Konsensus PCR və pan PCR arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, konsensus PCR həmişə qorunan bölgələri hədəf alır, Pan PCR isə qrupun müxtəlif suşlarını müəyyən etmək üçün dəyişən bölgələri hədəfləyir
Polimeraza zəncirvari reaksiya (PZR) denatürasiya, tavlama və uzadılma kimi üç əsas addımdan ibarət olan bir gen gücləndirmə texnikasıdır. Bu diaqnostika və molekulyar identifikasiyada geniş istifadə olunur. Konsensus PCR və Pan PCR üsulları hər bir PCR növünün istifadə etdiyi primer hədəflərə əsaslanır.
Konsensus PCR nədir?
Consensus PCR müəyyən növ və ya cins üçün qorunan bölgəni hədəf alan PCR texnikasıdır. Buna görə də gücləndirmə üçün yüksək qorunan bölgələr seçilir. Bu üsul vasitəsilə orqanizmləri onların konsensusuna əsasən müəyyən etmək və fərqləndirmək olar. Bu üsul müəyyən bir növ üçün qorunan bölgəni müəyyən edir. Məsələn, bakteriyaların 16s rRNT bölgəsi bakteriyalar arasında qorunan bölgə olaraq qalır. Buna görə gücləndirmə üçün yalnız bir primer dəsti tələb olunur. Əksər hallarda qorunan bölgə üçün universal primer xüsusi istifadə edilə bilər.
Şəkil 01: PCR Texnikası
Konsensus PCR metoduna riayət etməklə növlərin xarakteristikası və təkamül əlaqələri çıxarıla bilər. Müəyyən bir nümunə orqanizmin gücləndirmə effektivliyinə əsaslanaraq, orqanizmin qrupa qarşı konsensusunu da çıxarmaq olar. Bundan əlavə, konsensus PCR aparılması filogenetik tədqiqatlarda çox vacibdir. O, növü müəyyən etməyə imkan verir və müəyyən orqanizmin ümumi əcdad baxımından göstərilən sapmasını şərh edir.
Pan PCR nədir?
Pan PCR PCR-in multipleksləmə rejimidir. Bu texnikada müxtəlif astar hədəfləri istifadə edərək müxtəlif suşlar gücləndirilir. Bununla belə, hədəflər gərginlik qrupları üçün ümumi hədəflər ola bilər. Beləliklə, Pan PCR-də bir anda ikidən çox primer dəsti istifadə edilə bilər. Tək boru reaksiya metodunda və ya çox borulu reaksiya metodunda baş verə bilər. Pan PCR konsensus PCR ilə müqayisədə daha çox vaxt aparan və daha mürəkkəbdir. Bu səbəbdən, Pan PCR-də PCR nəticələrinin təfsiri də daha mürəkkəb ola bilər.
Pan PCR-nin əsas tətbiqi molekulyar diaqnostikadadır. Hədəf gücləndirilməsi ilə bir növün müxtəlif suşları arasında fərq qoymağa imkan verir. Pan PCR xəstəliyə səbəb olan tək bir növün müxtəlif suşlarını müəyyən etmək üçün ideal bir üsuldur. Əksər hallarda, müxtəlif sağlamlıq şərtləri üçün Pan PCR üsullarının avtomatlaşdırılması çox vacibdir və etibarlı və yüksək səmərəli texnikadır.
Consensus PCR və Pan PCR arasında hansı oxşarlıqlar var?
- Consensus PCR və Pan PCR iki növ PCR texnikasıdır.
- Hər iki prosedur ümumi üç addımlı prosedura əməl edir – denatürasiya, yumşalma və uzatma.
- Hədəf spesifik primerlərdən istifadə edirlər.
- Hər iki reaksiya termal siklatorda baş verir.
- Bu reaksiyalar avtomatlaşdırıla bilər.
- Hər ikisi molekulyar diaqnostika və identifikasiyada istifadə edilə bilər; lakin dəqiqlik dəyişir.
- Bu prosedurlar doğrulama tələb edir.
Konsensus PCR və Pan PCR arasındakı fərq nədir?
Həm Konsensus, həm də Pan PCR eyni rutin proseduru izləyir. Bununla birlikdə, konsensus PCR və Pan PCR arasındakı əsas fərq, hər bir prosedurun istifadə etdiyi primer hədəflərinə əsaslanır. Konsensus PCR həmişə qorunan bölgələri hədəfləsə də, Pan PCR qrupun müxtəlif suşlarını müəyyən etmək üçün dəyişən bölgələri hədəfləyir. Bu fərqə görə, primer dizayn protokolları, istifadə olunan primer dəstlərinin sayı və xüsusi tətbiqlər dəyişir.
Aşağıdakı infoqrafika Konsensus PCR və Pan PCR arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
Xülasə – Konsensus PCR vs Pan PCR
Mulli tərəfindən təqdim edilən PCR, molekulyar biologiya tətbiqlərində mühüm inqilabi rol oynayır. Konsensus və Pan PCR, primer hədəf bölgələrinə əsaslanan iki növ PCR-dir. Konsensus PCR qorunan bölgələri hədəfləsə də, Pan PCR dəyişən bölgələri hədəfləyir və ştammın müəyyən edilməsində mühüm rol oynayır. Konsensus PCR və Pan PCR arasındakı bu əsas fərqə görə, hər bir PZR növünün spesifik funksiyaları da filogenetik analizdən molekulyar xarakteristikaya və molekulyar diaqnostikaya qədər dəyişir.
