EcoRI və HindIII məhdudlaşdırma fermentləri arasında əsas fərq ondan ibarətdir ki, EcoRI E.coli-dən təcrid olunmuş II tip məhdudlaşdırıcı fermentdir, HindIII isə Haemophilus influenza-dan təcrid olunmuş II tip məhdudlaşdırıcı fermentdir.
Məhdudiyyət fermenti və ya məhdudlaşdırıcı endonükleaza DNT molekulunun daxilindəki xüsusi tanınma yerlərində (məhdudiyyət yerlərində) DNT-ni fraqmentlərə ayıran fermentdir. Bu məhdudlaşdırıcı fermentlər bakteriyalarda və arxeylərdə olur. Onlar işğalçı viruslara qarşı müdafiə mexanizmi təmin edirlər. Məhdudiyyət fermentləri ümumiyyətlə beş müxtəlif növə təsnif edilir: tip I, tip II, tip III, IV və tip V. EcoRI və HindIII tip II məhdudlaşdırıcı fermentlər qrupuna aid olan iki məhdudlaşdırıcı fermentdir.
EcoRI məhdudlaşdırıcı fermentlər nədir?
EcoRI E.coli növlərindən təcrid olunmuş II tip məhdudlaşdırıcı fermentdir. Bu, DNT cüt spirallarını xüsusi yerlərdə fraqmentlərə ayıran bir məhdudlaşdırıcı fermentdir. EcoRI həm də məhdudlaşdırma-modifikasiya sisteminin bir hissəsidir. EcoRI ilk olaraq E. coli növlərinin RY13 ştammından təcrid olunmuş ilk ferment idi. Molekulyar biologiyada məhdudlaşdırıcı ferment kimi istifadə olunur. EcoRI, AATT-nin 5' ucu çıxıntıları ilə 4 nukleotid yapışqan ucları yaradır. EcoRI DNT-ni G↓AATTC xüsusi tanınma ardıcıllığında kəsir. CTTAA↓G-nin palindromik tamamlayıcı ardıcıllığına malikdir. Üstəlik, bu məhdudlaşdırıcı ferment tip II P (palindromik spesifiklik) alt sinfinə aiddir. EcoRI əsas strukturunda bir çox digər məhdudlaşdırıcı fermentlər kimi aktiv yerində PD. D/EXK motivini ehtiva edir.
Şəkil 01: EcoRI
EcoRI məhdudlaşdırma fermenti 31 kDa-lıq homodimerdir. O, α/β arxitekturasının bir qlobal domenini ehtiva edir. Hər bir alt bölmədə qlobulyar domendən çıxan və bağlandıqda DNT-nin ətrafına sarılan bir döngə var. Bu ferment normal olaraq kəsdiyi ardıcıllıqla kokristallaşdırıla bilər. Bundan əlavə, EcoRI məhdudlaşdırıcı fermenti klonlaşdırma, DNT skrininqi və in-vitro şəraitdə DNT-nin silinməsi bölmələri daxil olmaqla geniş çeşiddə molekulyar genetik texnikada istifadə olunur.
HindIII məhdudlaşdırıcı fermentlər nədir?
HindIII Haemophilus influenza növlərindən təcrid olunmuş II tip məhdudlaşdırıcı fermentdir. O, hidroliz vasitəsilə Mg2+ kofaktorunun iştirakı ilə AACCTT palindromik DNT ardıcıllığını parçalayır. AA'S (5'A↓ACCTT3' və 3'TTCGA↓A5') arasındakı bu xüsusi ardıcıllığın parçalanması DNT molekulunda yapışqan uclar adlanan 5' çıxıntı ilə nəticələnir. Bu ferment bakteriya kimi prokaryotik orqanizmlərdə olur. Bakteriyalar bu fermentdən bakteriofaqlar kimi viruslara qarşı müdafiə mexanizmi kimi istifadə edirlər.
Şəkil 02: HindIII
Struktur olaraq, HindIII homodimerdir. O, digər növ II məhdudlaşdırıcı fermentlər kimi dörd β vərəqdən və tək α spiralından ibarət ümumi struktur nüvəni ehtiva edir. Bu fermentin molekulyar kütləsi 34,9 kDa-dır. Bundan əlavə, HindIII DNT ardıcıllığı və xəritəçəkmə kimi müasir molekulyar bioloji elm təcrübələrində çox faydalıdır.
EcoRI və HindIII məhdudlaşdırıcı fermentlər arasında hansı oxşarlıqlar var?
- EcoRI və HindIII tip II məhdudlaşdırma fermenti qrupuna aid olan iki məhdudlaşdırıcı fermentdir.
- EcoRI və HindIII 1970-ci illərin əvvəllərində tapılıb.
- EcoRI və HindIII hər ikisində PD.. D/EXK amin turşusu ardıcıllığı motivi var.
- Hər iki məhdudlaşdırıcı ferment DNT-nin çox spesifik parçalanmasını həyata keçirir.
- Bu məhdudlaşdırıcı fermentlərə spesifik fəaliyyətləri üçün kofaktor kimi Mg2+ lazımdır.
- DNT-ni kəsdikdən sonra yapışqan uclar əmələ gətirirlər.
- Onlar müasir molekulyar bioloji tədqiqatlarda çox faydalı komponentlərdir.
EcoRI və HindIII məhdudlaşdırıcı fermentlər arasındakı fərq nədir?
EcoRI E.coli növlərindən təcrid olunmuş II tip məhdudlaşdırıcı fermentdir, HindIII isə Haemophilus influenza növlərindən təcrid olunmuş II tip məhdudlaşdırıcı fermentdir. Beləliklə, bu EcoRI və HindIII arasındakı əsas fərqdir. Bundan əlavə, EcoRI DNT-ni G↓AATTC xüsusi tanınma ardıcıllığında kəsir, HindIII isə DNT-ni A↓ACCTT xüsusi tanınma ardıcıllığında kəsir.
Aşağıdakı infoqrafika EcoRI və HindIII arasındakı fərqləri yan-yana müqayisə üçün cədvəl şəklində təqdim edir.
Xülasə – EcoRI vs HindIII məhdudlaşdırıcı fermentlər
EcoRI və HindIII tip II p alt sinfinə aid olan iki məhdudlaşdırıcı fermentdir. DNT-nin çox spesifik parçalanmasını həyata keçirirlər. EcoRI E.coli növlərindən təcrid olunmuş II tip məhdudlaşdırıcı fermentdir, HindIII isə Haemophilus influenza növlərindən təcrid olunmuş II tip məhdudlaşdırıcı fermentdir. Beləliklə, bu, EcoRI və HindIII arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
