CGH ilə CGH massivi arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, CGH daha aşağı rezolyusiyaya malik test nümunəsinin DNT-dəki surət sayı dəyişikliyini təhlil etmək üçün ənənəvi molekulyar sitogenetik metoddur, CGH massivi isə tam avtomatlaşdırılmış molekulyar sitogenetik metoddur. daha yüksək ayırdetmə qabiliyyətinə malik test nümunəsinin DNT-də nüsxə nömrəsi dəyişikliyinin təhlili.
CGH və massiv CGH fərdlərdə nüsxə sayı dəyişikliklərini aşkar etmək üçün iki üsuldur. Kopya sayı dəyişikliyi genomun təkrarlanan bölmələrinə aiddir. Kopya sayı fərdlər arasında dəyişir. Kopya nömrəsinin dəyişməsi ümumiyyətlə iki qrupa bölünür: qısa təkrarlar və uzun təkrarlar. Qısa nüsxə sayı dəyişikliyinə ən məşhur nümunələrdən biri, ovçuqtin genindəki CAG trinukleotidinin təkrarlanmasıdır. Bu, huntingtin adlı nevroloji pozğunluğa səbəb olur. Uzun təkrar nüsxə sayı dəyişkənliyinə ən yaxşı nümunə insulin müqavimətinə səbəb olan alfa amilaza genidir. Kopya nömrəsi dəyişikliyi FISH, CGH və CGH massivi kimi üsullarla aşkar edilə bilər.
CGH nədir?
CGH, istinad nümunəsi ilə müqayisədə test nümunəsinin DNT-də surət sayı dəyişkənliyini təhlil etmək üçün ənənəvi molekulyar sitogenetik üsuldur. Avtomatlaşdırılmış üsullarla müqayisədə daha aşağı ayırdetmə qabiliyyətinə malikdir. Bu texnikanın məqsədi müxtəlif mənbələrdən əldə edilən iki genomik DNT nümunəsini tez və səmərəli şəkildə müqayisə etməkdir.
Şəkil 01: CGH
Prosedur DNT-nin iki mənbədən təcrid olunmasını nəzərdə tutur: test və istinad. Sonra növbəti addım test və istinad DNT nümunələrinin müxtəlif rəngli flüoroforlarla müstəqil etiketlənməsidir. Daha sonra, tək zəncirli DNT nümunələrini əldə etmək üçün iki DNT nümunəsi denatürasiya edildi. Nəhayət, iki nəticələnmiş DNT nümunəsinin xromosomların normal metafaza yayılmasına 1:1 nisbətində hibridləşdirilməsi həyata keçirildi. Xromosom fərqləri flüoresan mikroskop və kompüter proqramından istifadə edərək iki mənbə arasında müəyyən edilə bilər. Bundan əlavə, CGH texnikası yalnız balanssız xromosom anomaliyalarını aşkar edə bilir.
Array CGH nədir?
Array CGH istinad nümunəsi ilə müqayisədə sınaq nümunəsinin DNT-də surət sayı dəyişikliyini təhlil etmək üçün tam avtomatlaşdırılmış molekulyar sitogenetik üsuldur. Daha yüksək qətnaməyə malikdir və ənənəvi CGH məhdudiyyətlərini minimuma endirmək üçün hazırlanmışdır. Array CGH CGH prinsiplərini mikroarrayların istifadəsi ilə birləşdirir. Bu üsul metafaza yayılmış xromosomlardan istifadə etmək əvəzinə, hədəf kimi kiçik DNT seqmentləri ilə düzülmüş slaydlardan istifadə edir. Bu mikroarraylar az miqdarda DNT-nin (zondların) bərk şüşə dayağın üzərinə qoyulması və hərəkətsizləşdirilməsi yolu ilə hazırlanmışdır. Zondların ölçüsü oliqonukleotiddən bakterial süni xromosoma qədər dəyişə bilər.
Şəkil 02: CGH massivi
Sondlardan asılı olmayaraq, CGH massivinin əsas metodu CGH-yə bənzəyir. Tərkibində mikroarray olan zondlar hazırlandıqdan sonra müxtəlif rəngli flüoroforlarla etiketlənmiş iki DNT nümunəsi (sınaq və istinad) qarışdırılır və mikroarraya əlavə edilir. Nümunələrdəki DNT denatürasiyaya görə tək zəncirli olduğundan, bu DNT düzülmüş tək zəncirli zondlarla hibridləşir. Rəqəmsal görüntüləmə sistemindən istifadə edərək, iki mənbə arasındakı xromosom fərqlərini müəyyən etmək mümkündür.
CGH və Array CGH arasında hansı oxşarlıqlar var?
- CGH və massiv CGH nüsxə sayı variasiyalarını aşkar etmək üçün iki üsuldur.
- Onlar molekulyar sitogenetik üsullardır.
- Hər iki üsul balanssız xromosom anomaliyalarına diaqnoz qoyur.
- Flüoroforlar hər iki üsulda iştirak edir.
- Hər iki üsul nüsxə sayı dəyişikliyinə görə genetik pozğunluqları aşkar etmək üçün istifadə edilə bilər.
- Onlar müqayisəli genomik analizdə geniş istifadə olunur.
CGH və Array CGH arasındakı fərq nədir?
CGH daha aşağı rezolyusiyaya malik test nümunəsinin DNT-sindəki surət sayı dəyişikliyini təhlil etmək üçün ənənəvi molekulyar sitogenetik üsuldur, massiv CGH isə sınaq nümunəsinin DNT-sindəki surət sayı dəyişməsini təhlil etmək üçün tam avtomatlaşdırılmış molekulyar sitogenetik üsuldur. daha yüksək qətnaməyə malikdir. Beləliklə, bu CGH ilə CGH massivi arasındakı əsas fərqdir. Bundan əlavə, CGH-də test və istinad DNT nümunələri xromosomların normal metafaza yayılması ilə hibridləşir, lakin CGH massivində test və istinad DNT nümunələri mikroarray ehtiva edən hərəkətsizləşdirilmiş DNT zondları ilə hibridləşir.
Aşağıdakı infoqrafika yan-yana müqayisə üçün CGH və CGH massivi arasındakı fərqləri cədvəl şəklində sadalayır.
Xülasə – CGH vs Array CGH
CGH və massiv CGH balanssız xromosom anomaliyalarını aşkar etmək üçün iki molekulyar sitogenetik üsuldur. Onlardan müqayisəli genomik analizdə geniş istifadə olunur. CGH, daha aşağı rezolyusiyaya malik olan test nümunəsinin DNT-də surət sayı dəyişkənliyini təhlil etmək üçün ənənəvi molekulyar sitogenetik üsuldur. Bunun əksinə olaraq, massiv CGH daha yüksək ayırdetmə qabiliyyətinə malik test nümunəsinin DNT-də surət sayı dəyişikliyini təhlil etmək üçün tam avtomatlaşdırılmış molekulyar sitogenetik üsuldur. Beləliklə, bu, CGH ilə CGH massivi arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
