İyerarxik və bütöv genom ov tüfəngi ardıcıllığı arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, iyerarxik ov tüfəngi ardıcıllığında genom ardıcıllıqdan əvvəl daha böyük fraqmentlərə bölünür, bütün genom ov tüfəngi ardıcıllığında isə bütün genom ardıcıllıq üçün kiçik fraqmentlərə bölünür..
Sequencing molekulyar proseslərdə, xüsusilə növlərin dəqiq müəyyən edilməsində mühüm texnikadır. Əslində, bu, bir gen və ya genomdakı nukleotidlərin dəqiq sırasını təyin etmək texnikasıdır. Ardıcıllıq üçün bir çox texnika var. Bunlardan bəzilərinə Maxam Gilbert Method, Sanger Method və avtomatlaşdırılmış Sanger metodu daxildir.
İyerarxik Ov tüfəngi ardıcıllığı nədir?
İyerarxik Ov tüfəngi ardıcıllığı ardıcıllığın bir üsuludur. Buna "yuxarıdan aşağıya ardıcıllıq" da deyilir. Bundan əlavə, bu üsul iki mərhələdən ibarətdir: birinci addım genomun gücləndirilməsi, ikinci mərhələ isə genomun parçalanmasıdır. Bu üsulda genom əvvəlcə böyük parçalara kəsilir. Bunun ardınca vektorlar və ya süni xromosomlardan istifadə edərək bu böyük fraqmentlərin müxtəlif ev sahiblərinə klonlaşdırılması aparılır. Sonra bu rekombinant vektorlar kitabxanaya yerləşdirilir. Ov tüfənginin ardıcıllığı zamanı rekombinant vektor klonları ayrı-ayrılıqda sekvensiyadan keçir. Klonlardakı fraqmentlər, genomun ölçüsünü daha da az altmaq üçün məhdudlaşdırıcı həzm prosesindən keçir və beləliklə, ardıcıllıqdan keçir.
Şəkil 01: İyerarxik Ov tüfəngi Sıralaması
İerarxik ov tüfəngi ardıcıllığı zamanı ov tüfənginin ardıcıllığından əvvəl böyük fraqmentlər ardıcıllıqla düzülməlidir. Bu, klonlaşdırma prosesi zamanı daxil edilən molekulyar markerlərin köməyi ilə baş verir.
İyerarxik ov tüfəngi ardıcıllığı aşağı rezolyusiyaya malik gen xəritəsi yaradır. Lakin o, ardıcıl ardıcıllıq xəritəsi yaradır. Beləliklə, birbaşa ardıcıllıqdan daha uzun müddət tələb olunur. Bütün proses rekombinant vektor kitabxanasının yaradılması səbəbindən gecikir. Bu həm də zəhmət tələb edən bir texnikadır. Bununla belə, hazırda texnika işi asanlaşdırmaq üçün avtomatlaşdırılıb.
Bütün Genom Ov tüfənginin ardıcıllığı nədir?
Bütün genom ov tüfəngi ardıcıllığı tək addımlı ardıcıllıq prosesidir. Bu prosesdə əvvəlcə bütün genom kəsilməsi baş verir. Bunun ardınca bu kiçik fraqmentlərin hər biri təsadüfi ardıcıllığa məruz qalır. Ardıcıllıq başa çatdıqdan sonra ardıcıllıqların təhlili aparılır. Ardıcıllığın təhlili zamanı üst-üstə düşən ardıcıllıqlar silinir və təhlil sifarişli proses deyil. Buna görə də, ardıcıllıqların yığılması iyerarxik ov tüfəngi ardıcıllığı ilə müqayisədə daha az səmərəli prosesdir. Bununla belə, bütün genomun ov tüfənginin ardıcıllaşdırılması prosesi daha sürətlidir və bütün genomun təhlili bir instansiyada həyata keçirilə bilər.
İyerarxik və Bütün Genom Ov tüfəngi ardıcıllığı arasında hansı oxşarlıqlar var?
- İyerarxik və bütün genom ov tüfəngi ardıcıllığı iki ardıcıllıq yanaşmasıdır.
- Hər ikisi Sanger ardıcıllığı və ya avtomatlaşdırılmış Sanger ardıcıllığı üsullarından keçir.
- Onlar DNT və RNT fraqmentlərinin ardıcıllaşdırılmasında iştirak edirlər.
- Bundan başqa, hər iki üsul molekulyar diaqnostika və tədqiqat məqsədləri üçün vacibdir.
- Hazırda hər iki texnika avtomatlaşdırılmış və ya kompüter əsaslıdır.
- Hər iki üsul genomun parçalanmasına əsaslanır.
İerarxik və Bütün Genom Ov tüfəngi ardıcıllığı arasındakı fərq nədir?
İyerarxik ov tüfəngi ardıcıllığı kiçik ardıcıllıq fraqmentləri ilə işləyən bütün genomlu ov tüfəngi ardıcıllığı ilə müqayisədə daha böyük ölçülü fraqmentlər yaradır. Beləliklə, bu, iyerarxik və bütün genom ov tüfəngi ardıcıllığı arasındakı əsas fərqdir. Bundan əlavə, iyerarxik ov tüfənginin ardıcıllığı iki əsas addımdan ibarətdir, bütün genomlu ov tüfəngi ardıcıllığı isə bir əsas addımdan ibarətdir.
Bundan başqa, iyerarxik və bütöv genom ov tüfəngi ardıcıllığı arasındakı digər fərq, iyerarxik ov tüfəngi ardıcıllığı ilə müqayisədə bütün genom ov tüfəngi ardıcıllığında qətnamənin daha yüksək olmasıdır.
Aşağıdakı infoqrafika iyerarxik və bütün genom ov tüfəngi ardıcıllığı arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
Xülasə – İerarxik vs Bütün Genom Ov tüfəngi Sıralaması
İyerarxik və bütün genomlu ov tüfəngi ardıcıllığı böyük genomları ardıcıllıqla sıralamaq üçün iki üsuldur. İyerarxik ov tüfəngi ardıcıllığı genomun daha böyük fraqmentlərə bölündüyü iki mərhələli ardıcıllıq prosesidir. Bunun əksinə olaraq, bütün genom ov tüfəngi ardıcıllığı, genomun kiçik fraqmentlərə bölündüyü və birbaşa ardıcıllıqla sıralandığı bir addımlı ardıcıllıqdır. Beləliklə, bu, iyerarxik və bütün genom ov tüfəngi ardıcıllığı arasındakı əsas fərqdir. Üstəlik, texniki aspektlər iki texnika arasında fərqlənə bilər.
