Contig və iskele arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, kontigmada boşluqlar yoxdur, iskele isə contigs və boşluqlardan ibarətdir.
Çoxhüceyrəli orqanizmlərin genom ardıcıllığı birhüceyrəli orqanizmlərin ardıcıllığı ilə müqayisədə çox çətindir. Bütöv genom ov tüfəngi ardıcıllığı çoxhüceyrəli genomlar üçün asan və sürətli genom sıralama texnikasıdır. Bir çox üst-üstə düşən DNT fraqmentlərini paralel olaraq ardıcıllıqla sıralayan bir üsuldur. Bu üsulda kiçik fraqmentlər kompüter vasitəsilə daha böyük parçalara, sonra isə daha böyük kontiglərə yığılır. Sonra kontiglər skafoldlara və nəhayət bir xromosoma yığılır. Buna görə də, kontig nukleotid ardıcıllığının davamlı uzanmasıdır, iskele isə kontig və boşluqlardan ibarət genomun bir hissəsidir. Həm contig, həm də iskele yenidən qurulmuş genomik ardıcıllıqlardır.
Contig nədir?
Contig genomik ardıcıllıqdır. Bu, A, C, G və T əsaslarından ibarət ardıcıllığın davamlı uzanmasıdır. Bir neçə kiçik üst-üstə düşən DNT bitlərini daha uzun bir ardıcıllıqla bir araya gətirməklə əmələ gəlir. Sadə sözlə desək, contig ardıcıl fraqmentlər toplusudur. Contig yaradılması yerli sətir uyğunluğu və ardıcıllıqların üst-üstə düşən uclarını müəyyən edən düzülmə üsullarına əsaslanan üst-üstə düşən ardıcıllıq fraqmentlərinin müəyyən edilməsini əhatə edir.
Contiglərdə boşluq yoxdur. Bu iskelenin bir hissəsidir. İskele yaratarkən kontiglər bir-birinə zəncirlənir. Bu, genomdakı kontiglərin nisbi mövqeyi və oriyentasiyası haqqında əlavə məlumat tələb edir. Boşluqlar bir iskeledə kontigləri ayırır. Əsasən, kontig montajı bütün genomlu ov tüfənginin ardıcıllaşdırılmasında mühüm addımdır. Contigs nəhayət tam genomik ardıcıllığa yığılır. Contig montajı adətən sətir uyğunluğu və ardıcıllığın uyğunlaşdırılmasında alqoritmlərin başa düşülməsini tələb edir.
İskalə nədir?
İskafold, son ardıcıllıqla bütöv genomlu ov tüfəngi klonlarından yenidən qurulmuş genomik ardıcıllıqdır. Struktur olaraq, bir iskele contigs və boşluqlardan ibarətdir. Buna görə də, iskeleler kontigləri bir-birinə zəncirləmək və onları boşluqlarla ayırmaqla yaradılır. İskele yaradılması genomdakı kontiglərin nisbi mövqeyi və oriyentasiyası ilə bağlı məlumat tələb edir. Bütün genomlu ov tüfəngi qurğusu hər bir genomik ardıcıllığı bir iskeledə təmsil etmək məqsədi daşıyır. Lakin, bu, tamamilə mümkün deyil. Beləliklə, bir xromosom bir neçə iskele ilə təmsil oluna bilər. Bəzən iskelelər üst-üstə düşə bilər. Üstəlik, montaj zamanı bəzi iskelelər süzülə bilər.
Şəkil 02: Bütün Genom Ov tüfəngi Assambleyasına İcmal
İskalə boşluğunun uzunluğu onun həqiqi uzunluğunu göstərmir. Ümumiyyətlə, boşluqlar özbaşına müəyyən sabit uzunluqlara təyin edilir. Beləliklə, onların uzunluğundakı bu boşluqlar və qeyri-müəyyənliklər genomlardakı funksional elementlərin həqiqi məkan əlaqələrini və çatışmayan məlumatların həqiqi ölçüsünü başa düşməkdə problemlər yaradır. Bəzən boşluqlar çatışmayan genomik məlumatı ifadə edir.
Contig və Scaffold arasındakı oxşarlıqlar nələrdir?
- Contig və skafold nukleotid ardıcıllıqlarından ibarət genomik ardıcıllıqlardır.
- İskalələr tıxaclardan və boşluqlardan ibarətdir.
Contig və Scaffold Arasındakı Fərq Nədir?
Contig ardıcıl fraqmentlər dəstindən yığılmış davamlı ardıcıllıqdır. Bunun əksinə olaraq, iskele, kontigləri bir-birinə zəncirləməklə yenidən qurulan genomik ardıcıllığın bir hissəsidir. Beləliklə, bu contig və iskele arasındakı əsas fərqdir. Üstəlik, iskeledəki kontiglər boşluqlarla ayrıldığı halda, kontiglərdə boşluqlar yoxdur.
Aşağıda infoqrafik cədvəldə contig və scaffold arasında daha çox fərq göstərilir.
Xülasə – Contig vs Scaffold
Həm contig, həm də skafold bütün genom ardıcıllığı layihələrində yenidən qurulmuş nukleotid ardıcıllıqlarıdır. Contig boşluqlar olmadan A, C, G və T əsaslarını ehtiva edən genomik ardıcıllığın davamlı uzanmasıdır. İskele kontigs və boşluqlardan ibarət genomik ardıcıllıqdır. Beləliklə, ən qısa montaj komponentləri kontiglərdir, iskelelər isə kontiglərin yığılmasıdır. Nəhayət, skafoldlar bütün genom ardıcıllığı ilə xromosomlara yığılır. Beləliklə, bu, contig və scaffold arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
