Xəttlər və SINE-lər arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, Xəttlər (uzun səpələnmiş nüvə elementləri) daha uzun LTR olmayan retrotranspozonların bir növüdür, SINE isə (qısa səpələnmiş nüvə elementləri) isə daha qısa LTR olmayan retrotranspozonların bir növüdür.
LTR olmayan retrotranspozonlarda uzun terminal təkrarları (LTR) yoxdur. Bununla belə, onların tərkibində əks transkriptaza, RNT bağlayıcı zülal, nukleaza və ribonukleaz H sahəsi üçün genlər var. Qeyri-LTR retrotranspozonların qısa təkrarları var. Bu təkrarlar bir-birinin yanında əsasların tərs sırasına malikdir. Bundan əlavə, LTR olmayan retrotranspozonlar da LRT transpozonlarında birbaşa təkrarlara malikdir. Qeyri-LTR retrotranspozonlar XƏTLƏR və SINE kimi iki kateqoriyaya bölünür.
Xətlər nədir?
Xəttlər (uzun səpələnmiş nüvə elementləri) daha uzun LTR olmayan retrotranspozonlardır. Onlar eukariotların genomlarında geniş yayılmışdır. Onlar adətən insan genomunun 21,1%-ni təşkil edir. Hər bir Xətt təxminən 7000 əsas cüt uzunluğundadır. Xətlər mRNT-yə transkripsiya edə və əks transkriptaza fermenti kimi fəaliyyət göstərə bilən bir proteinə çevrilə bilər. Bu tərs transkriptaza LINEs RNT-nin DNT nüsxələrini istehsal edir. Bu DNT nüsxələri yeni saytda genomlara inteqrasiya oluna bilər.
Şəkil 01: XƏTLƏR və SINE
İnsan genomunda LINE-1 adlı yalnız bir bol Xətt var. LINE-1 elementinin uzunluğu təxminən 6000 əsas cütdür. İnsan genomunda təxminən 100.000 kəsilmiş LINE-1 elementi var. Xətlərdə təsadüfi mutasiya baş verə bilər. Təsadüfi mutasiyalar səbəbindən Xətlər degenerasiya ola bilər. Onlar artıq transkripsiya edilmir və tərcümə edilmir. Bundan əlavə, Xətlər L1, RTE, R2, I və jokey kimi beş əsas qrupda qruplaşdırılıb. Bu beş qrup daha 28 qrupa bölünür.
Xətlər adətən hədəf əsaslı tərs transkripsiya mexanizmi (TPRT) adlı mexanizm vasitəsilə yayılır. Xəttlərin daxil edilməsi hemofiliya A, xərçəng, mendel xəstəlikləri və s. kimi insan xəstəliklərinə səbəb olur. Xəttlərin hipometilasiyası bəzi xərçəng növlərini də tetikler.
SINE-lər nədir?
SINE-lər (qısa səpələnmiş nüvə elementləri) daha qısa LTR olmayan retrotranspozonların bir növüdür. Onların uzunluğu təxminən 100 ilə 700 əsas cütdür. SINE-lər həm də RNT aralıq məhsulları vasitəsilə eukaryotik genomlarda özlərini gücləndirən DNT elementləridir. SINE-lər məməlilərin genomunun təxminən 13%-ni təşkil edir. SINE-lərin daxili bölgələri tRNT-dən yaranır. Yüksək dərəcədə qorunub saxlanılır. Çox vaxt onurğalı və onurğasızların bir çox növlərində olurlar. Növlərin filogeniyaya əsaslanan təsnifatını yaratmaq üçün SINE-lərdəki surət sayı dəyişkənliyi və mutasiyalar birləşdirilə bilər.
SINE-ləri üç əsas növdə qruplaşdırmaq olar: CORE-SINEs, V-SINEs və AmnSINEs. Alu elementi primatlarda ən çox yayılmış SINE elementidir. Üstəlik, SINE-lərin daxil edilməsi ilə əlaqəli 50-dən çox insan xəstəliyi var. Onlar ekzonların içərisinə və ya yaxınına daxil olduqda, düzgün olmayan birləşmələrə səbəb ola bilər və ya oxu çərçivəsini dəyişə bilər. Bu, döş xərçəngi, kolon xərçəngi, leykemiya, hemofiliya, kistik fibroz, kolon xərçəngi, Dent xəstəliyi, neyrofibromatoz və s. kimi xəstəliklərin fenotiplərinə gətirib çıxarır.
XƏTLƏR və SINE-lər arasında hansı oxşarlıqlar var?
- Xətlər və SINE iki növ qeyri-LTR retrotranspozondur.
- Hər ikisinin uzun terminal bölgələri (LTR) yoxdur.
- Hər ikisi əsasən yalnız eukariotlarda olur.
- Onların hər ikisi avtonom deyil.
XƏTLƏR və SINE-lər arasındakı fərq nədir?
Xəttlər daha uzun qeyri-LTR retrotranspozonlardır, SIN isə daha qısa LTR olmayan retrotranspozonlardır. Beləliklə, bu, Xətlər və SINE arasındakı əsas fərqdir. Bundan əlavə, LINES tərs transkriptaza fermentini, SINE isə əks transkriptaza fermentini kodlamır. Beləliklə, bu, LINE və SINE arasındakı başqa bir fərqdir.
Xəttlər və SINE-lər arasında daha çox fərqlər yan-yana müqayisə üçün aşağıda cədvəl şəklində verilmişdir.
Xülasə – Xəttlər və SINEs
Retrotranspozonlar əsasən bütün eukariotlarda olur, lakin prokaryotlarda yoxdur. İnsan genomunun təxminən 37%-i retrotranspozonlardan ibarətdir. Retrotranspozonlar əsasən iki növdür: LTR və LTR olmayan retrotranspozonlar. Qeyri-LTR retrotranspozonlarında LTR retrotranspozonlarında mövcud olan uzun terminal təkrarları (LTR) yoxdur. Qeyri-LTR retrotranspozonlar daha sonra iki kateqoriyaya bölünür: Xəttlər və SINES. Xətlər daha uzun LTR olmayan retrotranspozonlardır, SINE isə daha qısa LTR olmayan retrotranspozonlardır. Beləliklə, bu, XƏTLƏR və SINE arasındakı fərqin xülasəsidir.
