shRNA vs siRNA
RNT müdaxiləsi (RNAi) prosesi zamanı hədəf genin ifadəsi yüksək spesifiklik və selektivliklə yıxılır. RNTİ təbii bir prosesdir və o, kiçik müdaxilə edən RNT (siRNA) və qısa saç ipi RNT (shRNA) və iki funksiyalı shRNA-nı əhatə edir. Hal-hazırda, RNAi fərdiləşdirilmiş xərçəng müalicəsi üçün bir vasitə kimi geniş istifadə olunur. RNT-nin tətbiqi əsasən kimyəvi sintez edilmiş ikiqat siRNA və vektor əsaslı shRNA molekulları ilə həyata keçirilir. Bu iki molekulun oxşar funksional nəticələri olsa da, strukturlarına görə fərqlənirlər; beləliklə, bu iki molekulun molekulyar təsir mexanizmləri, RNT yolları və hədəfdən kənar təsirləri də fərqlidir.
shRNA
shRNA kiçik RNT molekulunun ardıcıllığıdır və RNTi zamanı hədəf gen ifadəsini susdurmaq üçün istifadə edilə bilən sıx bir saç sancısı döndərir. shRNA-nın ifadəsi virus və ya bakteriya ola bilən vektor və ya plazmidlərin çatdırılması ilə əldə edilir. Onlar hüceyrələrin nüvəsində sintez olunur və sonrakı proseslər üçün sitoplazmaya nəql olunur. Bu molekullar miRNA-nın oxşar yetişmə yollarına malikdir; beləliklə miRNT-nin sintezi shRNT sintezini başa düşmək üçün zəmin yaratdı. İstər RNT polimeraza II və ya III RNT polimeraza II və ya III promotorlar vasitəsilə shRNT-ni transkripsiya edə bilir. shRNA-ların istifadəsinin üstünlüyü ondan ibarətdir ki, onlar nisbətən aşağı deqradasiya və dövriyyə sürətinə malikdirlər. Dezavantaj odur ki, onun ifadə vektoruna ehtiyacı var və bu, bəzi təhlükəsizlik problemlərinə səbəb ola bilər.
siRNA
siRNA-lar uzunluğu 20-25 baza cütündən ibarət ikiqat zəncirli RNT molekullarıdır. Bunlar RNT yolunda tamamlayıcı nukleotid ardıcıllığı ilə hər hansı bir geni susdurmaqla genin yatırılması üçün istifadə olunur.siRNA-nın transfeksiyası ilə genin yıxılması keçici təsirə görə çox vaxt uğursuz olur; xüsusilə sürətlə bölünən hüceyrələrdə və yatırılma daha uzun sürmür. Bu problemin öhdəsindən gəlmək üçün siRNA qısa saç tıxacının quruluşu ilə dəyişdirilir. Bu dəyişdirilmiş molekul daha sonra shRNA olaraq bilinirdi. shRNA normal funksiyasını davam etdirmək üçün Dicer tərəfindən siRNA-ya çevrilməlidir.
shRNA ilə siRNA arasındakı fərq nədir?
• siRNA-dan fərqli olaraq, shRNA əlavə saç tıxacına malikdir. shRNA siRNA-nın dəyişdirilmiş versiyasıdır.
• shRNA ifadə vektoru tələb edir, siRNA isə tələb etmir.
• shRNA uzunmüddətli, siRNA isə genlərin qısa müddətli yıxılması üçün istifadə oluna bilər.
• siRNA-nın gen supressiyasından fərqli olaraq, shRNA-nın supressiyası uzunmüddətlidir və o, müvafiq viral vektor vasitəsilə daxil edilərsə, o, daimi gen susdurucu effektlər yarada bilər.
• Normal funksiyalarını yerinə yetirmək üçün shRNT-ni yenidən siRNA molekuluna çevirmək üçün Dicer tələb olunur.
