki ardıcıllıq arasındakı oxşarlığa istinad edir.
- Bundan başqa, biz onları faiz dəyəri kimi ifadə edirik.
Ardıcıllıqda Oxşarlıq və Eynilik Arasındakı Fərq Nədir?
Yerləşdirmədəki oxşarlıq müqayisə edildikdə iki ardıcıllıq arasındakı oxşarlığı bildirir, ardıcıl düzülmədəki eynilik isə iki fərqli ardıcıllıq arasında tam uyğun gələn simvolların miqdarını bildirir. Buna görə də, ardıcıl düzülmədə oxşarlıq və eynilik arasında əsas fərq budur.
Xülasə – Ardıcıllıqda Bənzərlik və Eynilik
Ardıcıllığın düzülüşü ardıcıllıqlar arasında funksional, struktur və ya təkamül əlaqəsi nəticəsində yaranan DNT, RNT və ya zülaldakı oxşarlıq bölgələrini müəyyən etməyə kömək edir. Beləliklə, oxşarlıq və eynilik ardıcıllıqla uyğunlaşma kontekstində iki əsas termindir. Bu iki termin arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, oxşarlıq müqayisədə iki ardıcıllığın oxşarlığıdır, eynilik isə iki fərqli ardıcıllıq arasında tam uyğun gələn simvolların sayıdır. Beləliklə, ardıcıl düzülmədə oxşarlıq və eynilik arasındakı fərqin xülasəsidir.
