Spiral-loop-heliks və spiral-dönmə-spiral arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, spiral-loop-heliks zülalların dimerləşməsinə vasitəçilik edir, spiral-döndürmə spiral isə DNT bağlanması vasitəsilə gen ifadəsini tənzimləyir.
Zülal motivi DNT-nin fərqli funksiyaları ilə əlaqəli qısa müddətdə qorunan ardıcıllıqdır. Əsasən unikal kimyəvi və ya bioloji funksiyası olan xüsusi struktur sahəsi ilə əlaqələndirilir. Bu motivlər müxtəlif protein molekulları olan amin turşularının üçölçülü strukturlarının kiçik hissələrini ehtiva edir. Adətən, fərdi motivlər yalnız bir neçə elementdən ibarətdir. Helix-loop-helix və spiral-turn-helix üç elementdən ibarətdir. Onların zülal struktur motivlərinə müxtəlif uzunluqlu və qeyri-müəyyən strukturları olan ilmələr daxildir.
Helix-Loop-Helix nədir?
Helix-loop-helix (HLH) dimerləşdirici transkripsiya faktorlarının ən böyük ailələrindən birini təyin edən zülal struktur motividir. Bu transkripsiya faktorları DNT bağlama mexanizmini asanlaşdırmaq üçün amin turşularının qalıqlarını ehtiva edir və onlar dimerikdir. Zülal struktur motivi iki α-sarmaldan ibarətdir və onlar bir ilgəklə bağlanır. Bir spiral iki spiraldan daha kiçik görünür və döngənin çevikliyi başqa bir spirala qarşı qablaşdırma və qatlama ilə dimerləşməyə imkan verir. Daha böyük görünən sarmal adətən DNT-ni bağlayan bölgələri ehtiva edir. HLH zülalları E-qutu kimi tanınan konsensus ardıcıllığına bağlanır. Konsensus ardıcıllığı nukleotid və ya amin turşusu qalıqlarını ehtiva edən hesablanmış bir sıradır. E-qutu bəzi eukariotlarda DNT-yə cavab verən, zülal bağlayan yer kimi çıxış edən və gen ifadəsini tənzimləyən elementdir.
Şəkil 01: Helix-loop-helix motiv
HLH transkripsiya faktorları inkişaf və hüceyrə fəaliyyəti üçün vacibdir. HLH zülalları əsasən A-dan F hərfləri ilə göstərilən altı qrupa aiddir. Hər qrupa daxil olan transkripsiya faktorları bunlardır:
Qrup A: MyoD, Myf5, Beta2/NeuroD1, Scl, p-CaMK, NeuroD və Neyrogeninlər, B qrupu: MAX, C-Myc, N-Myc və TCF4
C qrupu: AhR, BMAL-1-CLOCK, HIF, NPAS1, NPAS3 və MOP5
D qrupu; EMC
E qrupu: HEY1 və HEY2
F qrupu: EBF1
HLH-nin əksər transkripsiya faktorları heterodimerik olduğundan, dimerləşmə onları çox vaxt tənzimləyir.
Helix-Turn-Helix nədir?
Helix-turn-helix (HTH) DNT-ni bağlaya bilən zülal struktur motividir. Hər bir monomer iki α-sarmal ilə təşkil edilir və qısa bir amin turşusu zəncirinə qoşulur. Bu, DNT spiralındakı bir yivə bağlanır. HTH motivləri adətən gen ifadəsini tənzimləyir. HTH-nin tanınması və DNT-yə bağlanması iki α-helis tərəfindən həyata keçirilir. Bir spiral N-terminal ucunu tutur, digəri isə C-terminalındadır. Əksər ssenarilərdə spiral DNT-nin tanınmasını həyata keçirir. Buna görə də, tanınma sarmalı kimi tanınır. DNT-dəki yivə bağlanma bir sıra Van der Waals qarşılıqlı təsirləri və məruz qalan əsaslarla hidrogen bağları vasitəsilə baş verir. Digər α-heliks zülal və DNT qarşılıqlı təsirini sabitləşdirir və tanınmada böyük rol oynamır. Bununla belə, tanınma spiralının və qalan spiralın oriyentasiyası oxşardır.
Şəkil 02: TetR ailəsinin spiral döngəsi
HTH spiralların quruluşuna və məkan düzülüşünə görə təsnif edilir. Əsas növlər iki spiral, üçbucaqlı, tetra spiral və qanadlı HTH-dir. Di-helikal tip, iki spiral və müstəqil qatlanan zülal sahəsi olan ən sadə tipdir. Tri-helikal tipə Myb transkripsiya aktivatorunda rast gəlinir. Tetra-helikal tip əlavə C-terminal spiralına malikdir. Nəhayət, qanadlı HTH 3 sarmal dəstə və 3 və ya 4 telli beta vərəqdən əmələ gəlir.
Helix-Loop-Helix və Helix-Turn-Helix arasındakı oxşarlıqlar nələrdir?
- Helix-loop-helix və spiral-turn-helix protein struktur motivləridir.
- Hər ikisi bazal və spesifik transkripsiya faktorlarında ortaq məxrəcə malikdir.
- Onlar eukariotlarda mövcuddur.
Helix-Loop-Helix və Helix-Turn-Helix Arasındakı Fərq Nədir?
Helix-loop-helix zülalların dimerləşməsinə vasitəçilik edir, halbuki spiral-dönmə-heliks DNT-yə bağlanaraq gen ifadəsini tənzimləyir. Beləliklə, bu, sarmal-döngü-sarmal və sarmal-dönmə-heliks arasındakı əsas fərqdir. Bundan əlavə, HLH müəyyən proto-onkogenləri və transkripsiya faktorlarını kodlayan diferensiallaşmada iştirak edən genləri, HTH isə transkripsiya faktorlarını kodlayan bir çox homeotik genləri ehtiva edir. Üstəlik, spiral-döngəli-sarmal əsasən ilgəklə birləşən alfa-spirallardan, spiral-dönmə-sarmal isə yiv yaradan qısa bir amin turşusu dayağı ilə birləşən ilgəklərdən ibarətdir.
Aşağıdakı infoqrafika yan-yana müqayisə üçün cədvəl şəklində helix-loop-helix və spiral-dönmə spiral arasındakı fərqləri təqdim edir.
Xülasə – Helix-Loop-Helix vs Helix-Turn-Helix
Zülal motivi DNT-nin fərqli funksiyaları ilə əlaqəli qısa müddətdə qorunan ardıcıllıqdır. Helix-loop-helix və spiral-turn-helix iki növ protein struktur motivləridir. Spiral döngə sarmal və spiral döngə sarmal arasındakı əsas fərq, spiral döngə sarmalının zülal dimerləşməsinə vasitəçilik etməsidir, halbuki spiral döngə sarmalının DNT bağlanması ilə gen ifadəsini tənzimləyir. HLH, dimerləşdirici transkripsiya faktorlarının ən böyük ailələrindən birini təyin edən bir protein struktur motividir. Zülal struktur motivi iki α-sarmaldan ibarətdir və onlar bir ilgəklə bağlanır. HTH, DNT-ni bağlaya bilən zülal struktur motividir. Hər bir monomer iki α-sarmal ilə təşkil edilir və qısa bir amin turşusu zəncirinə qoşulur və DNT sarmalında bir yivə bağlanır. Beləliklə, bu, spiral-döngəli-sarmal və spiral-dönmə-sarmal arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
