Əsas Fərq – Prob və Primer
Molekulyar zond DNT və ya RNT-dəki tamamlayıcı ardıcıllıqları tanıyan və hədəf ardıcıllığın identifikasiyasına imkan verən kiçik DNT və ya RNT fraqmentidir. Primer DNT sintezi üçün başlanğıc nöqtəsi kimi xidmət edən kiçik bir DNT və ya RNT hissəsidir. Primerlər və zondlar şablon DNT və ya hədəf DNT-nin tamamlayıcı nukleotidləri ilə hibridləşirlər. Bununla belə, zond və primer arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, primerlər DNT replikasiyası üçün, problar isə nümunə DNT-də xüsusi ardıcıllığın aşkarlanması üçün lazımdır.
Zond nədir?
Zond molekulyar hibridləşmə yolu ilə nümunədə hədəf DNT və ya RNT-ni aşkar etmək üçün istifadə edilən kiçik DNT və ya RNT fraqmentidir. Onlar həmçinin molekulyar markerlər kimi tanınırlar. Zondun uzunluğu dəyişə bilər (100-dən 1000 bazaya qədər) və zond nukleotidləri hədəf ardıcıllığının hissəsinə tamamlayıcıdır. Aşkarlanmanın asanlığı üçün zondlar radioaktiv izotoplar və ya flüoresan boyalar və ya antikorlarla etiketlənir. Problar hədəf ardıcıllığın tamamlayıcı əsasları ilə birləşir və nümunədə hədəf DNT və ya RNT varlığını aşkar edir. Zondların etiketlənməsinin iki əsas üsulu var: son etiketləmə və nick tərcüməsi. Zondlar DNT zondları, RNT zondları, cDNa zondları və sintetik oliqonukleotid zondları daxil olmaqla müxtəlif növlərə təsnif edilir və onlar müxtəlif texnikalardan istifadə etməklə hazırlanır.
Zondlar virusologiya, məhkəmə patologiyası, atalıq testi, DNT barmaq izi, genetik xəstəliklərin aşkarlanması, RFLP, molekulyar sitogenetika, in situ hibridləşdirmə və s. kimi bir çox mikrob və molekulyar sahələrdə vacib alətlərdir.
Şəkil 01: Patogenin aşkarlanması üçün FISH-də istifadə olunan floresan etiketli zond
Astar nədir?
Primer qısa DNT və ya RNT fraqmentidir və DNT sintezi üçün təşəbbüskar kimi xidmət edir. DNT polimeraza fermenti primer ardıcıllığının 3' OH qrupuna nukleotidlər əlavə edir və şablon DNT-ni tamamlayan yeni ipi sintez edir. Primerlər uzunluğu 18-20 nukleotid olan çox qısa fraqmentlərdir. Onlar in vitro DNT amplifikasiyası (PCR) üçün laboratoriyada kimyəvi sintez edilir. Primerlər istifadəçi tərəfindən tərtib edildiyi üçün istənilən nukleotid ardıcıllığına malik ola bilər. Onlar şablon DNT-nin tamamlayıcı əsasları ilə uyğunlaşmaq üçün sintez edilir. Buna görə də hər hansı bir nukleotid ardıcıllığına sahib ola bilər. Primerlər DNT replikasiyası üçün çox vacibdir, çünki DNT polimeraza əvvəlcədən mövcud DNT parçası olmadan yeni DNT sintez edə bilməz. PCR üçün primerləri hazırlayarkən aşağıdakılar nəzərə alınmalıdır:
- Primerlər gücləndirmək istəyən DNT-nin yan tərəfinə tamamlayıcı nukleotidləri ehtiva etməlidir.
- Astarların ərimə temperaturu 55 – 65 arasında olmalıdır 0C
- G və C məzmunu 50-60% arasında olmalıdır.
Nümunə DNT-nin hər iki zəncirini təkrarlamaq üçün PCR-də irəli və tərs olaraq iki primer istifadə olunur. Primerlər adətən PCR və DNT ardıcıllığını həyata keçirmək üçün istifadə olunur.
Şəkil 02: PCR-də primer yumşaldılması
Prob və Primer arasındakı fərq nədir?
Prob vs Primer |
|
| Zond molekulyar hibridləşmə ilə nümunədə hədəf ardıcıllığın mövcudluğunu aşkar etmək üçün istifadə edilən kiçik DNT/RNT fraqmentidir. | Primer DNT replikasiyası üçün başlanğıc nöqtəsi kimi xidmət edən kiçik DNT və ya RNT hissəsidir. |
| Funksiya | |
| Bu, DNT və ya RNT nümunəsində xüsusi ardıcıllığın mövcudluğunu aşkar edir. | Bu, DNT sintezi üçün başlanğıc nöqtəsi kimi çıxış edir. |
| Uzunluq | |
| Uzunluq 100 – 1000 baza aralığında ola bilər | Uzunluq ümumiyyətlə təxminən 18 – 20 əsasdır |
| Tamamlayıcı Ardıcıllıqla Bağlama | |
| Zond hədəf ardıcıllığının tamamlayıcı əsasları ilə hibridləşir | Primer DNT zəncirlərinin tamamlayıcı əsasları ilə bağlanır. |
| Etiketləmə | |
| Zondlar aşkarlanma asanlığı üçün etiketlənib | Astarlar ümumiyyətlə etiketlənmir |
| PCR-də istifadə edin | |
| Problar PCR-də istifadə edilmir | Primerlər PCR-də istifadə olunur |
Xülasə – Prob və Primer
Zond nümunədə hədəf ardıcıllığı aşkar etmək üçün tamamlayıcı nukleotidlərlə hibridləşdirilə bilən DNT və ya RNT ardıcıllığının kiçik bir parçasıdır. Hədəf ardıcıllığının mövcudluğunu görmək üçün zondlar radioaktiv, immunoloji və ya flüoresan olaraq etiketlənir. Primer in vitro DNT gücləndirilməsi üçün başlanğıc nöqtəsi kimi çıxış edən çox kiçik DNT və ya RNT fraqmentidir. DNT polimeraza 3' OH qrupu primerini müəyyən edir və şablonu tamamlayan yeni zəncir yaratmağa başlayır. Zondlar və primerlər tamamlayıcı nukleotidlərlə hibridləşərək oxşar şəkildə işləyirlər. Beləliklə, zond və primer arasındakı əsas fərq onların əsas funksiyasıdır.
