Əsas Fərq – RT PCR vs QPCR
Polimeraza Zəncirvari Reaksiya in vitroda DNT-nin xüsusi bölgəsini gücləndirmək üçün istifadə edilən bir texnikadır. Bu texnikanın 1983-cü ildə Kary Mullis tərəfindən ixtira edilməsi sayəsində elm adamları tədqiqat məqsədləri üçün xüsusi DNT fraqmentlərinin mindən milyonlarla nüsxəsini çıxara bilirlər. Hal-hazırda o, geniş çeşidli tətbiqlər üçün klinik və tədqiqat laboratoriyalarında ümumi və müntəzəm olaraq həyata keçirilən texnikaya çevrilmişdir. Ənənəvi PCR texnikasının RT PCR, yuvalanmış PCR, multipleks PCR, Q PCR, RT – QPCR və s. kimi variasiyaları var. RT PCR və Q PCR PCR-nin iki mühüm variasiyasıdır. RT PCR və Q PCR arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, RT PCR RNT-dən tamamlayıcı DNT (cDNA) transkriptlərinin yaradılması yolu ilə gen ifadəsini aşkar etmək üçün istifadə olunur, Q PCR isə flüoresan boyalardan istifadə edərək real vaxtda PCR məhsullarını kəmiyyətcə ölçmək üçün istifadə olunur.
RT PCR nədir?
Tərs transkripsiya polimeraza zəncirvari reaksiya (RT PCR) RNT ifadəsini aşkar etmək üçün istifadə edilən PCR variantıdır. Bu, toxumalarda mRNT ifadəsini aşkar etmək üçün çox vacib bir üsuldur. Nümunənin başlanğıc materialı RNT olduqda RT PCR istifadə olunur. RT PCR-də şablon mRNT əvvəlcə tamamlayıcı DNT-yə çevrilir. Bu addım əks transkriptaza fermenti tərəfindən katalizlənir və proses tərs transkripsiya kimi tanınır. İkincisi, gücləndirmə üçün yeni sintez edilmiş cDNT üçün ənənəvi PCR istifadə olunur.
RT PCR nisbətən az miqdarda RNT nümunəsi tələb edən yüksək həssas texnikadır. RT PCR adətən RNT növlərinin, xüsusən də insan immunçatışmazlığı virusu və hepatit C virusu kimi RNT viruslarının diaqnostikasında və kəmiyyətinin müəyyən edilməsində istifadə olunur.
Şəkil 01: RT PCR Texnikası
QPCR nədir?
Kəmiyyətli PCR (QPCR) PCR məhsullarını kəmiyyətcə ölçmək üçün istifadə edilən PCR variantıdır. Real vaxtda PCR maşınından istifadə edərək real vaxtın gücləndirilməsini ölçdüyü üçün ona real vaxt polimeraza zənciri reaksiyası da deyilir. Nümunədə mövcud olan hədəf ardıcıllığının və ya genin miqdarını təyin etmək üçün uyğun bir üsuldur. QPCR-nin maraqlı xüsusiyyəti ondan ibarətdir ki, o, həm gücləndirməni, həm də həqiqi kəmiyyəti bir addımda birləşdirir. Buna görə də, aşkarlamada gel elektroforezinə ehtiyac QPCR texnikası ilə aradan qaldırıla bilər. QPCR, PCR reaksiyaları zamanı PCR məhsullarını etiketləmək üçün flüoresan boyalardan istifadə edir və nəticədə birbaşa kəmiyyət müəyyənləşdirilməsinə səbəb olur. PCR məhsulları yığıldıqda, flüoresan siqnallar da yığılır və real vaxt maşını ilə ölçüləcəkdir. QPCR RT PCR ilə birləşdirilə bilər. RT – QPCR və ya QRT – PCR kimi tanınır və hüceyrələrdə və ya toxumalarda RNT səviyyələrinin aşkarlanması üçün ən güclü, həssas və kəmiyyət metodu hesab olunur.
SYBR Green və Taqman real vaxt PCR-nin gücləndirmə prosesini aşkar etmək və ya izləmək üçün istifadə olunan iki üsuldur. SYBR Green metodu SYBR yaşıl adlı flüoresan boya istifadə edərək həyata keçirilir və ikiqat zəncirli DNT istehsal etmək üçün boyanı bağlayaraq gücləndirməni aşkar edir. Taqman ikili etiketli zondlardan istifadə etməklə həyata keçirilir və zondun Taq polimerazası tərəfindən deqradasiyası və Şəkil 02-də göstərildiyi kimi flüoroforun buraxılması yolu ilə gücləndirməni aşkar edir. Hər iki üsul gücləndirmə prosesinin gedişatını izləyir və real vaxtda məhsulun miqdarını bildirir..
Real zamanlı PCR gen ifadəsinin kəmiyyətinin müəyyən edilməsi, mikroRNT və kodlaşdırmayan RNT analizi, SNP genotiplənməsi, surət sayı variantlarının aşkarlanması, nadir mutasiyaların aşkarlanması, genetik cəhətdən dəyişdirilmiş orqanizmlərin aşkarlanması, yoluxucu agentlərin aşkarlanması kimi geniş çeşiddə tətbiqlərə malikdir. və s.
Şəkil 02: Kəmiyyət PCR texnikası
RT PCR və QPCR arasındakı fərq nədir?
RT PCR vs QPCR |
|
| RT PCR gücləndirmə yolu ilə gen ifadəsini aşkar etmək üçün istifadə edilən texnikadır. | QPCR real vaxtda DNT-ni gücləndirən və PCR məhsullarının kəmiyyətini təyin edən texnikadır. |
| Əks transkriptaza fermentinin iştirakı | |
| Revers transkriptaza fermenti RT PCR üçün istifadə olunur. | QPCR üçün əks transkriptaza fermenti istifadə edilmir. |
| Flüoresanla İşarəli Molekulların İstifadəsi | |
| Flüoresan etiketli boyalar və ya zondlar RT PCR üçün istifadə edilmir. | QPCR üçün floresan etiketli boyalar və ya zondlar istifadə olunur. |
| PCR məhsulunun kəmiyyəti | |
| QPCR ilə birləşdirilmədikcə, RT PCR PCR məhsulunun kəmiyyətini göstərmir. | QPCR PCR məhsulunu kəmiyyətcə ölçün. |
| Başlanğıc Material | |
| Başlanğıc material mRNT-dir. | Başlanğıc materialı DNT-dir. |
| cDNT sintezi | |
| Tamamlayıcı DNT RT PCR zamanı istehsal olunur. | QPCR zamanı tamamlayıcı DNT istehsal olunmur. |
Xülasə – RT PCR vs QPCR
RT PCR və QPCR ənənəvi PCR-in iki versiyasıdır. RT PCR texnikası mRNT nümunələri üçün həyata keçirilir və əks transkripsiya və cDNA istehsalı ilə idarə olunur. QPCR, flüoresan boyalar və ya etiketli zondlardan istifadə edərək real vaxt PCR termal dövrləri zamanı PCR məhsullarının kəmiyyətini müəyyən etmək üçün istifadə olunur. QPCR-də PCR məhsulunun miqdarı nümunə tərəfindən buraxılan flüoresan siqnallarla təmsil olunur. RT PCR populyar olaraq gücləndirmə prosesi kimi istifadə olunur, QPCR isə kəmiyyətləşdirmə prosesi kimi istifadə olunur. Bu, RT PCR və QPCR arasındakı fərqdir.
