Əsas Fərq – Nick Translation vs Primer Extension
Nik tərcüməsi və primer uzadılması Molekulyar biologiyada həyata keçirilən iki mühüm texnikadır. Nik tərcüməsi ilə primer uzadılması arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, nik tərcüməsi prosesi digər hibridləşdirmə üsulları üçün etiketli zondlar istehsal edir, primer uzatma üsulu isə qarışıqdan müəyyən bir RNT ardıcıllığını müəyyənləşdirir və mRNT-nin ifadəsi haqqında məlumatı ortaya qoyur. Hər iki texnikanın böyük əhəmiyyəti var və müntəzəm olaraq molekulyar tədqiqat laboratoriyalarında həyata keçirilir.
Nik Tərcümə nədir?
Nik tərcüməsi ləkələmə, in situ hibridləşdirmə, flüoresan in situ hibridləşdirmə və s. kimi müxtəlif molekulyar bioloji üsullar üçün etiketli zondların hazırlanmasında istifadə edilən mühüm texnikadır. Bu, DNT etiketlənməsinin in vitro üsuludur. DNT zondları xüsusi DNT və ya RNT ardıcıllığını müəyyən etmək üçün istifadə olunur. Etiketli zondun köməyi ilə nuklein turşusunun mürəkkəb qarışığından xüsusi fraqmentləri qeyd etmək və ya vizuallaşdırmaq olar. Buna görə etiketli zondlar müxtəlif texnikalar üçün istifadə edilmək üçün müxtəlif üsullardan istifadə edilməklə hazırlanır. Nik tərcüməsi DNase 1 və DNT polimeraza 1 fermentlərinin köməyi ilə etiketli zondlar istehsal edən belə üsullardan biridir.
Nikin tərcüməsi prosesi DNase 1 ferment aktivliyi ilə başlayır. DNase 1, nukleotidlər arasında fosfodiester bağlarını parçalayaraq, ikiqat zəncirli DNT-nin fosfat onurğasında nicklər təqdim edir. Ləqəb yaradıldıqdan sonra nukleotidin sərbəst 3' OH qrupu yaranacaq və DNT polimeraza 1 fermenti ona təsir edəcəkdir. DNT polimeraza 1-in 5'-dən 3'-ə qədər eksonükleaza aktivliyi nukleotidləri nikdən DNT zəncirinin 3' istiqamətinə doğru çıxarır. Eyni zamanda, DNT polimeraza 1 fermentinin polimeraza fəaliyyəti işləyir və çıxarılan nukleotidləri əvəz etmək üçün nukleotidlər əlavə edir. Əgər nukleotidlər etiketlənmişsə, əvəzlənmə etiketli nukleotidlərlə baş verəcək və DNT-ni identifikasiya üçün qeyd edəcək. Bu yeni sintez edilmiş etiketli DNT Molekulyar Biologiyada müxtəlif hibridləşmə reaksiyalarında zond kimi istifadə edilə bilər.
Şəkil 01: Nikin tərcümə prosesi
Primer Genişlənməsi nədir?
Primer uzadılması RNT qarışığından xüsusi RNT ardıcıllığını tapmaq və mRNT transkriptinin 5' ucunu tapmaq üçün istifadə edilən bir texnikadır. O, həmçinin RNT strukturunu və ifadəsini öyrənmək üçün istifadə olunur. Primer uzatma üsulu etiketli primerlərlə və ya etiketli nukleotidlərlə həyata keçirilir. Əgər etiketli primerlər istifadə olunursa, bu, cDNT sintezi üçün istifadə olunan nukleotidlərin etiketlənməsi ehtiyacını istisna edir. Bu texnikada bir neçə addım var. Nümunədən RNT çıxarılması ilə başlayır. Sonra müəyyən bir RNT ardıcıllığının cDNA-sını sintez etmək üçün lazımi maddələrlə birlikdə qarışığa etiketli oliqonukleotid primeri əlavə edilir. Astar qarışıqdan tamamlayıcı ardıcıllıqla qızdırılır. Şablon kimi primer tavlanmış ardıcıllığı istifadə edərək, əks transkriptaza fermenti RNT ardıcıllığının tamamlayıcı DNT-ni (cDNT) sintez edir. Primer tavlanması və əks transkripsiya yalnız nümunədə xüsusi RNT ardıcıllığı olduqda baş verir. Nəhayət, denaturasiya gel elektroforezi aparıldıqda, RNT ardıcıllığının ölçüsü müəyyən edilə bilər. Primer uzadılması üsulu ilə mRNT (transkripsiya başlama yeri) ardıcıllığının +1 əsasını tapmaq da asandır. Həddindən artıq primer istifadə edilərsə, nümunədə mövcud olan mRNT miqdarı bu üsulla ölçülə bilər.
Şəkil 02: Astar uzantısı
Nick Translation və Primer Extension arasında fərq nədir?
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Nik tərcüməsi müxtəlif hibridləşmə reaksiyaları üçün etiketli DNT zondları yaradan prosesdir. | Primer uzadılması spesifik RNT tapmaq və ya gen ifadəsini öyrənmək üçün istifadə edilən texnikadır. |
| İstifadə olunan fermentlər | |
| DNase 1 və DNT polimeraza fermentləri istifadə olunur. | Ters transkriptaza fermenti istifadə olunur. |
| Əhəmiyyət | |
| Nik tərcüməsi xüsusi DNT ardıcıllığının işarələnməsini asanlaşdırır. | Primer genişləndirilməsi xüsusi mRNT ardıcıllığının ölçüsünü və nümunədə mövcud olan miqdarı aşkar etməyə imkan verir. |
Xülasə – Nick Translation vs Primer Extension
Nik tərcüməsi DNase 1 və E coli DNT polimeraza 1 fermentlərinin fəaliyyətlərinə əsaslanan etiketli zondları sintez etmək üçün istifadə edilən üsuldur. Müxtəlif hibridləşdirmə üsullarından əvvəl laboratoriyalarda istifadə edilən in vitro üsuldur. Nikin tərcüməsi zamanı DNT polimeraza 1-in 5'-3' ekzonükleaza aktivliyi nikdən qabaq nukleotidləri çıxarır və DNT polimeraza 1-in polimeraza fəaliyyəti çıxarılan nukleotidləri nik arxasında işarələnmiş nukleotidlərlə əvəz edir. Primer uzadılması qarışıqdan müəyyən bir RNT transkriptini aşkar etmək və maraq RNT-nin ölçüsünü və miqdarını ölçmək üçün istifadə olunan bir üsuldur. Bu, nik tərcüməsi ilə primer artırması arasındakı fərqdir.
