Əsas Fərq – Mikroarray vs RNT Sıralaması
Transkriptom mRNT, rRNT, tRNT, deqradasiya olunmuş RNT və parçalanmamış RNT daxil olmaqla hüceyrədə mövcud olan RNT-nin bütün məzmununu təmsil edir. Transkriptomun profilləşdirilməsi hüceyrə anlayışlarını başa düşmək üçün vacib bir prosesdir. Transkriptom profilinin yaradılması üçün bir neçə qabaqcıl üsul var. Mikroarray və RNT ardıcıllığı transkriptomu təhlil etmək üçün hazırlanmış iki növ texnologiyadır. Mikroarray və RNT ardıcıllığı arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, mikroarray hədəf cDNA ardıcıllığı ilə əvvəlcədən işlənmiş etiketli zondların hibridləşmə potensialına əsaslanır, RNT ardıcıllığı isə NGS kimi qabaqcıl ardıcıllıq üsulları ilə cDNA zəncirlərinin birbaşa ardıcıllığına əsaslanır. Mikroarray ardıcıllıqlar haqqında əvvəlcədən məlumatla həyata keçirilir və RNT ardıcıllığı ardıcıllıqlar haqqında əvvəlcədən məlumat olmadan həyata keçirilir.
Mikroarray nədir?
Microarray elm adamları tərəfindən transkriptom profilinin yaradılması üçün istifadə edilən möhkəm, etibarlı və yüksək ötürmə qabiliyyəti metodudur. Transkript analizi üçün ən populyar yanaşmadır. Bu, hibridləşdirmə zondlarından asılı olan ucuz bir üsuldur.
Texnika nümunədən mRNT-nin çıxarılması və ümumi RNT-dən cDNT kitabxanasının qurulması ilə başlayır. Sonra bərk səthdə (nöqtə matrisi) flüoresan etiketli əvvəlcədən dizayn edilmiş zondlarla qarışdırılır. Tamamlayıcı ardıcıllıqlar mikroarraydakı etiketli zondlarla hibridləşir. Sonra mikroarray yuyulur və ekranlaşdırılır və görüntünün miqdarı müəyyən edilir. Nisbi ifadə profillərini əldə etmək üçün toplanmış data təhlil edilməlidir.
Mikroarray zondlarının intensivliyinin nümunədəki transkriptlərin sayına mütənasib olduğu güman edilir. Bununla belə, texnikanın dəqiqliyi dizayn edilmiş zondlardan, ardıcıllıq haqqında əvvəlcədən biliklərdən və hibridləşdirmə üçün zondların yaxınlığından asılıdır. Beləliklə, mikroarray texnologiyasının məhdudiyyətləri var. Mikroarray texnikası aşağı bolluq transkriptləri ilə həyata keçirilə bilməz. O, izoformları fərqləndirə və genetik variantları müəyyən edə bilmir. Bu üsul zondların hibridləşdirilməsindən asılı olduğundan, mikroarray texnikasında hibridləşmə ilə bağlı bəzi problemlər, məsələn, çarpaz hibridləşmə, qeyri-spesifik hibridləşmə və s. baş verir.
Şəkil 01: Mikroarray
RNT Sequencing nədir?
RNT ov tüfəngi ardıcıllığı (RNA seq) bu yaxınlarda işlənmiş tam transkriptom ardıcıllığı texnikasıdır. Bu, transkriptom profilinin çıxarılması üçün sürətli və yüksək məhsuldarlıq üsuludur. O, genlərin ifadəsini birbaşa ölçür və transkriptomun dərin tədqiqi ilə nəticələnir. RNT ardıcıllığı əvvəlcədən hazırlanmış zondlardan və ya ardıcıllıqlar haqqında əvvəlcədən məlumatdan asılı deyil. Buna görə də, RNT seq metodu yüksək həssaslığa və yeni genləri və genetik variantları aşkar etmək qabiliyyətinə malikdir.
RNT sıralama metodu bir neçə addım vasitəsilə həyata keçirilir. Hüceyrənin ümumi RNT-si təcrid olunmalı və parçalanmalıdır. Sonra əks transkriptazadan istifadə edərək cDNA kitabxanası hazırlanmalıdır. Hər cDNA zəncirinin adaptorlarla bağlanması lazımdır. Sonra bağlanmış fraqmentlər gücləndirilməli və təmizlənməlidir. Nəhayət, NGS metodundan istifadə edərək cDNT-nin ardıcıllığı həyata keçirilməlidir.
Şəkil 02: RNT Sıralaması
Mikroarray və RNT ardıcıllığı arasında fərq nədir?
Mikroarray vs RNT Sıralaması |
|
| Mikroarray möhkəm, etibarlı, yüksək ötürmə metodudur. | RNT ardıcıllığı dəqiq və yüksək məhsuldarlıq metodudur. |
| Xərc | |
| Bu ucuz üsuldur. | Bu bahalı üsuldur. |
| Çoxlu Nümunələrin Təhlili | |
| Bu, eyni vaxtda çoxlu sayda nümunənin təhlilini asanlaşdırır. | Bu, çoxlu sayda nümunənin təhlilini asanlaşdırır. |
| Məlumat Təhlili | |
| Data təhlili mürəkkəbdir. | Bu üsulda daha çox məlumat yaradılır; buna görə də proses daha mürəkkəbdir. |
| Ardıcıllıqlar haqqında əvvəlcədən məlumat | |
| Bu üsul hibridləşdirmə zondlarına əsaslanır, buna görə də ardıcıllıqlar haqqında əvvəlcədən məlumat tələb olunur. | Bu üsul əvvəlki ardıcıllıq biliklərindən asılı deyil. |
| Struktur Varyasyonlar və Yeni Genlər | |
| Bu üsul struktur dəyişiklikləri və yeni genləri aşkarlaya bilməz. | Bu üsul gen birləşməsi, alternativ birləşmə və yeni genlər kimi struktur dəyişiklikləri aşkarlaya bilər. |
| Həssaslıq | |
| Bu, izoformaların ifadəsindəki fərqləri aşkarlaya bilmir, ona görə də bunun məhdud həssaslığı var. | Bunun yüksək həssaslığı var. |
| Nəticə | |
| Bu, yalnız nisbi ifadə səviyyələri ilə nəticələnə bilər. Bu, gen ifadəsinin mütləq kəmiyyətini vermir. | O, mütləq və nisbi ifadə səviyyələrini verir. |
| Məlumatların Yenidən Təhlili | |
| Yenidən təhlil etmək üçün bu yenidən işə salınmalıdır. | Sonralanma datası yenidən təhlil edilə bilər. |
| Xüsusi kadrlara və infrastruktura ehtiyac | |
| Mikroarray üçün xüsusi infrastruktur və personal tələb olunmur. | RNT ardıcıllığı üçün tələb olunan xüsusi infrastruktur və personal. |
| Texniki Problemlər | |
| Mikroarray texnikasında çarpaz hibridləşdirmə, qeyri-spesifik hibridləşmə, fərdi zondların məhdud aşkarlanma dərəcəsi və s. kimi texniki problemlər var. | RNT seq texnikası çarpaz hibridləşmə, qeyri-spesifik hibridləşmə, fərdi zondların məhdud aşkarlanma dərəcəsi və s. kimi texniki problemlərdən qaçır. |
| Qərəzlər | |
| Bu qərəzli üsuldur, çünki hibridləşmədən asılıdır. | Qərəz mikroarrayla müqayisədə aşağıdır. |
Xülasə – Mikroarray vs RNT Sıralaması
Mikroarray və RNT ardıcıllığı üsulları transkriptom profilinin yaradılması üçün hazırlanmış yüksək məhsuldarlıq platformalarıdır. Hər iki üsul gen ifadə profilləri ilə yüksək nisbətdə olan nəticələr verir. Bununla belə, RNT ardıcıllığının gen ifadə analizi üçün mikroarray üzərində üstünlükləri var. RNT ardıcıllığı mikroarray ilə müqayisədə aşağı bolluq transkriptlərinin aşkarlanması üçün daha həssas bir üsuldur. RNT ardıcıllığı həmçinin izoformlar arasında fərqləndirməyə və gen variantlarının identifikasiyasına imkan verir. Bununla belə, mikroarray əksər tədqiqatçıların ümumi seçimidir, çünki RNT ardıcıllığı məlumatların saxlanması problemləri və mürəkkəb məlumat təhlili ilə yeni və bahalı bir texnikadır.
