Molekulyar yerləşdirmə ilə hesablama arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, doklama iki molekul arasında bağlanma yaxınlığını təyin etmək üçün istifadə edilən bir texnikadır, xal toplama isə əlverişli molekullararası qarşılıqlı təsirlərin sayını hesablamaqla müəyyən pozanı qiymətləndirmək prosesidir.
Molekulyar yerləşdirmə və qiymətləndirmə terminləri molekulyar modelləşdirmə sahəsində istifadə olunur. Molekulyar modelləşdirmə müəyyən bir maddədə müxtəlif molekulların mümkün düzülüşlərini təyin etmək üçün istifadə edilən bir texnikadır. Bu texnika yeni stabil birləşmələrin yaradılmasında vacibdir.
Molekulyar Doklama nədir?
Molekulyar yerləşdirmə reseptorla bağlanan namizəd liqandının hesablama simulyasiyasıdır. Bu üsul sabit kompleks yaratmaq üçün bir-birinə bağlandıqda bir molekulun digər molekula üstünlük verdiyi istiqaməti proqnozlaşdırır. Bu texnikadan əldə edilən nəticələr iki molekul arasında birləşmənin gücünü və ya bağlanma yaxınlığını proqnozlaşdırmaq üçün istifadə edilə bilər. Burada molekulyar qiymətləndirmə funksiyası da vacibdir.
Şəkil 01: Bioloji Sistemlərdə Molekulyar Qarşılıqlı Əlaqələr Prosesini göstərən Sadə Diaqram
Ümumiyyətlə, bu texnika zülallar, peptidlər, nuklein turşuları, karbohidratlar və lipidlər kimi bioloji cəhətdən uyğun molekulları nəzərə alır. Bu molekullar çox vacibdir və bədənimizdəki siqnal ötürülməsi mexanizmlərində mühüm rol oynayırlar. Buna görə də, bu siqnal ötürülməsi prosesi üçün bağlanacaq iki molekulun istiqaməti burada istehsal olunan siqnalın növünə təsir göstərir. Yəni; molekulyar birləşmə bioloji sistemlərdə siqnal ötürülməsi zamanı yaranan siqnalın həm gücünü, həm də növünü müəyyən etmək üçün vacibdir.
Bundan başqa, struktur əsaslı dərmanların layihələndirilməsində molekulyar birləşmə üsulları vacibdir. Bu, ligandlar kimi kiçik molekulların uyğun bir bağlanma yerinə bağlanma konformasiyasının proqnozlaşdırıla bilməsi ilə bağlıdır.
Molekulyar Qiymətləndirmə nədir?
Molekulyar qiymətləndirmə molekulyar birləşmənin gedişatını qiymətləndirmək üçün faydalı olan bir riyazi funksiya növüdür. Hesablama kimyası sahəsində, docking prosesindən sonra iki molekul arasında bağlanma yaxınlığını proqnozlaşdırmaq üçün qol funksiyalarından istifadə olunur. Məsələn, kiçik bir hissəcik dərman molekulumuz varsa və zülal kimi bioloji hədəf varsa, dərmanın bağlanma yerinə yaxınlığını qiymətləndirə bilərik. Bundan əlavə, molekulyar qiymətləndirmə iki zülal arasında və ya bir protein və DNT molekulları arasında molekullararası qarşılıqlı əlaqəni proqnozlaşdırmaq üçün istifadə edilə bilər.
Şəkil 02: Qısaca Qiymətləndirmə funksiyası
Molekulyar qiymətləndirmənin əsas tətbiqi dərmanların layihələndirilməsi proseslərindədir - məsələn, virtual skrininq, de novo dizayn, aparıcı optimallaşdırma və s.
Molekulyar Yerləşdirmə və Qiymətləndirmə Arasındakı Fərq Nədir?
Molekulyar yerləşdirmə və hesablama molekulyar modelləşdirmədə vacibdir. Molekulyar yerləşdirmə ilə hesablama arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, dok iki molekul arasında bağlanma yaxınlığını təyin etmək üçün istifadə edilən bir texnikadır, xal toplama isə əlverişli molekullararası qarşılıqlı təsirlərin sayını hesablamaqla müəyyən bir pozanı qiymətləndirmək prosesidir.
Aşağıdakı infoqrafika molekulyar yerləşdirmə və hesablama arasındakı fərqi ümumiləşdirir.
Xülasə – Molekulyar Docking vs Scoring
Molekulyar yerləşdirmə və hesablama molekulyar modelləşdirmədə vacibdir. Molekulyar yerləşdirmə ilə hesablama arasındakı əsas fərq ondan ibarətdir ki, dok iki molekul arasında bağlanma yaxınlığını təyin etmək üçün istifadə edilən bir texnikadır, xal toplama isə əlverişli molekullararası qarşılıqlı təsirlərin sayını hesablamaqla müəyyən bir pozanı qiymətləndirmək prosesidir.
