Bütün genom ardıcıllığı ilə ekzom ardıcıllığı arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, bütün genom ardıcıllığı orqanizmin bütün genomunu, ekzom ardıcıllığı isə orqanizmin yalnız ekzomu və ya zülal kodlayan genlərini sıralayır.
Sequencing müəyyən bir DNT molekulunda nukleotidlərin dəqiq sırasını təyin edən bir texnikadır. O, sadəcə olaraq dörd əsasın düzgün sırasını əks etdirir; DNT fraqmentində adenin (A), guanin (G), sitozin (C) və timin (T). Sanger ardıcıllığı, yeni nəsil sekvensiyası və s. kimi bir neçə ardıcıllaşdırma metodu var. Bundan əlavə, ya orqanizmin tam genomu (bütün genom ardıcıllığı) və ya yalnız genomdakı zülal kodlayan genlər (ekzomların ardıcıllığı) ardıcıllığa məruz qala bilər.
Bütün Genom Sıralaması nədir?
İnsan genomunda təxminən üç milyard əsas cüt DNT var. Bütün genom ardıcıllığı bir orqanizmin tam genomunu ardıcıllaşdıran bir üsuldur. Buna görə də, bütün genom sıralamasında, ekzomlar, intronlar, genlərarası boşluqlar və s. daxil olmaqla, DNT molekullarının bütün kolleksiyasına diqqət yetirilir. Üstəlik, bütün genom ardıcıllığı təkcə nüvənin daxilində olan genomu deyil, həm də mitoxondrial DNT-ni ardıcıllıqla tərtib edir..
Şəkil 01: Bütün Genom Sıralaması
Bu ardıcıllığa hazırlaşarkən ilk addım bütün DNT-ni çıxarmaqdır. Daha sonra, çıxarılan DNT uyğun ardıcıllıq metodundan istifadə edərək ardıcıllıq prosedurundan keçir. Yaranan ardıcıllığı təhlil edərək, bioinformatika alətindən istifadə etməklə biz nadir xəstəliklər, xərçəng, yoluxucu xəstəliklər və s. öyrənə bilərik.
Exome Sequencing nədir?
Exome, genomun təxminən 1,5%-ni ehtiva edən genomun bir hissəsidir və ekzonların toplusudur. Ekzonlar mRNT-yə və sonra son protein məhsuluna transkripsiya olunan ardıcıllıqlardır. Beləliklə, ekzom ardıcıllığı genomdakı bütün zülal kodlaşdırma ardıcıllığını sıralayır. Ekzom ardıcıllığı genetik pozğunluqları aşkar edir, çünki genetik pozğunluqların əksəriyyəti protein kodlayan genlərin mutasiyaları nəticəsində yaranır. Beləliklə, genetik pozğunluqların diaqnostik prosesləri xəstəliyin diaqnozu üçün bir üsul olaraq tez-tez ekzom ardıcıllığından istifadə edir. Həmçinin, genetik test üçün bütün genom ardıcıllığı tətbiqi ilə müqayisə edildikdə, ekzom ardıcıllığının tətbiqi daha az vaxt alır və daha ucuzdur.
Şəkil 02: Exome Sequencing
Ekzoma ardıcıllığında, ilk növbədə, ümumi DNT-dən yalnız zülal kodlaşdırma ardıcıllığını seçmək lazımdır. Qeyd edək ki, insanlarda təxminən 180000 protein kodlaşdırma ardıcıllığı var. Daha sonra, ekzoma yüksək məhsuldarlıq ardıcıllığı metodundan istifadə edərək ardıcıllaşdırılır.
Bütün genom ardıcıllığı ilə ekzom ardıcıllığı arasında hansı oxşarlıqlar var?
- Bütün Genom Sıralaması və Ekzom Ardıcıllığı ardıcıllığın iki tətbiqidir.
- Hər iki üsul hər iki üsulda nukleotid ardıcıllığının düzgün sırasını təyin etmək üçün faydalıdır.
- Həmçinin, bioinformatika məlumatların təhlili üçün hər iki texnikada kömək edir.
Bütün Genom Sıralaması ilə Ekzom Ardıcıllığı Arasındakı Fərq Nədir?
Bütün genom ardıcıllığı orqanizmin genomunun bütün DNT-sini sıralayır, ekzom ardıcıllığı isə genomdan yalnız zülal kodlaşdırma ardıcıllığını sıralayır. Buna görə də, bu, bütün genom ardıcıllığı və ekzom ardıcıllığı arasındakı əsas fərqdir. Həmçinin, nukleotid ardıcıllığının düzgün sırasını təyin etmək üçün hər iki üsul geniş istifadə olunsa da, bütün genom ardıcıllığı ekzomanın ardıcıllığına nisbətən baha başa gəlir və vaxt aparır.
Aşağıdakı infoqrafika bütün genom ardıcıllığı ilə ekzom ardıcıllığı arasındakı fərqi cədvəl edir.
Xülasə – Bütün Genom Sıralaması vs Ekzom Sıralaması
Sequencing DNT fraqmentindəki əsasların dəqiq sırasını ortaya qoyur və bu, ya bütün genom ardıcıllığı, ya da ekzom ardıcıllığı ola bilər. Burada bütün genom ardıcıllığı orqanizmin tam genomunu, ekzom ardıcıllığı isə yalnız genomdakı zülal kodlaşdıran ardıcıllığı sıralayır. Tətbiqlərini nəzərə alsaq, bütün genom ardıcıllığı bütün genomda tək nukleotid variasiyaları, silinmələr, daxilolmalar və s. kimi genetik aberrasiyaların təhlilində, ekzom ardıcıllığı isə genetik xəstəliklərin aşkarlanmasında faydalıdır. Buna görə də, bu, bütün genom ardıcıllığı ilə ekzom ardıcıllığı arasındakı fərqdir.
