Metagenomika ilə metatranskriptomika arasındakı əsas fərq hər bir sahədə öyrənilən biomolekulların növündən asılıdır. Metagenomika DNT-ni, onun ardıcıllığını və orqanizmlərdə davranışını, metatranskriptomika isə transkripsiya edilmiş DNT-ni, əsasən mRNT ardıcıllığını və onun orqanizmlərdəki davranışını öyrənir.
Metagenomika və metatranskriptomika mikrob icması ilə bağlı illər ərzində çox populyarlıq qazanmış iki sahədir. Onlar səhiyyə, sənaye və kənd təsərrüfatı biotexnologiyasında vacibdir. Həm metagenomika, həm də metatranskriptomika icmadakı fərdi orqanizmləri və onların faydalı və ya zərərli funksional rollarını öyrənməyə imkan verir.
Metagenomika nədir?
Metagenomika deoksiribonuklein turşusunu (DNT) tədqiq edən tədqiqat sahəsidir. Mikrob icması üçün ən uyğundur. Həm də genomika ilə müqayisədə daha inkişaf etmiş bir sahədir. Genomikada müəyyən bir orqanizmin DNT-sinin təhlili aparılır. Bununla birlikdə, metagenomika bir orqanizmlər icmasında genetik materialın təhlilini əhatə edir. Beləliklə, bu, bir şəraitə və ya bir mühitə aid orqanizmlər icmasının davranışını öyrənməyə imkan verir.
Şəkil 01: Metagenomika
Metagenomik tədqiqatlarda iştirak edən əsas texnika mikro-massiv texnologiyasından istifadə edən Next Generation Sequencing (NGS) üsuludur. NGS üsulları birdən çox orqanizmi xüsusi DNT ardıcıllığının olub-olmaması üçün bir reaksiyada təhlil edə bilər. Bu DNT ardıcıllıqları tək bir xəstəlik vəziyyətindən və ya ətraf mühitin vəziyyətindən məsul ola bilər. Beləliklə, metagenomik biliklərdən istifadə edərək, orqanizmlərin skrininqi asanlıqla və dəqiq şəkildə həyata keçirilə bilər. NGS zamanı ardıcıllıq qısa oxunuşlarda baş verir və orqanizmlərin DNT-sinin profilləşdirilməsi baş verir. 16s DNT ardıcıllığı mikroorqanizmlərə aid metagenomikada öyrənilən məşhur ardıcıllıqdır.
Orqanizmlər birliyinin ardıcıllığından sonra ardıcıllıqların uyğunlaşdırılması aparılmalıdır. Əsas Yerli Alignment Sequence aləti (BLAST) kimi alətlər hizalanma tapşırığını yerinə yetirmək üçün istifadə olunur. Uyğunlaşmadan sonra filogenetik ağac cəmiyyətdəki hər bir orqanizmin əlaqəsini və onun davranışı ilə bağlı təfərrüatları təmin edir.
Metatranskriptomika nədir?
Metatranskriptomika orqanizmin transkriptomu ilə məşğul olan tədqiqat sahəsidir. Transkriptom DNT transkripsiyası zamanı transkripsiya edilmiş bütün RNT ardıcıllığını təşkil edir. Transkriptomda mövcud olan mRNT ardıcıllığı genetik ifadə haqqında məlumat verir. Metatranskriptomika populyasiyalar və ya icmalar üzrə çoxsaylı transkriptomların təhlilidir.
Şəkil 02: Transkriptom Analizi
Metatranskriptomik tədqiqatlar həmçinin qısa oxunan ardıcıllıqların ardıcıllığını tapmaq üçün mikroarray texnologiyalarından istifadə edir. Üstəlik, metatranskriptomika, hizalama alətləri və ağac dizayn üsullarından istifadə edərək hərtərəfli bioinformatika təhlilini də əhatə edir. Bununla birlikdə, metatranskriptomika sahəsi metagenomika ilə müqayisədə daha çətindir. Bütövlükdə mRNT və ya RNT-nin çıxarılması göründüyü qədər asan deyil. RNT məhv olmağa çox meyilli olduğundan və çox qısa müddətə malik olduğundan, onların saxlanması və saxlanması mümkün bir sual ola bilər.
Metagenomika və Metatranskriptomika arasında hansı oxşarlıqlar var?
- Metagenomika və metatranskriptomika orqanizmlərin icmalarını, əsasən mikrob icmalarını təhlil etmək üçün yüksək məhsuldarlıq üsullarıdır.
- Hər iki texnika tapıntıları çıxarmaq üçün mikroarray texnologiyasından istifadə edir.
- Alınan nəticələr çox vaxt BLAST alignment və Filogenetik ağaclardan istifadə etməklə təhlil edilir.
- Üstəlik, hər iki üsul bir orqanizmə deyil, qrupa və ya icma orqanizmlərinə fokuslanır.
- Bundan başqa, hər iki anlayış da əsasən mikroblarla bağlı öyrənilir – əsas səbəb onların oynadığı müxtəlif rollardır.
Metagenomika ilə Metatranskriptomika Arasındakı Fərq Nədir?
Metagenomika və Metatranskriptomika orqanizmlər birliyində genetik maddənin təhlilini əhatə edir. Beləliklə, metagenomika DNT-nin nümunələri və ardıcıllığına aiddir, metatranskriptomiya isə mRNT və ya transkripsiya edilmiş DNT-nin təhlilinə aiddir. Beləliklə, bu, metagenomika və metatranskriptomika arasındakı əsas fərqdir.
Bundan başqa, çıxarılması proseduru hər iki texnikada fərqlənir; metagenomika DNT hasilatı prosedurlarını, metatranskriptomiya isə RNT çıxarılması prosedurlarını əhatə edir. Beləliklə, bu həm də metagenomika və metatranskriptomika arasında əhəmiyyətli fərqdir.
Aşağıdakı infoqrafika metagenomika ilə metatranskriptomika arasındakı fərqi ümumiləşdirir:
Xülasə – Metagenomics vs Metatranscriptomics
Metagenomika və metatranskriptomika orqanizmlər icmasını müəyyən bir vəziyyət üçün təhlil edən yeni tədqiqat sahələridir. Beləliklə, metagenomika DNT ardıcıllığının təhlilinə aiddir. Bunun əksinə olaraq, metatranskriptomika RNT ardıcıllığının və ya transkripsiya edilmiş DNT məhsullarının təhlilinə aiddir. Bu baxımdan, metatranskriptomika müəyyən bir vəziyyət üçün gen ifadəsinin müəyyən edilməsinə imkan verir. Hər ikisi mutasiyaları və onların təsirlərini təhlil etmək üçün vacibdir. Bunlar əvvəlcədən diaqnoz üçün istifadə edilən sürətli və daha etibarlı üsullardır. Beləliklə, bu, metagenomika və metatranskriptomika arasındakı fərqin xülasəsidir.
