Nik tərcüməsi ilə son doldurma arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, nik tərcüməsi müxtəlif hibridləşmə reaksiyaları üçün etiketli DNT zondları yaradan bir prosesdir, son doldurma isə tək zəncirli çıxıntılara nukleotidlər əlavə edərək küt fraqmentlər yaradan bir texnikadır.
Nik tərcüməsi və son doldurma molekulyar biologiyada istifadə olunan iki texnikadır. Nik tərcüməsi xüsusi nukleotid ardıcıllıqlarını aşkar etmək üçün hibridləşmə üçün zondların etiketlənməsi üçün istifadə olunur. Ucu doldurma, tək telli çıxıntıları olan yapışqan ucları olan küt fraqmentləri hazırlamaq üçün istifadə olunur. Hər iki texnikanın böyük əhəmiyyəti var və onlar müntəzəm olaraq molekulyar tədqiqat laboratoriyalarında həyata keçirilir.
Nik Tərcümə nədir?
Nik tərcüməsi ləkələmə, in situ hibridləşdirmə, flüoresan in situ hibridləşdirmə və s. kimi müxtəlif molekulyar bioloji üsullar üçün etiketlənmiş zondların hazırlanmasında istifadə edilən mühüm texnikadır. Bu, DNT etiketlənməsinin in vitro üsuludur. DNT zondları xüsusi DNT və ya RNT ardıcıllığını müəyyən etmək üçün istifadə olunur. Etiketli zondun köməyi ilə nuklein turşusunun mürəkkəb qarışığından xüsusi fraqmentləri qeyd etmək və ya vizuallaşdırmaq olar. Buna görə etiketli zondlar müxtəlif texnikalardan istifadə etməklə hazırlanır. Nik tərcüməsi DNase 1 və DNT polimeraza 1 fermentlərinin köməyi ilə etiketli zondlar istehsal edən belə üsullardan biridir.
Şəkil 01: Nick Translation
Nik tərcümə prosesi DNase 1 fermentinin aktivliyi ilə başlayır. DNase 1, nukleotidlər arasında fosfodiester bağlarını parçalayaraq, cüt zəncirli DNT-nin fosfat onurğasına nicklər təqdim edir. Nick yaradıldıqdan sonra nukleotidin sərbəst 3′ OH qrupu yaranacaq və DNT polimeraza 1 fermenti ona təsir edəcək. DNT polimeraz 1-in 5′-dən 3′-ə qədər eksonükleaza aktivliyi nukleotidləri nikdən DNT zəncirinin 3′ istiqamətinə doğru çıxarır.
Eyni zamanda, DNT polimeraza 1 fermentinin polimeraza fəaliyyəti işləyir və çıxarılan nukleotidləri əvəz etmək üçün nukleotidlər əlavə edir. Əgər nukleotidlər etiketlənərsə, dəyişdirmə etiketli nukleotidlərlə baş verəcək və o, DNT-ni identifikasiya üçün qeyd edəcək. Nəhayət, bu yeni sintez edilmiş etiketli DNT müxtəlif hibridləşmə reaksiyalarında zond kimi istifadə edilə bilər.
Son Doldurma nədir?
Son doldurma molekulyar biologiyada kövrək fraqmentlər hazırlamaq üçün istifadə edilən bir texnikadır. Məhdudiyyət həzm həddindən artıq olan fraqmentlər yaradır. Bu fraqmentlər plazmid vektorlarına bağlanmaq üçün uyğun olmaya bilər. Uyğun olmayan ucların birləşdirilməsinə imkan vermək üçün vektorlar tez-tez kəsilir. Buna görə də, çıxıntıları olan fraqmentləri polimerləşmə üçün şablon kimi istifadə edərək tamamlayıcı zəncirinə nukleotidlər əlavə etməklə kəsmək olar. Bu proses son doldurma kimi tanınır.
DNT polimerazaları, məsələn, DNT Polimeraz I və T4 DNT Polimerazın Klenow fraqmenti son doldurulmanı kataliz edir. Onlar (5′ → 3′) doldurmaq və geri çeynəmək (3′ → 5′) üçün nukleotidlər əlavə edirlər. Yapışqan uclar doldurulduqdan sonra onlar küt olur və vektora bağlanmağa hazırdırlar.
Bundan əlavə, son doldurma DNT molekullarını etiketləmək üçün istifadə edilə bilər. Bununla belə, yalnız yapışqan ucları olan DNT molekullarını etiketləmək üçün istifadə edilə bilər. Nick tərcüməsi ilə müqayisədə son doldurma DNT qırılmalarına nadir hallarda səbəb olan daha yumşaq bir üsuldur.
Nik Tərcümə və Son Doldurma arasında hansı oxşarlıqlar var?
- Həm nik tərcüməsi, həm də son doldurma molekulyar bioloji texnikadır.
- Onlardan zondları etiketləmək üçün istifadə edilə bilər.
- Hər ikisi in vitrodur
Nik Tərcümə ilə Son Doldurma Arasındakı Fərq Nədir?
Nik tərcüməsi hibridləşdirmə üçün etiketli zondlar yaradan texnikadır. Bunun əksinə olaraq, son doldurma vektorlara bağlama üçün küt fraqmentlər yaradan bir texnikadır. Beləliklə, nik tərcüməsi ilə son doldurma arasındakı əsas fərq budur. Bundan əlavə, Nik tərcüməsi 5'-3' eksonükleaz aktivliyinin istifadəsini tələb edir, son doldurma isə 5'-3' ekzonukleaza fəaliyyətini tələb etmir.
Aşağıdakı infoqrafikada nik tərcüməsi və son doldurma arasındakı fərqlər daha ətraflı şəkildə göstərilir.
Xülasə – Nick Translation vs End Filling
Nik tərcüməsi radioaktiv etiketli nukleotidləri DNT-yə daxil edən bir üsuldur. O, DNase 1 və E. coli DNT polimeraza 1 fermentlərinin fəaliyyətinə əsaslanan etiketli zondları sintez edir. Uç doldurma, digər tərəfdən, küt fraqmentlər istehsal edən bir texnikadır. Fraqmentlərin yapışqan ucları olduqda (bir telli çıxıntılar), vektorlara bağlanmaq üçün onları küt uclar etmək lazımdır. Ucu doldurma uyğun nukleotidləri əlavə edir və onları bağlama üçün uyğun etmək üçün küt uç fraqmentləri yaradır. Beləliklə, bu, nik tərcüməsi və son doldurma arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
